seq1 = pF1KB4614.tfa, 1788 bp
seq2 = pF1KB4614/gi568815594f_94355289.tfa (gi568815594f:94355289_94764064), 408776 bp

>pF1KB4614 1788
>gi568815594f:94355289_94764064 (Chr4)

1-96  (100001-100096)   100% ->
97-248  (168436-168587)   100% ->
249-291  (218063-218105)   100% ->
292-710  (220328-220746)   100% ->
711-883  (230277-230449)   100% ->
884-920  (231120-231156)   100% ->
921-1108  (262716-262903)   99% ->
1109-1283  (284988-285162)   99% ->
1284-1464  (299172-299352)   100% ->
1465-1585  (302139-302259)   99% ->
1586-1701  (307134-307249)   100% ->
1702-1788  (308690-308776)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCAACTACAGTGTGTCACTGGTTGGCCCAGCTCCTTGGGGTTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCAACTACAGTGTGTCACTGGTTGGCCCAGCTCCTTGGGGTTTCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCAGGGCGGTAAGGATTTCAACATGCCTCTGACAATCTCTAGT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100051 GCTGCAGGGCGGTAAGGATTTCAACATGCCTCTGACAATCTCTAGTGTA.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97      CTAAAAGATGGCGGCAAGGCAGCCCAGGCAAATGTAAGAATAGGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ..CAGCTAAAAGATGGCGGCAAGGCAGCCCAGGCAAATGTAAGAATAGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATGTGGTTCTCAGCATTGATGGAATAAATGCACAAGGAATGACTCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168481 GATGTGGTTCTCAGCATTGATGGAATAAATGCACAAGGAATGACTCATCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAAGCCCAGAATAAGATTAAGGGTTGTACAGGCTCTTTGAATATGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168531 TGAAGCCCAGAATAAGATTAAGGGTTGTACAGGCTCTTTGAATATGACTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGCAAAG         AGCATCTGCTGCACCCAAGCCTGAGCCGGTTCCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168581 TGCAAAGGTA...CAGAGCATCTGCTGCACCCAAGCCTGAGCCGGTTCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTTCAAAAG         GGAGAACCTAAAGAAGTAGTTAAACCTGTGCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 218097 GTTCAAAAGGTG...TAGGGAGAACCTAAAGAAGTAGTTAAACCTGTGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CATTACATCTCCTGCTGTGTCCAAAGTCACTTCCACAAACAACATGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220360 CATTACATCTCCTGCTGTGTCCAAAGTCACTTCCACAAACAACATGGCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACAATAAGGCACCACGGCCTTTTGGTTCTGTGTCTTCACCAAAAGTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220410 ACAATAAGGCACCACGGCCTTTTGGTTCTGTGTCTTCACCAAAAGTCACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCCATCCCATCACCATCGTCTGCCTTCACCCCAGCCCATGCGACCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220460 TCCATCCCATCACCATCGTCTGCCTTCACCCCAGCCCATGCGACCACCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ATCACATGCTTCCCCTTCACCCGTGGCTGCCGTCACTCCTCCCCTGTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220510 ATCACATGCTTCCCCTTCACCCGTGGCTGCCGTCACTCCTCCCCTGTTCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTGCATCTGGACTGCATGCTAATGCCAATCTTAGTGCTGACCAGTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220560 CTGCATCTGGACTGCATGCTAATGCCAATCTTAGTGCTGACCAGTCTCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCTGCACTGAGCGCTGGTAAAACTGCAGTTAATGTCCCACGGCAGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220610 TCTGCACTGAGCGCTGGTAAAACTGCAGTTAATGTCCCACGGCAGCCCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AGTCACCAGCGTGTGTTCCGAGACTTCTCAGGAGCTAGCAGAGGGACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220660 AGTCACCAGCGTGTGTTCCGAGACTTCTCAGGAGCTAGCAGAGGGACAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GAAGAGGATCCCAGGGTGACAGTAAACAGCAAAATGG         CCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 220710 GAAGAGGATCCCAGGGTGACAGTAAACAGCAAAATGGGTA...TAGCCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CCAAGAAAACACATTGTGGAGCGCTATACAGAGTTTTATCATGTACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230281 CCAAGAAAACACATTGTGGAGCGCTATACAGAGTTTTATCATGTACCCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TCACAGTGATGCCAGCAAGAAGAGACTGATTGAGGATACTGAAGACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230331 TCACAGTGATGCCAGCAAGAAGAGACTGATTGAGGATACTGAAGACTGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GTCCAAGGACTGGAACAACTCAGTCTCGCTCTTTCCGAATCCTTGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230381 GTCCAAGGACTGGAACAACTCAGTCTCGCTCTTTCCGAATCCTTGCCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ATCACTGGGACTGAACATT         TGAAAGAATCTGAAGCCGATAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 230431 ATCACTGGGACTGAACATTGTA...CAGTGAAAGAATCTGAAGCCGATAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TACAAAGAAGGCAAA         TAACTCTCAGGAGCCTTCTCCGCAGT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 231142 TACAAAGAAGGCAAAGTA...CAGTAACTCTCAGGAGCCTTCTCCGCAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGGCTTCCTCGGTAGCTTCCACACGGAGCATGCCCGAGAGCCTGGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 262742 TGGCTTCCTCGGTAGCTTCCACACGGAGCATGCCCGAGAGCCTGGACAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CCAACCTCTGGCAGACCAGGGGTTACCAGCCTCACAACTGCAGCTGCCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 262792 CCAACCTCTGGCAGACCAGGGGTTACCAGCCTCACAGCTGCAGCTGCCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CAAGCCTGTAGGATCCACTGGCGTCATCAAGTCACCAAGCTGGCAACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 262842 CAAGCCTGTAGGATCCACTGGCGTCATCAAGTCACCAAGCTGGCAACGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CAAACCAAGGAG         TACCTTCCACTGGAAGAATCTCAAACAGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 262892 CAAACCAAGGAGGTA...TAGTACCTTCCACTGGAAGAATCTCAAACAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GCTGCTTACTCAGGATCAGTGGCACCAGCCAACTCAGCTTTGGGACAAAC
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 285017 GCTACTTACTCAGGATCAGTGGCACCAGCCAACTCAGCTTTGGGACAAAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CCAGCCAAGTGACCAGGACACTTTAGTGCAAAGAGCTGAGCACATTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 285067 CCAGCCAAGTGACCAGGACACTTTAGTGCAAAGAGCTGAGCACATTCCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CAGGGAAACGAACTCCGATGTGCGCCCATTGTAACCAGGTCATCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 285117 CAGGGAAACGAACTCCGATGTGCGCCCATTGTAACCAGGTCATCAGGTT.

