seq1 = pF1KB4623.tfa, 1560 bp
seq2 = pF1KB4623/gi568815593r_41631732.tfa (gi568815593r:41631732_41970358), 338627 bp

>pF1KB4623 1560
>gi568815593r:41631732_41970358 (Chr5)

(complement)

1-78  (100001-100078)   100% ->
79-187  (107609-107717)   100% ->
188-278  (108955-109045)   100% ->
279-414  (116805-116940)   100% ->
415-564  (120180-120329)   100% ->
565-671  (127578-127684)   100% ->
672-732  (129848-129908)   100% ->
733-840  (162921-163028)   100% ->
841-955  (164678-164792)   100% ->
956-1050  (167196-167290)   100% ->
1051-1099  (169289-169337)   100% ->
1100-1172  (175610-175682)   100% ->
1173-1248  (176281-176356)   100% ->
1249-1338  (208159-208248)   100% ->
1339-1419  (220752-220832)   100% ->
1420-1521  (230868-230969)   100% ->
1522-1560  (238589-238627)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCTCTCAAACTCCTCTCCTCCGGGCTTCGGCTCTGCGCCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCTCTCAAACTCCTCTCCTCCGGGCTTCGGCTCTGCGCCTCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGCGGATCTGGGGCAACCTGGTACAAG         GGATGTGTTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100051 CCGCGGATCTGGGGCAACCTGGTACAAGGTA...CAGGGATGTGTTTGTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTTTTCCACCAGTGCTCATCGCCATACCAAGTTTTATACAGATCCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107622 CCTTTTCCACCAGTGCTCATCGCCATACCAAGTTTTATACAGATCCAGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAGCTGTAAAAGACATCCCTGATGGTGCCACGGTTTTGGTTGGTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 107672 GAAGCTGTAAAAGACATCCCTGATGGTGCCACGGTTTTGGTTGGTGGTG.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    188      GTTTTGGGCTATGTGGAATTCCAGAGAATCTTATAGATGCTTTAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107722 ..TAGGTTTTGGGCTATGTGGAATTCCAGAGAATCTTATAGATGCTTTAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGAAAACTGGAGTAAAAGGACTAACTGCAGTCAGCAACAATGCAGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 109000 TGAAAACTGGAGTAAAAGGACTAACTGCAGTCAGCAACAATGCAGGGTA.

