seq1 = pF1KB4569.tfa, 1644 bp
seq2 = pF1KB4569/gi568815586r_108812538.tfa (gi568815586r:108812538_109083761), 271224 bp

>pF1KB4569 1644
>gi568815586r:108812538_109083761 (Chr12)

(complement)

1-35  (62894-62928)   100% ->
36-196  (100001-100161)   100% ->
197-282  (105099-105184)   100% ->
283-381  (106266-106364)   100% ->
382-453  (111286-111357)   100% ->
454-578  (122715-122839)   100% ->
579-642  (138596-138659)   100% ->
643-768  (142853-142978)   100% ->
769-897  (144807-144935)   100% ->
898-971  (146425-146498)   100% ->
972-1048  (149491-149567)   100% ->
1049-1156  (160965-161072)   100% ->
1157-1268  (163976-164087)   100% ->
1269-1350  (165638-165719)   100% ->
1351-1440  (167890-167979)   100% ->
1441-1644  (171021-171224)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGAGGACTTATTCCAGCTAAGGCAGCTGCC         GGTTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
  62894 ATGGAGGAGGACTTATTCCAGCTAAGGCAGCTGCCGTG...TAGGGTTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GAAATTCCGTCGCACAGGCGAGAGTGCAAGGTCAGAGGACGACACGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100007 GAAATTCCGTCGCACAGGCGAGAGTGCAAGGTCAGAGGACGACACGGCTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGGAGAGCATGAAGTCCAGATTGAAGGGGTCCACGTGGGCCTAGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100057 CAGGAGAGCATGAAGTCCAGATTGAAGGGGTCCACGTGGGCCTAGAGGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGGAGCTGGATGATGGGGCAGCTGTGCCCAAGGAGTTTGCCAATCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100107 GTGGAGCTGGATGATGGGGCAGCTGTGCCCAAGGAGTTTGCCAATCCCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGATG         ATACTTTCATGGTGGAAGATGCAGTGGAAGCCATTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100157 TGATGGTG...CAGATACTTTCATGGTGGAAGATGCAGTGGAAGCCATTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCTTTGGAAAATTTCAGTGGAAGCTGTCTGTTCTCACTGGCTTGGCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105135 GCTTTGGAAAATTTCAGTGGAAGCTGTCTGTTCTCACTGGCTTGGCTTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283          ATGGCTGATGCCATGGAGATGATGATCCTCAGCATCCTGGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105185 GCA...CAGATGGCTGATGCCATGGAGATGATGATCCTCAGCATCCTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACCACAGCTGCATTGCGAGTGGAGGCTCCCAAGCTGGCAGGTGGCATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106307 ACCACAGCTGCATTGCGAGTGGAGGCTCCCAAGCTGGCAGGTGGCATTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGACCTCG         GTGGTCTTTGTAGGCATGATGTCCAGCTCCACG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 106357 TGACCTCGGTA...CAGGTGGTCTTTGTAGGCATGATGTCCAGCTCCACG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTCTGGGGAAATATCTCAGACCAGTACGGCAGGAAAACA         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 111319 CTCTGGGGAAATATCTCAGACCAGTACGGCAGGAAAACAGTA...CAGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GCTGAAGATCAGCGTGCTGTGGACTCTGTACTATGGCATCCTTAGTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122717 GCTGAAGATCAGCGTGCTGTGGACTCTGTACTATGGCATCCTTAGTGCAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTGCGCCCGTGTATAGCTGGATCCTGGTGCTCCGGGGCCTGGTGGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122767 TTGCGCCCGTGTATAGCTGGATCCTGGTGCTCCGGGGCCTGGTGGGCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GGGATCGGAGGAGTTCCCCAGTC         GGTGACGCTGTATGCCGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 122817 GGGATCGGAGGAGTTCCCCAGTCGTA...CAGGGTGACGCTGTATGCCGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GTTCCTTCCCATGAAAGCCAGAGCTAAATGTATTTTGCTGATTGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 138614 GTTCCTTCCCATGAAAGCCAGAGCTAAATGTATTTTGCTGATTGAGGTA.

