seq1 = pF1KB4605.tfa, 1416 bp
seq2 = pF1KB4605/gi568815575f_23954969.tfa (gi568815575f:23954969_24176782), 221814 bp

>pF1KB4605 1416
>gi568815575f:23954969_24176782 (ChrX)

1-69  (100001-100069)   100% ->
70-133  (100647-100710)   98% ->
134-261  (102453-102580)   100% ->
262-383  (102665-102786)   100% ->
384-478  (105120-105214)   100% ->
479-637  (107448-107606)   100% ->
638-772  (109233-109367)   100% ->
773-867  (111030-111124)   100% ->
868-1012  (112996-113140)   100% ->
1013-1182  (116590-116759)   100% ->
1183-1355  (118123-118295)   100% ->
1356-1416  (121754-121814)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGCGGAGAAGCTGGAGTGACTCTAGGGCAGCCGCATCTTTCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGCGGAGAAGCTGGAGTGACTCTAGGGCAGCCGCATCTTTCGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCAGGATCTCACCACCTTG         GATGTTACCAAGTTGACGCCAC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100051 TCAGGATCTCACCACCTTGGTG...CAGGATGTTACCAAGTTGACGCCAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTTCACATGAAGTTATCAGCAGACAAGCCACAATTAACATAG        
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100669 TTTCACACGAAGTTATCAGCAGACAAGCCACAATTAACATAGGTA...TA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    134  GTACAATTGGTCATGTAGCTCATGGGAAATCCACAGTCGTCAAAGCTAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102452 GGTACAATTGGTCATGTAGCTCATGGGAAATCCACAGTCGTCAAAGCTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTCTGGAGTTCATACTGTCAGGTTCAAAAATGAACTAGAAAGAAATATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102502 TTCTGGAGTTCATACTGTCAGGTTCAAAAATGAACTAGAAAGAAATATTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAATCAAGCTTGGATATGCTAATGCTAAG         ATTTATAAGCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 102552 CAATCAAGCTTGGATATGCTAATGCTAAGGTA...TAGATTTATAAGCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GATGACCCAAGTTGCCCTCGGCCAGAATGTTATAGATCTTGTGGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102677 GATGACCCAAGTTGCCCTCGGCCAGAATGTTATAGATCTTGTGGGAGCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TACACCTGACGAGTTTCCTACGGACATTCCAGGGACCAAAGGGAACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102727 TACACCTGACGAGTTTCCTACGGACATTCCAGGGACCAAAGGGAACTTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AATTAGTCAG         ACATGTTTCCTTTGTTGACTGTCCTGGCCAC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 102777 AATTAGTCAGGTG...TAGACATGTTTCCTTTGTTGACTGTCCTGGCCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GATATTTTGATGGCTACTATGCTGAACGGTGCAGCAGTGATGGATGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105151 GATATTTTGATGGCTACTATGCTGAACGGTGCAGCAGTGATGGATGCAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCTTCTGTTGATAG         CTGGTAATGAATCTTGCCCTCAGCCTC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 105201 TCTTCTGTTGATAGGTA...TAGCTGGTAATGAATCTTGCCCTCAGCCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGACATCGGAACACCTGGCTGCTATAGAGATCATGAAACTGAAGCATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107475 AGACATCGGAACACCTGGCTGCTATAGAGATCATGAAACTGAAGCATATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TTGATTCTACAAAATAAAATTGATTTGGTAAAAGAAAGTCAGGCTAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107525 TTGATTCTACAAAATAAAATTGATTTGGTAAAAGAAAGTCAGGCTAAAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ACAATACGAGCAGATCCTTGCATTTGTCCAAG         GTACAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 107575 ACAATACGAGCAGATCCTTGCATTTGTCCAAGGTA...TAGGTACAGTAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CAGAGGGAGCTCCCATTATTCCAATTTCAGCTCAGCTGAAATACAATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109242 CAGAGGGAGCTCCCATTATTCCAATTTCAGCTCAGCTGAAATACAATATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAAGTTGTTTGTGAGTACATAGTAAAGAAAATTCCAGTACCCCCAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109292 GAAGTTGTTTGTGAGTACATAGTAAAGAAAATTCCAGTACCCCCAAGAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTTTACTTCAGAGCCCCGGCTTATTG         TTATTAGATCTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 109342 CTTTACTTCAGAGCCCCGGCTTATTGGTA...TAGTTATTAGATCTTTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATGTCAACAAACCTGGCTGTGAAGTTGATGACCTTAAGGGAGGTGTAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111045 ATGTCAACAAACCTGGCTGTGAAGTTGATGACCTTAAGGGAGGTGTAGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGTGGTAGTATCCTAAAAGGAGTATTAAAG         GTGGGCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 111095 GGTGGTAGTATCCTAAAAGGAGTATTAAAGGTA...CAGGTGGGCCAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GATAGAAGTAAGACCTGGTATTGTTTCCAAAGATAGTGAAGGAAAACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113007 GATAGAAGTAAGACCTGGTATTGTTTCCAAAGATAGTGAAGGAAAACTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGTGTAAACCAATCTTTTCCAAAATTGTATCACTTTTTGCGGAGCATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113057 TGTGTAAACCAATCTTTTCCAAAATTGTATCACTTTTTGCGGAGCATAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GATCTGCAATATGCTGCTCCAGGCGGTCTTATTG         GAGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 113107 GATCTGCAATATGCTGCTCCAGGCGGTCTTATTGGTA...TAGGAGTTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AACAAAAATTGACCCCACTTTGTGCCGGGCTGACAGAATGGTGGGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116597 AACAAAAATTGACCCCACTTTGTGCCGGGCTGACAGAATGGTGGGGCAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TACTTGGTGCAGTCGGAGCTTTACCTGAGATATTCACAGAATTGGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116647 TACTTGGTGCAGTCGGAGCTTTACCTGAGATATTCACAGAATTGGAAATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TCCTATTTCCTGCTTAGACGGCTTCTAGGTGTACGCACTGAAGGAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116697 TCCTATTTCCTGCTTAGACGGCTTCTAGGTGTACGCACTGAAGGAGACAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GAAAGCAGCAAAG         GTTCAAAAGCTGTCTAAGAATGAAGTGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 116747 GAAAGCAGCAAAGGTA...TAGGTTCAAAAGCTGTCTAAGAATGAAGTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TCATGGTGAACATAGGATCCCTGTCAACAGGAGGGAGAGTTAGTGCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118151 TCATGGTGAACATAGGATCCCTGTCAACAGGAGGGAGAGTTAGTGCTGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AAGGCCGATTTGGGTAAAATTGTTTTGACCAATCCAGTGTGCACAGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118201 AAGGCCGATTTGGGTAAAATTGTTTTGACCAATCCAGTGTGCACAGAGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 AGGAGAAAAAATTGCCCTTAGCCGAAGAGTTGAAAAACACTGGCG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 118251 AGGAGAAAAAATTGCCCTTAGCCGAAGAGTTGAAAAACACTGGCGGTA..

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356     TTTAATTGGTTGGGGTCAGATAAGAAGAGGAGTGACAATCAAGCCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118301 .CAGTTTAATTGGTTGGGGTCAGATAAGAAGAGGAGTGACAATCAAGCCA

   1500     .    :    .
   1402 ACAGTAGATGATGAC
        |||||||||||||||
 121800 ACAGTAGATGATGAC