seq1 = pF1KB4495.tfa, 2889 bp
seq2 = pF1KB4495/gi568815596f_234935003.tfa (gi568815596f:234935003_235153813), 218811 bp

>pF1KB4495 2889
>gi568815596f:234935003_235153813 (Chr2)

1-118  (100001-100118)   100% ->
119-2478  (105886-108245)   100% ->
2479-2667  (117560-117748)   100% ->
2668-2889  (118590-118811)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCTCAGCGGATCCGAGCGGCCAACTCCAATGGCCTCCCTCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCTCAGCGGATCCGAGCGGCCAACTCCAATGGCCTCCCTCGCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGTCAGAGGGGACCCTGATTGACCTGAGCGAAGGGTTTTCAGAGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAGTCAGAGGGGACCCTGATTGACCTGAGCGAAGGGTTTTCAGAGACGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTTTAATGACATCAAAG         TGCCTTCTCCCAGTGCCTTGCTC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100101 GCTTTAATGACATCAAAGGTG...CAGTGCCTTCTCCCAGTGCCTTGCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTAGACAACCCCACACCTTTCGGAAATGCAAAGGAAGTGATTGCGATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105909 GTAGACAACCCCACACCTTTCGGAAATGCAAAGGAAGTGATTGCGATCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGACTATTGCCCCACCAACTTCACCACACTGAAGTTCTCCAAGGGCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105959 GGACTATTGCCCCACCAACTTCACCACACTGAAGTTCTCCAAGGGCGACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATCTCTACGTCTTGGACACATCTGGCGGTGAGTGGTGGTACGCACACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106009 ATCTCTACGTCTTGGACACATCTGGCGGTGAGTGGTGGTACGCACACAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACCACCGAAATGGGCTACATCCCCTCCTCCTATGTGCAGCCCTTGAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106059 ACCACCGAAATGGGCTACATCCCCTCCTCCTATGTGCAGCCCTTGAACTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCGGAACTCAACACTGAGTGACAGCGGTATGATTGATAATCTTCCAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106109 CCGGAACTCAACACTGAGTGACAGCGGTATGATTGATAATCTTCCAGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCCCAGACGAGGTAGCCAAGGAGCTGGAGCTGCTCGGGGGATGGACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106159 GCCCAGACGAGGTAGCCAAGGAGCTGGAGCTGCTCGGGGGATGGACAGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GACAAAAAAGTACCAGGCAGAATGTACAGTAATAACCCTTTCTGGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106209 GACAAAAAAGTACCAGGCAGAATGTACAGTAATAACCCTTTCTGGAATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGTCCAGACCAATCCATTTCTGAATGGGAACGTGCCCGTCATGCCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106259 GGTCCAGACCAATCCATTTCTGAATGGGAACGTGCCCGTCATGCCCAGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGGATGAGCTGAATCCCAAAAGTACTGTGGATTTGCTCCTTTTTGACGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106309 TGGATGAGCTGAATCCCAAAAGTACTGTGGATTTGCTCCTTTTTGACGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GGTACATCCTCCTTCACCGAATCCAGCTCAGCCACCACGAATAGCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106359 GGTACATCCTCCTTCACCGAATCCAGCTCAGCCACCACGAATAGCACTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CAACATCTTCGATGAGCTTCCAGTCACAAACGGACTCCACGCAGAGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106409 CAACATCTTCGATGAGCTTCCAGTCACAAACGGACTCCACGCAGAGCCGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CGGTCAGGCGGGACAACCCCTTCTTCAGAAGCAAGCGCTCCTACAGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106459 CGGTCAGGCGGGACAACCCCTTCTTCAGAAGCAAGCGCTCCTACAGTCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TCGGAACTCTCCGTCCTCCAAGCCAAGTCCGATGCTCCCACATCGTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106509 TCGGAACTCTCCGTCCTCCAAGCCAAGTCCGATGCTCCCACATCGTCGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TTTCTTCACCGGCTTGAAATCACCTGCCCCCGAGCAATTTCAGAGCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106559 TTTCTTCACCGGCTTGAAATCACCTGCCCCCGAGCAATTTCAGAGCCGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AGGATTTTCGAACTGCCTGGCTAAACCACAGGAAGCTGGCCCGGTCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106609 AGGATTTTCGAACTGCCTGGCTAAACCACAGGAAGCTGGCCCGGTCTTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CACGACCTGGACTTGCTTGGCCAAAGCCCTGGTTGGGGCCAGACCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106659 