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    279      GGTTGACAATTTTGGTTTGGGGCTTTTGCTTCGGTCCAAGCAGAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109050 ..TAGGGTTGACAATTTTGGTTTGGGGCTTTTGCTTCGGTCCAAGCAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AAAACGCATGGTCTCTTCATATGTGGGAGAAAATGCAGAATTTGAACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116850 AAAACGCATGGTCTCTTCATATGTGGGAGAAAATGCAGAATTTGAACGAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGTACTTATCTGGTGAATTAGAAGTGGAGCTGACACCACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 116900 AGTACTTATCTGGTGAATTAGAAGTGGAGCTGACACCACAGGTG...CAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GGCACACTTGCAGAGAGGATCCGTGCAGGCGGGGCTGGAGTTCCTGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120180 GGCACACTTGCAGAGAGGATCCGTGCAGGCGGGGCTGGAGTTCCTGCATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTACACCCCAACAGGGTATGGGACCCTGGTACAAGAAGGAGGATCGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120230 TTACACCCCAACAGGGTATGGGACCCTGGTACAAGAAGGAGGATCGCCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCAAATACAACAAAGATGGCAGTGTTGCCATTGCCAGTAAGCCAAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120280 TCAAATACAACAAAGATGGCAGTGTTGCCATTGCCAGTAAGCCAAGAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565          GTGAGGGAGTTCAATGGTCAGCACTTTATTTTGGAGGAAGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120330 GTA...CAGGTGAGGGAGTTCAATGGTCAGCACTTTATTTTGGAGGAAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AATTACAGGGGATTTTGCTTTGGTGAAAGCCTGGAAGGCGGACCGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127619 AATTACAGGGGATTTTGCTTTGGTGAAAGCCTGGAAGGCGGACCGAGCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GAAACGTGATTTTCAG         GAAAAGTGCAAGGAATTTCAACTTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 127669 GAAACGTGATTTTCAGGTA...TAGGAAAAGTGCAAGGAATTTCAACTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCAATGTGCAAAGCTGCAGAAACCACAGTGGTAGAG         GTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 129873 CCAATGTGCAAAGCTGCAGAAACCACAGTGGTAGAGGTA...TAGGTTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AGAAATTGTGGATATTGGAGCATTTGCTCCAGAAGACATCCATATTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162926 AGAAATTGTGGATATTGGAGCATTTGCTCCAGAAGACATCCATATTCCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGATTTATGTACATCGCCTTATAAAGGGAGAAAAATATGAGAAAAGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162976 AGATTTATGTACATCGCCTTATAAAGGGAGAAAAATATGAGAAAAGAATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAG         CGTTTATCAATCCGGAAAGAGGGAGATGGGGAAGCCAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163026 GAGGTA...AAGCGTTTATCAATCCGGAAAGAGGGAGATGGGGAAGCCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 ATCTGCTAAACCTGGAGATGACGTAAGGGAACGAATCATCAAGAGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164716 ATCTGCTAAACCTGGAGATGACGTAAGGGAACGAATCATCAAGAGGGCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CTCTTGAGTTTGAGGATGGCATGTATG         CTAATTTGGGCATA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 164766 CTCTTGAGTTTGAGGATGGCATGTATGGTA...CAGCTAATTTGGGCATA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GGAATCCCTCTCCTGGCCAGCAATTTTATCAGCCCAAATATAACTGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167210 GGAATCCCTCTCCTGGCCAGCAATTTTATCAGCCCAAATATAACTGTTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TCTTCAAAGTGAAAATGGAGTTCTGGGTTTG         GGTCCATATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 167260 TCTTCAAAGTGAAAATGGAGTTCTGGGTTTGGTA...CAGGGTCCATATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CACGACAACATGAAGCTGATGCAGATCTCATCAATGCAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 169299 CACGACAACATGAAGCTGATGCAGATCTCATCAATGCAGGTA...TAGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 AAGGAAACAGTTACTATTCTTCCAGGAGCCTCTTTTTTCTCCAGCGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175612 AAGGAAACAGTTACTATTCTTCCAGGAGCCTCTTTTTTCTCCAGCGATGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 ATCATTTGCAATGATTAGAGG         TGGACACGTCGATCTGACAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 175662 ATCATTTGCAATGATTAGAGGGTA...CAGTGGACACGTCGATCTGACAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 TGCTAGGAGCGATGCAGGTTTCCAAATATGGTGACCTGGCTAACTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176301 TGCTAGGAGCGATGCAGGTTTCCAAATATGGTGACCTGGCTAACTGGATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 ATACCT         GGGAAGATGGTGAAAGGAATGGGAGGTGCTATGGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176351 ATACCTGTA...CAGGGGAAGATGGTGAAAGGAATGGGAGGTGCTATGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 TTTAGTGTCCAGTGCGAAAACCAAAGTGGTGGTCACCATGGAGCATTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208194 TTTAGTGTCCAGTGCGAAAACCAAAGTGGTGGTCACCATGGAGCATTCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 CAAAG         GGAAATGCACATAAAATCATGGAGAAATGTACATTA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208244 CAAAGGTA...CAGGGAAATGCACATAAAATCATGGAGAAATGTACATTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 CCATTGACTGGAAAGCAATGTGTCAACCGCATTATTACTGAAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 220788 CCATTGACTGGAAAGCAATGTGTCAACCGCATTATTACTGAAAAGGTA..

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420     GCTGTGTTTGATGTGGACAAGAAGAAAGGGTTGACTCTGATTGAGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220838 .CAGGCTGTGTTTGATGTGGACAAGAAGAAAGGGTTGACTCTGATTGAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 TCTGGGAAGGCCTGACAGTGGATGACGTACAGAAGAGTACTGGGTGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230914 TCTGGGAAGGCCTGACAGTGGATGACGTACAGAAGAGTACTGGGTGTGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 TTTGCA         GTTTCACCAAAACTCATGCCAATGCAGCAGATCGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230964 TTTGCAGTA...CAGGTTTCACCAAAACTCATGCCAATGCAGCAGATCGC

   1700 
   1557 AAAT
        ||||
 238624 AAAT