seq1 = pF1KB4616.tfa, 1032 bp
seq2 = pF1KB4616/gi568815587f_35563112.tfa (gi568815587f:35563112_35826164), 263053 bp

>pF1KB4616 1032
>gi568815587f:35563112_35826164 (Chr11)

1-669  (100001-100669)   100% ->
670-747  (122148-122225)   100% ->
748-987  (162813-163052)   100% ->
988-1007  (172315-172334)   100% ->
1008-1032  (243247-243271)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTCTGGAGTGGGCGCGGCCTTCGAGGAACTGCCTCACGACGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTCTGGAGTGGGCGCGGCCTTCGAGGAACTGCCTCACGACGGCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTGTGACGAGTGCGAGCCCGACGAGGCTCCGGGGGCCGAGGAAGTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTGTGACGAGTGCGAGCCCGACGAGGCTCCGGGGGCCGAGGAAGTGTGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAGAATGCGGCTTCTGCTACTGCCGCCGCCATGCCGAGGCGCACAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAGAATGCGGCTTCTGCTACTGCCGCCGCCATGCCGAGGCGCACAGGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGTTCCTCAGTCACCATCTGGCCGAATACGTCCACGGCTCCCAGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGTTCCTCAGTCACCATCTGGCCGAATACGTCCACGGCTCCCAGGCCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GACCCCGCCAGCTGACGGAGAGGGGGCGGGGAAGGAAGAAGCGGAGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GACCCCGCCAGCTGACGGAGAGGGGGCGGGGAAGGAAGAAGCGGAGGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGTGGAGCAGGAGAGGGAGATAGAAAGCGAGGCAGGGGAAGAGAGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGGTGGAGCAGGAGAGGGAGATAGAAAGCGAGGCAGGGGAAGAGAGTGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCGGAGGAAGAGAGCGAGTCAGAGGAAGAGAGCGAGACAGAGGAAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TCGGAGGAAGAGAGCGAGTCAGAGGAAGAGAGCGAGACAGAGGAAGAGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGAGGATGAGAGCGATGAGGAGAGTGAAGAAGACAGCGAGGAAGAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGAGGATGAGAGCGATGAGGAGAGTGAAGAAGACAGCGAGGAAGAAATGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGGATGAGCAAGAAAGCGAGGCCGAAGAAGACAACCAAGAAGAAGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGGATGAGCAAGAAAGCGAGGCCGAAGAAGACAACCAAGAAGAAGGGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TCCGAGGCGGAGGGAGAAACTGAGGCAGAAAGTGAATTTGACCCAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TCCGAGGCGGAGGGAGAAACTGAGGCAGAAAGTGAATTTGACCCAGAAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGAAATGGAAGCAGAGAGAGTGGCCAAGAGGAAGTGTCCGGACCATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGAAATGGAAGCAGAGAGAGTGGCCAAGAGGAAGTGTCCGGACCATGGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TTGATTTGAGTACCTATTGCCAGGAAGATAGGCAGCTCATCTGTGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TTGATTTGAGTACCTATTGCCAGGAAGATAGGCAGCTCATCTGTGTCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TGTCCAGTCATTGGGGCTCACCAGGGCCACCAACTCTCCACCCTAGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TGTCCAGTCATTGGGGCTCACCAGGGCCACCAACTCTCCACCCTAGACGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGCCTTTGAAGAATTAAGA         AGCAAAGACTCAGGTGGACTGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100651 AGCCTTTGAAGAATTAAGAGTA...TAGAGCAAAGACTCAGGTGGACTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGGCCGCTATGATCGAATTGGTGGAAAGGTTGAAGTTCAAGAGCTCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122170 AGGCCGCTATGATCGAATTGGTGGAAAGGTTGAAGTTCAAGAGCTCAGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CCTAAA         GTAACTCGGGACCAAATGAAGATGTTTATACAGCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122220 CCTAAAGTA...AAGGTAACTCGGGACCAAATGAAGATGTTTATACAGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GGAATTTAAGAAAGTTCAGAAAGTGATTGCTGATGAGGAGCAGAAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162848 GGAATTTAAGAAAGTTCAGAAAGTGATTGCTGATGAGGAGCAGAAGGCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TTCATCTAGTGGACATCCAAGAGGCAATGGCCACAGCTCATGTGACTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162898 TTCATCTAGTGGACATCCAAGAGGCAATGGCCACAGCTCATGTGACTGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 ATACTGGCAGACATCCAATCCCACATGGATAGGTTGATGACTCAGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162948 ATACTGGCAGACATCCAATCCCACATGGATAGGTTGATGACTCAGATGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CCAAGCCAAGGAACAACTTGATACCTCTAATGAATCAGCTGAGCCAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162998 CCAAGCCAAGGAACAACTTGATACCTCTAATGAATCAGCTGAGCCAAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CAGAG         GGCGATGAGGAAGGACCCAG         TGGTGCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 163048 CAGAGGTA...CAGGGCGATGAGGAAGGACCCAGGTA...TAGTGGTGCC

   1050     .    :    .
   1015 AGTGAAGAAGAGGACACA
        ||||||||||||||||||
 243254 AGTGAAGAAGAGGACACA