seq1 = pF1KB4501.tfa, 594 bp
seq2 = pF1KB4501/gi568815597r_182546738.tfa (gi568815597r:182546738_182771731), 224994 bp

>pF1KB4501 594
>gi568815597r:182546738_182771731 (Chr1)

(complement)

1-80  (100000-100075)   95% ->
81-182  (104759-104860)   100% ->
183-247  (105699-105763)   100% ->
248-414  (123429-123595)   100% ->
415-594  (124815-124994)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGAACACCTTAACCCGAAGCCTCTCTGACCATCCAGTTGGCAAAGA
        |---|-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A   G AACACCTTAACCCGAAGCCTCTCTGACCATCCAGTTGGCAAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCTCAGGCCATGAGGACTGGCCAAAGACA         GAACAAAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100046 CCCTCAGGCCATGAGGACTGGCCAAAGACAGTG...CAGGAACAAAGGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGAGGACTCGACTGGGATGCCTGTCTCACAAGTCAGACTCGTGTAGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104770 TGAGGACTCGACTGGGATGCCTGTCTCACAAGTCAGACTCGTGTAGTGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCACAGCTATTCTTCCAGACAAACCCAACCGCGCTCTCAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 104820 TTCACAGCTATTCTTCCAGACAAACCCAACCGCGCTCTCAAGTG...TAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAGATTATCGACAGAAGAAGCTACGAGGTGGGCAGATTCCTTTGATGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105699 GAGATTATCGACAGAAGAAGCTACGAGGTGGGCAGATTCCTTTGATGTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTCTCTCTCATAAGT         ATGGGGTGGCTGCATTCCGTGCCTTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 105749 TTCTCTCTCATAAGTGTA...CAGATGGGGTGGCTGCATTCCGTGCCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTGAAGACGGAGTTCAGTGAGGAGAACCTGGAATTCTGGTTGGCCTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123455 TTGAAGACGGAGTTCAGTGAGGAGAACCTGGAATTCTGGTTGGCCTGTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGAGTTCAAGAAGACCAGGTCAACTGCAAAACTGGTCTCTAAGGCCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123505 GGAGTTCAAGAAGACCAGGTCAACTGCAAAACTGGTCTCTAAGGCCCATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGATCTTTGAGGAGTTTGTGGATGTGCAGGCTCCACGGGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 123555 GGATCTTTGAGGAGTTTGTGGATGTGCAGGCTCCACGGGAGGTG...TAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTAAACATTGACTTCCAGACCCGAGAAGCCACGAGGAAGAACCTGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124815 GTAAACATTGACTTCCAGACCCGAGAAGCCACGAGGAAGAACCTGCAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCCATCCCTGACTTGCTTTGACCAAGCCCAAGGAAAAGTACACAGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124865 GCCATCCCTGACTTGCTTTGACCAAGCCCAAGGAAAAGTACACAGCCTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGGAGAAAGACTCTTACCCCAGGTTCCTGAGGTCCAAAATGTACTTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124915 TGGAGAAAGACTCTTACCCCAGGTTCCTGAGGTCCAAAATGTACTTAGAT

    600     .    :    .    :    .    :
    565 CTGCTGTCCCAAAGCCAGAGGAGGCTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 124965 CTGCTGTCCCAAAGCCAGAGGAGGCTCAGT