seq1 = pF1KB4573.tfa, 1944 bp
seq2 = pF1KB4573/gi568815595r_12484517.tfa (gi568815595r:12484517_12718721), 234205 bp

>pF1KB4573 1944
>gi568815595r:12484517_12718721 (Chr3)

(complement)

1-207  (100001-100207)   100% ->
208-320  (106660-106772)   100% ->
321-423  (109387-109489)   100% ->
424-581  (109799-109956)   100% ->
582-680  (112423-112521)   100% ->
681-834  (114433-114586)   100% ->
835-862  (118307-118334)   100% ->
863-990  (118443-118570)   100% ->
991-1108  (118914-119031)   100% ->
1109-1193  (126930-127014)   100% ->
1194-1370  (127748-127924)   100% ->
1371-1417  (131085-131131)   100% ->
1418-1536  (132923-133041)   100% ->
1537-1668  (133469-133600)   100% ->
1669-1803  (133741-133875)   100% ->
1804-1944  (134065-134205)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCACATACAGGGAGCTTGGAAGACGATCAGCAATGGTTTTGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCACATACAGGGAGCTTGGAAGACGATCAGCAATGGTTTTGGATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAAGATGCCGTGTTTGATGGCTCCAGCTGCATCTCTCCTACAATAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAAGATGCCGTGTTTGATGGCTCCAGCTGCATCTCTCCTACAATAGTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCAGTTTGGCTATCAGCGCCGGGCATCAGATGATGGCAAACTCACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCAGTTTGGCTATCAGCGCCGGGCATCAGATGATGGCAAACTCACAGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCTTCTAAGACAAGCAACACTATCCGTGTTTTCTTGCCGAACAAGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCTTCTAAGACAAGCAACACTATCCGTGTTTTCTTGCCGAACAAGCAAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AACAGTG         GTCAATGTGCGAAATGGAATGAGCTTGCATGACT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AACAGTGGTA...TAGGTCAATGTGCGAAATGGAATGAGCTTGCATGACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCCTTATGAAAGCACTCAAGGTGAGGGGCCTGCAACCAGAGTGCTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106694 GCCTTATGAAAGCACTCAAGGTGAGGGGCCTGCAACCAGAGTGCTGTGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGTTCAGACTTCTCCACGAACACAAAGG         TAAAAAAGCACG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 106744 GTGTTCAGACTTCTCCACGAACACAAAGGGTA...TAGTAAAAAAGCACG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTAGATTGGAATACTGATGCTGCGTCTTTGATTGGAGAAGAACTTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109399 CTTAGATTGGAATACTGATGCTGCGTCTTTGATTGGAGAAGAACTTCAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TAGATTTCCTGGATCATGTTCCCCTCACAACACACAACTTT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 109449 TAGATTTCCTGGATCATGTTCCCCTCACAACACACAACTTTGTA...TAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCTCGGAAGACGTTCCTGAAGCTTGCCTTCTGTGACATCTGTCAGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109799 GCTCGGAAGACGTTCCTGAAGCTTGCCTTCTGTGACATCTGTCAGAAATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCTGCTCAATGGATTTCGATGTCAGACTTGTGGCTACAAATTTCATGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109849 CCTGCTCAATGGATTTCGATGTCAGACTTGTGGCTACAAATTTCATGAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACTGTAGCACCAAAGTACCTACTATGTGTGTGGACTGGAGTAACATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109899 ACTGTAGCACCAAAGTACCTACTATGTGTGTGGACTGGAGTAACATCAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAACTCTT         ATTGTTTCCAAATTCCACTATTGGTGATAGTGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 109949 CAACTCTTGTA...TAGATTGTTTCCAAATTCCACTATTGGTGATAGTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGTCCCAGCACTACCTTCTTTGACTATGCGTCGTATGCGAGAGTCTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112456 AGTCCCAGCACTACCTTCTTTGACTATGCGTCGTATGCGAGAGTCTGTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCAGGATGCCTGTTAG         TTCTCAGCACAGATATTCTACACCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 112506 CCAGGATGCCTGTTAGGTA...TAGTTCTCAGCACAGATATTCTACACCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CACGCCTTCACCTTTAACACCTCCAGTCCCTCATCTGAAGGTTCCCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114458 CACGCCTTCACCTTTAACACCTCCAGTCCCTCATCTGAAGGTTCCCTCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCAGAGGCAGAGGTCGACATCCACACCTAATGTCCACATGGTCAGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114508 CCAGAGGCAGAGGTCGACATCCACACCTAATGTCCACATGGTCAGCACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCCTGCCTGTGGACAGCAGGATGATTGAG         GATGCAATTCGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 114558 CCCTGCCTGTGGACAGCAGGATGATTGAGGTA...CAGGATGCAATTCGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AGTCACAGCGAATCAG         CCTCACCTTCAGCCCTGTCCAGTAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 118319 AGTCACAGCGAATCAGGTA...AAGCCTCACCTTCAGCCCTGTCCAGTAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCCCAACAATCTGAGCCCAACAGGCTGGTCACAGCCGAAAACCCCCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118468 CCCCAACAATCTGAGCCCAACAGGCTGGTCACAGCCGAAAACCCCCGTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CAGCACAAAGAGAGCGGGCACCAGTATCTGGGACCCAGGAGAAAAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118518 CAGCACAAAGAGAGCGGGCACCAGTATCTGGGACCCAGGAGAAAAACAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ATT         AGGCCTCGTGGACAGAGAGATTCAAGCTATTATTGGGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118568 ATTGTG...CAGAGGCCTCGTGGACAGAGAGATTCAAGCTATTATTGGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AATAGAAGCCAGTGAAGTGATGCTGTCCACTCGGATTGGGTCAGGCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118952 AATAGAAGCCAGTGAAGTGATGCTGTCCACTCGGATTGGGTCAGGCTCTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTGGAACTGTTTATAAGGGTAAATGGCACG         GAGATGTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 119002 TTGGAACTGTTTATAAGGGTAAATGGCACGGTA...CAGGAGATGTTGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GTAAAGATCCTAAAGGTTGTCGACCCAACCCCAGAGCAATTCCAGGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126941 GTAAAGATCCTAAAGGTTGTCGACCCAACCCCAGAGCAATTCCAGGCCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CAGGAATGAGGTGGCTGTTCTGCG         CAAAACACGGCATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 126991 CAGGAATGAGGTGGCTGTTCTGCGGTG...CAGCAAAACACGGCATGTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ACATTCTGCTTTTCATGGGGTACATGACAAAGGACAACCTGGCAATTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127765 ACATTCTGCTTTTCATGGGGTACATGACAAAGGACAACCTGGCAATTGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ACCCAGTGGTGCGAGGGCAGCAGCCTCTACAAACACCTGCATGTCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127815 ACCCAGTGGTGCGAGGGCAGCAGCCTCTACAAACACCTGCATGTCCAGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GACCAAGTTTCAGATGTTCCAGCTAATTGACATTGCCCGGCAGACGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127865 GACCAAGTTTCAGATGTTCCAGCTAATTGACATTGCCCGGCAGACGGCTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AGGGAATGGA         CTATTTGCATGCAAAGAACATCATCCATAGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 127915 AGGGAATGGAGTG...CAGCTATTTGCATGCAAAGAACATCATCCATAGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GACATGAAATCCAACA         ATATATTTCTCCATGAAGGCTTAAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 131116 GACATGAAATCCAACAGTA...GAGATATATTTCTCCATGAAGGCTTAAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 AGTGAAAATTGGAGATTTTGGTTTGGCAACAGTAAAGTCACGCTGGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132948 AGTGAAAATTGGAGATTTTGGTTTGGCAACAGTAAAGTCACGCTGGAGTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GTTCTCAGCAGGTTGAACAACCTACTGGCTCTGTCCTCTGGATG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 132998 GTTCTCAGCAGGTTGAACAACCTACTGGCTCTGTCCTCTGGATGGTG...