CACGACCTGGACTTGCTTGGCCAAAGCCCTGGTTGGGGCCAGACCCAAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CGTGGAGACAAACATCGTGTGCAAGCTGGATAGCTCCGGGGGTGCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106709 CGTGGAGACAAACATCGTGTGCAAGCTGGATAGCTCCGGGGGTGCTGTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 AGCTTCCTGACACCAGCATCAGCATCCACGTGCCCGAGGGCCACGTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106759 AGCTTCCTGACACCAGCATCAGCATCCACGTGCCCGAGGGCCACGTCGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CCTGGGGAGACCCAGCAGATCTCCATGAAAGCCCTGCTGGACCCCCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106809 CCTGGGGAGACCCAGCAGATCTCCATGAAAGCCCTGCTGGACCCCCCGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 GGAGCTCAACAGTGACAGGTCCTGCAGCATCAGCCCTGTGCTGGAGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106859 GGAGCTCAACAGTGACAGGTCCTGCAGCATCAGCCCTGTGCTGGAGGTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 AGCTGAGCAACCTGGAGGTGAAAACCTCTATCATCTTGGAGATGAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106909 AGCTGAGCAACCTGGAGGTGAAAACCTCTATCATCTTGGAGATGAAAGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 TCAGCCGAGATAAAAAATGACCTTTTTAGCAAAAGCACAGTGGGCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106959 TCAGCCGAGATAAAAAATGACCTTTTTAGCAAAAGCACAGTGGGCCTCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 GTGCCTGAGGAGCGACTCGAAGGAAGGGCCATATGTCTCCGTCCCGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107009 GTGCCTGAGGAGCGACTCGAAGGAAGGGCCATATGTCTCCGTCCCGCTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 ACTGCAGCTGTGGGGACACGGTCCAGGCACAGCTGCACAACCTGGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107059 ACTGCAGCTGTGGGGACACGGTCCAGGCACAGCTGCACAACCTGGAGCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 TGTATGTACGTGGCTGTCGTGGCCCATGGCCCAAGCATCCTCTACCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107109 TGTATGTACGTGGCTGTCGTGGCCCATGGCCCAAGCATCCTCTACCCTTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 CACCGTGTGGGACTTCATCAATAAAAAAGTCACAGTGGGTCTCTACGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107159 CACCGTGTGGGACTTCATCAATAAAAAAGTCACAGTGGGTCTCTACGGCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 CTAAACACATCCACCCATCCTTCAAGACGGTAGTGACCATTTTTGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107209 CTAAACACATCCACCCATCCTTCAAGACGGTAGTGACCATTTTTGGGCAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 GACTGTGCCCCAAAGACGCTCCTGGTCAGCGAGGTCACACGCCAGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107259 GACTGTGCCCCAAAGACGCTCCTGGTCAGCGAGGTCACACGCCAGGCACC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 CAACCCTGCCCCGGTGGCCCTGCAGCTGTGGGGGAAGCACCAGTTCGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107309 CAACCCTGCCCCGGTGGCCCTGCAGCTGTGGGGGAAGCACCAGTTCGTTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 TGTCCAGGCCCCAGGATCTCAAGGTCTGTATGTTTTCCAATATGACGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107359 TGTCCAGGCCCCAGGATCTCAAGGTCTGTATGTTTTCCAATATGACGAAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 TACGAGGTCAAAGCCAGCGAGCAGGCCAAAGTGGTGCGAGGATTCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107409 TACGAGGTCAAAGCCAGCGAGCAGGCCAAAGTGGTGCGAGGATTCCAGCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 GAAGCTGGGCAAGGTGAGCCGCCTGATCTTCCCCATCACCTCCCAGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107459 GAAGCTGGGCAAGGTGAGCCGCCTGATCTTCCCCATCACCTCCCAGAACC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742 CCAACGAGCTCTCTGACTTCACGCTGCGGGTTCAGGTGAAGGACGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107509 CCAACGAGCTCTCTGACTTCACGCTGCGGGTTCAGGTGAAGGACGACCAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792 GAGGCCATCCTCACCCAGTTTTGTGTCCAGACTCCTCAGCCACCCCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107559 GAGGCCATCCTCACCCAGTTTTGTGTCCAGACTCCTCAGCCACCCCCTAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1842 AAGTGCCATCAAGCCTTCCGGGCAAAGGAGGTTTCTCAAGAAGAACGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107609 AAGTGCCATCAAGCCTTCCGGGCAAAGGAGGTTTCTCAAGAAGAACGAAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1892 TCGGGAAAATCATCCTGTCCCCGTTTGCCACCACTACAAAGTACCCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107659 