seq1 = pF1KB4585.tfa, 1038 bp
seq2 = pF1KB4585/gi568815575f_68729777.tfa (gi568815575f:68729777_68940651), 210875 bp

>pF1KB4585 1038
>gi568815575f:68729777_68940651 (ChrX)

1-128  (100001-100128)   100% ->
129-406  (108841-109118)   100% ->
407-499  (109888-109980)   100% ->
500-628  (110184-110312)   100% ->
629-1038  (110466-110875)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCGGCCTGGGCAGCGTTGGCTCGGCAAGTGGCTTGTGGCGATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCGGCCTGGGCAGCGTTGGCTCGGCAAGTGGCTTGTGGCGATGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTGTGGGCGCTGTGCCGGCTCGCCACACCGCTGGCCAAGAACCTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGTGTGGGCGCTGTGCCGGCTCGCCACACCGCTGGCCAAGAACCTGGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGTATCCTGGAGCTCCCTCAACCCCAA         GTTCCTGAGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100101 CCGTATCCTGGAGCTCCCTCAACCCCAAGTG...CAGGTTCCTGAGTGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGGGCTTGGTGATCTATCCGAAAATTGGAGACAAGCTGGACATCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108854 AAGGGCTTGGTGATCTATCCGAAAATTGGAGACAAGCTGGACATCATCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCCCCGAGCAGAAGCAGGGCGGCCCTATGAGTACTACAAGCTGTACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108904 CCCCCGAGCAGAAGCAGGGCGGCCCTATGAGTACTACAAGCTGTACCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGCGGCCTGAGCAGGCAGCTGCCTGTAGCACAGTTCTCGACCCCAACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108954 TGCGGCCTGAGCAGGCAGCTGCCTGTAGCACAGTTCTCGACCCCAACGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTGGTCACCTGCAATAGGCCAGAGCAGGAAATACGCTTTACCATCAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109004 TTGGTCACCTGCAATAGGCCAGAGCAGGAAATACGCTTTACCATCAAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCAGGAGTTCAGCCCCAACTACATGGGCCTGGAGTTCAAGAAGCACCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109054 CCAGGAGTTCAGCCCCAACTACATGGGCCTGGAGTTCAAGAAGCACCATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATTACTACATTACCT         CAACATCCAATGGAAGCCTGGAGGGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 109104 ATTACTACATTACCTGTG...CAGCAACATCCAATGGAAGCCTGGAGGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTGGAAAACCGGGAGGGCGGTGTGTGCCGCACACGCACCATGAAGATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109914 CTGGAAAACCGGGAGGGCGGTGTGTGCCGCACACGCACCATGAAGATCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CATGAAGGTTGGGCAAG         ATCCCAATGCTGTGACGCCTGAGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 109964 CATGAAGGTTGGGCAAGGTG...TAGATCCCAATGCTGTGACGCCTGAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGCTGACTACCAGCAGGCCCAGCAAGGAGGCAGACAACACTGTCAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110208 AGCTGACTACCAGCAGGCCCAGCAAGGAGGCAGACAACACTGTCAAGATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCCACACAGGCCCCTGGTAGTCGGGGCTCCCTGGGTGACTCTGATGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110258 GCCACACAGGCCCCTGGTAGTCGGGGCTCCCTGGGTGACTCTGATGGCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCATG         AGACTGTGAACCAGGAAGAGAAGAGTGGCCCAGGTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110308 GCATGGTA...CAGAGACTGTGAACCAGGAAGAGAAGAGTGGCCCAGGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CAAGTGGGGGCAGCAGCGGGGACCCTGATGGCTTCTTCAACTCCAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110502 CAAGTGGGGGCAGCAGCGGGGACCCTGATGGCTTCTTCAACTCCAAGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GCATTGTTCGCGGCTGTCGGTGCCGGTTGCGTCATCTTCCTGCTCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110552 GCATTGTTCGCGGCTGTCGGTGCCGGTTGCGTCATCTTCCTGCTCATCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CATCTTCCTGACGGTCCTACTACTGAAGCTACGCAAGCGGCACCGCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110602 CATCTTCCTGACGGTCCTACTACTGAAGCTACGCAAGCGGCACCGCAAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ACACACAGCAGCGGGCGGCTGCCCTCTCGCTCAGTACCCTGGCCAGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110652 ACACACAGCAGCGGGCGGCTGCCCTCTCGCTCAGTACCCTGGCCAGTCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AAGGGGGGCAGTGGCACAGCGGGCACCGAGCCCAGCGACATCATCATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110702 AAGGGGGGCAGTGGCACAGCGGGCACCGAGCCCAGCGACATCATCATTCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CTTACGGACTACAGAGAACAACTACTGCCCCCACTATGAGAAGGTGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110752 CTTACGGACTACAGAGAACAACTACTGCCCCCACTATGAGAAGGTGAGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GGGACTACGGGCACCCTGTCTACATCGTCCAAGAGATGCCGCCCCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110802 GGGACTACGGGCACCCTGTCTACATCGTCCAAGAGATGCCGCCCCAGAGC

   1050     .    :    .    :
   1015 CCGGCGAACATCTACTACAAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||
 110852 CCGGCGAACATCTACTACAAGGTC