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1537    GCCCCAGAGGTGATCCGAATGCAGGATAACAACCCATTCAGTTTCCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133466 TAGGCCCCAGAGGTGATCCGAATGCAGGATAACAACCCATTCAGTTTCCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GTCGGATGTCTACTCCTATGGCATCGTATTGTATGAACTGATGACGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133516 GTCGGATGTCTACTCCTATGGCATCGTATTGTATGAACTGATGACGGGGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 AGCTTCCTTATTCTCACATCAACAACCGAGATCAG         ATCATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 133566 AGCTTCCTTATTCTCACATCAACAACCGAGATCAGGTA...TAGATCATC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 TTCATGGTGGGCCGAGGATATGCCTCCCCAGATCTTAGTAAGCTATATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133747 TTCATGGTGGGCCGAGGATATGCCTCCCCAGATCTTAGTAAGCTATATAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 GAACTGCCCCAAAGCAATGAAGAGGCTGGTAGCTGACTGTGTGAAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133797 GAACTGCCCCAAAGCAATGAAGAGGCTGGTAGCTGACTGTGTGAAGAAAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 TAAAGGAAGAGAGGCCTCTTTTTCCCCAG         ATCCTGTCTTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 133847 TAAAGGAAGAGAGGCCTCTTTTTCCCCAGGTA...CAGATCCTGTCTTCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 ATTGAGCTGCTCCAACACTCTCTACCGAAGATCAACCGGAGCGCTTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134077 ATTGAGCTGCTCCAACACTCTCTACCGAAGATCAACCGGAGCGCTTCCGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 GCCATCCTTGCATCGGGCAGCCCACACTGAGGATATCAATGCTTGCACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134127 GCCATCCTTGCATCGGGCAGCCCACACTGAGGATATCAATGCTTGCACGC

   2050     .    :    .    :    .
   1916 TGACCACGTCCCCGAGGCTGCCTGTCTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 134177 TGACCACGTCCCCGAGGCTGCCTGTCTTC