seq1 = pF1KB4538.tfa, 1191 bp
seq2 = pF1KB4538/gi568815596f_62122221.tfa (gi568815596f:62122221_62323411), 201191 bp

>pF1KB4538 1191
>gi568815596f:62122221_62323411 (Chr2)

1-1191  (100001-101191)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTGTTGGACGTCGAAGAATAAAGTTGTTGGGTATCCTGATGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTGTTGGACGTCGAAGAATAAAGTTGTTGGGTATCCTGATGATGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAATGTCTTCATTTATTTTATTATGGAAGTCTCCAAAAGCAGTAGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAATGTCTTCATTTATTTTATTATGGAAGTCTCCAAAAGCAGTAGCCAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAAAAAATGGAAAAGGGGAAGTAATAATACCCAAAGAGAAGTTCTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAAAAAATGGAAAAGGGGAAGTAATAATACCCAAAGAGAAGTTCTGGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATATCTACCCCTCCCGAGGCATACTGGAACCGAGAGCAAGAGAAGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATATCTACCCCTCCCGAGGCATACTGGAACCGAGAGCAAGAGAAGCTGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCGGCAGTACAACCCCATCCTGAGCATGCTGACCAACCAGACGGGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCGGCAGTACAACCCCATCCTGAGCATGCTGACCAACCAGACGGGGGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGGGCAGGCTCTCCAATATAAGCCATCTGAACTACTGCGAACCTGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGGGCAGGCTCTCCAATATAAGCCATCTGAACTACTGCGAACCTGACCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGGGTCACGTCGGTGGTTACGGGTTTTAACAACTTGCCGGACAGATTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGGGTCACGTCGGTGGTTACGGGTTTTAACAACTTGCCGGACAGATTTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGACTTTCTGCTGTATTTGAGATGCCGCAATTATTCACTGCTTATAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGACTTTCTGCTGTATTTGAGATGCCGCAATTATTCACTGCTTATAGATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGCCGGATAAGTGTGCAAAGAAACCTTTCTTGTTGCTGGCGATTAAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGCCGGATAAGTGTGCAAAGAAACCTTTCTTGTTGCTGGCGATTAAGTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTCACTCCACATTTTGCCAGAAGGCAAGCAATCCGGGAATCCTGGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTCACTCCACATTTTGCCAGAAGGCAAGCAATCCGGGAATCCTGGGGCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGAAAGCAACGCAGGGAACCAAACGGTGGTGCGAGTCTTCCTGCTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGAAAGCAACGCAGGGAACCAAACGGTGGTGCGAGTCTTCCTGCTGGGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGACACCCCCAGAGGACAACCACCCCGACCTTTCAGATATGCTGAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGACACCCCCAGAGGACAACCACCCCGACCTTTCAGATATGCTGAAATTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAGAGTGAGAAGCACCAAGACATTCTTATGTGGAACTACAGAGACACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GAGAGTGAGAAGCACCAAGACATTCTTATGTGGAACTACAGAGACACTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTTCAACTTGTCTCTGAAGGAAGTGCTGTTTCTCAGGTGGGTAAGTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTTCAACTTGTCTCTGAAGGAAGTGCTGTTTCTCAGGTGGGTAAGTACTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCTGCCCAGACACTGAGTTTGTTTTCAAGGGCGATGACGATGTTTTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCTGCCCAGACACTGAGTTTGTTTTCAAGGGCGATGACGATGTTTTTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AACACCCATCACATCCTGAATTACTTGAATAGTTTATCCAAGACCAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AACACCCATCACATCCTGAATTACTTGAATAGTTTATCCAAGACCAAAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAAAGATCTCTTCATAGGTGATGTGATCCACAATGCTGGACCTCATCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAAAGATCTCTTCATAGGTGATGTGATCCACAATGCTGGACCTCATCGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATAAGAAGCTGAAGTACTACATCCCAGAAGTTGTTTACTCTGGCCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATAAGAAGCTGAAGTACTACATCCCAGAAGTTGTTTACTCTGGCCTCTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CCACCCTATGCAGGGGGAGGGGGGTTCCTCTACTCCGGCCACCTGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CCACCCTATGCAGGGGGAGGGGGGTTCCTCTACTCCGGCCACCTGGCCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GAGGCTGTACCATATCACTGACCAGGTCCATCTCTACCCCATTGATGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GAGGCTGTACCATATCACTGACCAGGTCCATCTCTACCCCATTGATGACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TTTATACTGGAATGTGCCTTCAGAAACTCGGCCTCGTTCCAGAGAAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TTTATACTGGAATGTGCCTTCAGAAACTCGGCCTCGTTCCAGAGAAACAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 AAAGGCTTCAGGACATTTGATATCGAGGAGAAAAACAAAAATAACATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 AAAGGCTTCAGGACATTTGATATCGAGGAGAAAAACAAAAATAACATCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CTCCTATGTAGATCTGATGTTAGTACATAGTAGAAAACCTCAAGAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CTCCTATGTAGATCTGATGTTAGTACATAGTAGAAAACCTCAAGAGATGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 TTGATATTTGGTCTCAGTTGCAGAGTGCTCATTTAAAATGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TTGATATTTGGTCTCAGTTGCAGAGTGCTCATTTAAAATGC