seq1 = pF1KB4508.tfa, 1167 bp
seq2 = pF1KB4508/gi568815580f_45630321.tfa (gi568815580f:45630321_45849948), 219628 bp

>pF1KB4508 1167
>gi568815580f:45630321_45849948 (Chr18)

1-151  (100001-100151)   100% ->
152-341  (100695-100884)   100% ->
342-470  (103954-104082)   100% ->
471-663  (106136-106328)   99% ->
664-811  (108843-108990)   100% ->
812-946  (109208-109342)   99% ->
947-996  (118056-118105)   100% ->
997-1167  (119458-119628)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGACAGCCCCACTATGGTTAGAGTGGACAGCCCCACTATGGTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGACAGCCCCACTATGGTTAGAGTGGACAGCCCCACTATGGTTAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGTGAAAACCAGGTTTCGCCATGTCAAGGGAGAAGGTGCTTCCCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGTGAAAACCAGGTTTCGCCATGTCAAGGGAGAAGGTGCTTCCCCAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTCTTGGCTATGTCACCGGTGACATGAAAGAACTTGCCAACCAGCTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTCTTGGCTATGTCACCGGTGACATGAAAGAACTTGCCAACCAGCTTAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 G         ACAAACCCGTGGTGCTCCAGTTCATTGACTGGATTCTCCG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGTA...CAGACAAACCCGTGGTGCTCCAGTTCATTGACTGGATTCTCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGGCATATCCCAAGTGGTGTTCGTCAACAACCCCGTCAGTGGAATCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100735 GGGCATATCCCAAGTGGTGTTCGTCAACAACCCCGTCAGTGGAATCCTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTCTGGTAGGACTTCTTGTTCAGAACCCCTGGTGGGCTCTCACTGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100785 TTCTGGTAGGACTTCTTGTTCAGAACCCCTGGTGGGCTCTCACTGGCTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGGGAACAGTGGTCTCCACTCTGATGGCCCTCTTGCTCAGCCAGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100835 CTGGGAACAGTGGTCTCCACTCTGATGGCCCTCTTGCTCAGCCAGGACAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342          GTCATTAATAGCATCTGGGCTCTATGGCTACAATGCCACCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100885 GTA...CAGGTCATTAATAGCATCTGGGCTCTATGGCTACAATGCCACCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGGTGGGAGTACTCATGGCTGTCTTTTCGGACAAGGGAGACTATTTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103995 TGGTGGGAGTACTCATGGCTGTCTTTTCGGACAAGGGAGACTATTTCTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TGGCTGTTACTCCCTGTATGTGCTATGTCCATGACTTG         CCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 104045 TGGCTGTTACTCCCTGTATGTGCTATGTCCATGACTTGGTA...TAGCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AATTTTCTCAAGTGCATTGAATTCCATGCTCAGCAAATGGGACCTCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106139 AATTTTCTCAAGTGCATTGAATTCCATGCTCAGCAAATGGGACCTCCCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCTTCACCCTCCCTTTCAACATGGCGTTGTCAATGTACCTTTCAGCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106189 TCTTCACCCTCCCTTTCAACATGGCGTTGTCAATGTACCTTTCAGCCACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGACATTACAATCCGTTCTTTCCAGCCAAACTGGTCATACCTATAACTAC
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106239 GGACATTACAATCCATTCTTTCCAGCCAAACTGGTCATACCTATAACTAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AGCTCCAAATATCTCCTGGTCTGACCTCAGTGCCCTGGAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 106289 AGCTCCAAATATCTCCTGGTCTGACCTCAGTGCCCTGGAGGTA...CAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGTTGAAATCTATACCAGTGGGAGTTGGTCAGATCTATGGCTGTGATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108844 TGTTGAAATCTATACCAGTGGGAGTTGGTCAGATCTATGGCTGTGATAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CCATGGACAGGGGGCATTTTCCTGGGAGCCATCCTACTCTCCTCCCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108894 CCATGGACAGGGGGCATTTTCCTGGGAGCCATCCTACTCTCCTCCCCACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CATGTGCCTGCATGCTGCCATAGGATCATTGCTGGGCATAGCAGCGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 108944 CATGTGCCTGCATGCTGCCATAGGATCATTGCTGGGCATAGCAGCGGGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    812       GACTCAGTCTTTCAGCCCCATTTGAGAACATCTACTTTGGACTC
        ...>>>|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 108994 ...CAGGACTCAGTCTTTCAGCCCCATTTGAGGACATCTACTTTGGACTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TGGGGTTTCAACAGCTCTCTGGCCTGCATTGCAATGGGAGGAATGTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109252 TGGGGTTTCAACAGCTCTCTGGCCTGCATTGCAATGGGAGGAATGTTCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GGCGCTCACCTGGCAAACCCACCTCCTGGCTCTTGGCTGTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 109302 GGCGCTCACCTGGCAAACCCACCTCCTGGCTCTTGGCTGTGGTG...TAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCCTGTTCACGGCCTATCTTGGAGTCGGCATGGCAAACTTTATGGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118056 CCCTGTTCACGGCCTATCTTGGAGTCGGCATGGCAAACTTTATGGCTGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997          GTTGGATTGCCAGCTTGTACCTGGCCCTTCTGTTTGGCCAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118106 GTG...CAGGTTGGATTGCCAGCTTGTACCTGGCCCTTCTGTTTGGCCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GCTATTGTTCCTCATCATGACCACAAAAAATTCCAACATCTACAAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119499 GCTATTGTTCCTCATCATGACCACAAAAAATTCCAACATCTACAAGATGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CCCTCAGTAAAGTTACTTATCCTGAAGAAAACCGCATCTTCTACCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119549 CCCTCAGTAAAGTTACTTATCCTGAAGAAAACCGCATCTTCTACCTGCAA

   1200     .    :    .    :    .    :
   1138 GCCAAGAAAAGAATGGTGGAAAGCCCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 119599 GCCAAGAAAAGAATGGTGGAAAGCCCTTTG