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    643      GTATTCTGGGCCATCGGGACAGTGTTCGAGGTCGTCCTGGCTGTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138664 ..CAGGTATTCTGGGCCATCGGGACAGTGTTCGAGGTCGTCCTGGCTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TTCGTGATGCCCAGCCTGGGCTGGCGTTGGCTGCTCATCCTCTCAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142898 TTCGTGATGCCCAGCCTGGGCTGGCGTTGGCTGCTCATCCTCTCAGCTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CCCGCTCCTCCTCTTTGCCGTGCTGTGTTTC         TGGCTGCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 142948 CCCGCTCCTCCTCTTTGCCGTGCTGTGTTTCGTA...CAGTGGCTGCCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AAAGTGCAAGGTATGATGTGCTGTCAGGGAACCAGGAAAAGGCAATCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144817 AAAGTGCAAGGTATGATGTGCTGTCAGGGAACCAGGAAAAGGCAATCGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ACCTTAAAGAGGATAGCAACTGAAAACGGAGCTCCCATGCCGCTGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144867 ACCTTAAAGAGGATAGCAACTGAAAACGGAGCTCCCATGCCGCTGGGGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 ACTCATCATCTCCAGACAG         GAAGACCGAGGCAAAATGAGGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 144917 ACTCATCATCTCCAGACAGGTC...CAGGAAGACCGAGGCAAAATGAGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 ACCTTTTCACACCCCATTTTAGATGGACAACTTTGCTGCTGTGGTTTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146447 ACCTTTTCACACCCCATTTTAGATGGACAACTTTGCTGCTGTGGTTTATA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TG         GTTTTCCAATGCATTCTCTTACTACGGGTTAGTTCTACT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146497 TGGTA...CAGGTTTTCCAATGCATTCTCTTACTACGGGTTAGTTCTACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CACCACAGAACTCTTCCAGGCAGGAGATGTCTGCGGCA         TCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 149530 CACCACAGAACTCTTCCAGGCAGGAGATGTCTGCGGCAGTG...CAGTCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 CCAGTCGGAAGAAGGCTGTAGAGGCAAAATGCAGCCTGGCCTGCGAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160968 CCAGTCGGAAGAAGGCTGTAGAGGCAAAATGCAGCCTGGCCTGCGAGTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CTGAGTGAGGAGGATTACATGGACTTGCTGTGGACCACCCTCTCTGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161018 CTGAGTGAGGAGGATTACATGGACTTGCTGTGGACCACCCTCTCTGAGTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TCCAG         GTGTCCTTGTGACTCTGTGGATTATTGACCGCCTGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161068 TCCAGGTG...CAGGTGTCCTTGTGACTCTGTGGATTATTGACCGCCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 GGCGCAAGAAGACCATGGCCCTGTGCTTTGTCATCTTCTCCTTCTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164012 GGCGCAAGAAGACCATGGCCCTGTGCTTTGTCATCTTCTCCTTCTGCAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CTCCTGCTGTTTATCTGTGTTGGAAG         AAATGTGCTCACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 164062 CTCCTGCTGTTTATCTGTGTTGGAAGGTA...TAGAAATGTGCTCACTCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 GTTACTCTTCATTGCAAGAGCGTTTATTTCTGGAGGCTTTCAAGCGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165653 GTTACTCTTCATTGCAAGAGCGTTTATTTCTGGAGGCTTTCAAGCGGCAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 ATGTTTACACACCTGAG         GTCTACCCCACGGCAACGCGGGCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 165703 ATGTTTACACACCTGAGGTA...CAGGTCTACCCCACGGCAACGCGGGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 CTCGGCCTGGGCACCTGCAGCGGCATGGCAAGAGTGGGTGCTCTCATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167914 CTCGGCCTGGGCACCTGCAGCGGCATGGCAAGAGTGGGTGCTCTCATCAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 TCCGTTCATCGCCCAG         GTGATGCTGGAATCCTCTGTGTACC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 167964 TCCGTTCATCGCCCAGGTA...TAGGTGATGCTGGAATCCTCTGTGTACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 TGACTCTGGCAGTTTACAGTGGCTGCTGCCTCCTGGCTGCCCTGGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171046 TGACTCTGGCAGTTTACAGTGGCTGCTGCCTCCTGGCTGCCCTGGCCTCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 TGCTTTTTGCCCATTGAGACCAAAGGCCGAGGACTGCAGGAGTCCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171096 TGCTTTTTGCCCATTGAGACCAAAGGCCGAGGACTGCAGGAGTCCAGCCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 CCGGGAGTGGGGCCAGGAGATGGTCGGCCGAGGAATGCACGGTGCAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171146 CCGGGAGTGGGGCCAGGAGATGGTCGGCCGAGGAATGCACGGTGCAGGTG

   1750     .    :    .    :    .
   1616 TTACCAGGTCGAACTCTGGCTCTCAGGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||
 171196 TTACCAGGTCGAACTCTGGCTCTCAGGAA