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284      AGGACCATTCTTAGTGGCACTGGGGAAATCTTGGCACCCAGAAGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 285167 ..CAGAGGACCATTCTTAGTGGCACTGGGGAAATCTTGGCACCCAGAAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 ATTCAACTGCGCTCACTGCAAAAATACAATGGCCTACATTGGATTTGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 299217 ATTCAACTGCGCTCACTGCAAAAATACAATGGCCTACATTGGATTTGTAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 AGGAGAAAGGAGCCCTGTATTGTGAGCTGTGCTATGAGAAATTCTTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 299267 AGGAGAAAGGAGCCCTGTATTGTGAGCTGTGCTATGAGAAATTCTTTGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CCTGAATGTGGTCGATGCCAAAGGAAGATCCTTGGA         GAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 299317 CCTGAATGTGGTCGATGCCAAAGGAAGATCCTTGGAGTA...CAGGAAGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CATCAATGCGTTGAAACAAACTTGGCATGTTTCCTGTTTTGTGTGTGTAG
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 302144 CATCAGTGCGTTGAAACAAACTTGGCATGTTTCCTGTTTTGTGTGTGTAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CCTGTGGAAAGCCCATTCGGAACAATGTTTTTCACTTGGAGGATGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 302194 CCTGTGGAAAGCCCATTCGGAACAATGTTTTTCACTTGGAGGATGGTGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 CCCTACTGTGAGACTG         ATTATTATGCCCTCTTTGGTACTAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 302244 CCCTACTGTGAGACTGGTA...CAGATTATTATGCCCTCTTTGGTACTAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 ATGCCATGGATGTGAATTTCCCATAGAAGCTGGTGACATGTTCCTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 307159 ATGCCATGGATGTGAATTTCCCATAGAAGCTGGTGACATGTTCCTGGAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 CTCTGGGCTACACCTGGCATGACACTTGCTTTGTATGCTCA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 307209 CTCTGGGCTACACCTGGCATGACACTTGCTTTGTATGCTCAGTA...CAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 GTGTGTTGTGAAAGTTTGGAAGGTCAGACCTTTTTCTCCAAGAAGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308690 GTGTGTTGTGAAAGTTTGGAAGGTCAGACCTTTTTCTCCAAGAAGGACAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .
   1752 GCCCCTGTGTAAGAAACATGCTCATTCTGTGAATTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308740 GCCCCTGTGTAAGAAACATGCTCATTCTGTGAATTTT