TCGGGAAAATCATCCTGTCCCCGTTTGCCACCACTACAAAGTACCCGACT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1942 TTCCAGGACCGCCCGGTGTCCAGCCTCAAGTTTGGTAAGTTGCTCAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107709 TTCCAGGACCGCCCGGTGTCCAGCCTCAAGTTTGGTAAGTTGCTCAAGAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1992 TGTGGTGCGGCAGAACAAGAACCACTACCTGCTGGAGTACAAGAAGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107759 TGTGGTGCGGCAGAACAAGAACCACTACCTGCTGGAGTACAAGAAGGGCG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2042 ACGGGATCGCCCTGCTCAGCGAGGAGCGGGTCAGGCTCCGGGGCCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107809 ACGGGATCGCCCTGCTCAGCGAGGAGCGGGTCAGGCTCCGGGGCCAGCTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2092 TGGACCAAGGAGTGGTACATCGGCTACTACCAGGGCAGGGTGGGCCTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107859 TGGACCAAGGAGTGGTACATCGGCTACTACCAGGGCAGGGTGGGCCTCGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2142 GCACACCAAGAACGTGCTGGTGGTCGGCAGGGCCCGGCCCAGCCTGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107909 GCACACCAAGAACGTGCTGGTGGTCGGCAGGGCCCGGCCCAGCCTGTGCT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2192 CGGGCCCCGAGCTGAGCACCTCGGTGCTGCTGGAGCAGATCCTGCGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107959 CGGGCCCCGAGCTGAGCACCTCGGTGCTGCTGGAGCAGATCCTGCGGCCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2242 TGCAAATTCCTCACGTACATCTATGCCTCCGTGAGGACCCTGCTCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108009 TGCAAATTCCTCACGTACATCTATGCCTCCGTGAGGACCCTGCTCATGGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2292 GAACATCAGCAGCTGGCGCTCCTTCGCTGACGCCCTGGGCTACGTGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108059 GAACATCAGCAGCTGGCGCTCCTTCGCTGACGCCCTGGGCTACGTGAACC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2342 TGCCGCTCACCTTTTTCTGCCGGGCAGAGCTGGATAGTGAGCCCGAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108109 TGCCGCTCACCTTTTTCTGCCGGGCAGAGCTGGATAGTGAGCCCGAGCGG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2392 GTGGCGTCCGTCCTAGAAAAGCTGAAGGAGGACTGTAACAACACTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108159 GTGGCGTCCGTCCTAGAAAAGCTGAAGGAGGACTGTAACAACACTGAGAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2442 CAAAGAACGGAAGTCCTTCCAGAAGGAGCTTGTGATG         GCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 108209 CAAAGAACGGAAGTCCTTCCAGAAGGAGCTTGTGATGGTG...CAGGCCC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2483 TACTGAAGATGGACTGCCAGGGCCTGGTGGTCAGACTCATCCAGGACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117564 TACTGAAGATGGACTGCCAGGGCCTGGTGGTCAGACTCATCCAGGACTTT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2533 GTGCTCCTGACCACGGCTGTAGAGGTGGCCCAGCGCTGGCGGGAGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117614 GTGCTCCTGACCACGGCTGTAGAGGTGGCCCAGCGCTGGCGGGAGCTGGC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2583 TGAGAAGCTGGCCAAGGTCTCCAAGCAGCAGATGGACGCCTACGAGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117664 TGAGAAGCTGGCCAAGGTCTCCAAGCAGCAGATGGACGCCTACGAGTCTC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2633 CCCACCGGGACAGGAACGGGGTTGTGGACAGCGAG         GCCATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 117714 CCCACCGGGACAGGAACGGGGTTGTGGACAGCGAGGTG...CAGGCCATG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2674 TGGAAGCCTGCGTATGACTTCTTACTCACCTGGAGCCATCAGATCGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118596 TGGAAGCCTGCGTATGACTTCTTACTCACCTGGAGCCATCAGATCGGGGA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2724 CAGCTACCGGGATGTCATCCAGGAGCTGCACCTGGGCCTGGACAAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118646 CAGCTACCGGGATGTCATCCAGGAGCTGCACCTGGGCCTGGACAAGATGA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2774 AAAACCCCATCACCAAGCGCTGGAAGCACCTCACTGGGACTCTGATCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118696 AAAACCCCATCACCAAGCGCTGGAAGCACCTCACTGGGACTCTGATCTTG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2824 GTGAACTCCCTGGACGTTCTGAGAGCAGCCGCCTTCAGCCCTGCGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118746 GTGAACTCCCTGGACGTTCTGAGAGCAGCCGCCTTCAGCCCTGCGGACCA

   2900     .    :    .
   2874 GGACGACTTCGTGATT
        ||||||||||||||||
 118796 GGACGACTTCGTGATT