seq1 = pF1KB4480.tfa, 1077 bp
seq2 = pF1KB4480/gi568815593r_100711850.tfa (gi568815593r:100711850_101002955), 291106 bp

>pF1KB4480 1077
>gi568815593r:100711850_101002955 (Chr5)

(complement)

1-113  (100001-100113)   100% ->
114-245  (107171-107302)   100% ->
246-503  (116356-116613)   100% ->
504-797  (146560-146853)   100% ->
798-1077  (190827-191106)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGCTCCATTAGGAAGAGGTGGACGATCTGCACAATAAGTCTGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGCTCCATTAGGAAGAGGTGGACGATCTGCACAATAAGTCTGCTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATCTTTTATAAGACAAAAGAAATAGCAAGAACTGAGGAGCACCAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATCTTTTATAAGACAAAAGAAATAGCAAGAACTGAGGAGCACCAGGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCAACTCATCGG         AGATGGTGAATTGTCTTTGAGTCGGTCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCAACTCATCGGGTA...CAGAGATGGTGAATTGTCTTTGAGTCGGTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTTGTCAATAGCTCTGATAAAATCATTCGAAAGGCTGGCTCTTCAATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107199 CTTGTCAATAGCTCTGATAAAATCATTCGAAAGGCTGGCTCTTCAATCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCAGCACAATGTAGAAGGTTGGAAAATCAATTCCTCTTTGGTCCTAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107249 CCAGCACAATGTAGAAGGTTGGAAAATCAATTCCTCTTTGGTCCTAGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TAAG         GAAGAACATACTTCGTTTCTTAGATGCAGAACGAGAT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107299 TAAGGTG...CAGGAAGAACATACTTCGTTTCTTAGATGCAGAACGAGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGTCAGTGGTCAAGAGCAGTTTTAAGCCTGGTGATGTCATACACTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116393 GTGTCAGTGGTCAAGAGCAGTTTTAAGCCTGGTGATGTCATACACTATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCTTGACAGGCGCCGGACACTAAACATTTCTCATGATCTACATAGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116443 GCTTGACAGGCGCCGGACACTAAACATTTCTCATGATCTACATAGCCTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TACCTGAAGTTTCACCAATGAAGAATCGCAGGTTTAAGACCTGTGCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116493 TACCTGAAGTTTCACCAATGAAGAATCGCAGGTTTAAGACCTGTGCAGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTTGGAAATTCTGGCATTCTGTTAGACAGTGAATGTGGAAAGGAGATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116543 GTTGGAAATTCTGGCATTCTGTTAGACAGTGAATGTGGAAAGGAGATTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAGTCACAATTTTGTAATAAG         GTGTAATCTAGCTCCTGTGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 116593 CAGTCACAATTTTGTAATAAGGTG...CAGGTGTAATCTAGCTCCTGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGGAGTTTGCTGCAGATGTGGGAACTAAATCAGATTTTATTACCATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146580 TGGAGTTTGCTGCAGATGTGGGAACTAAATCAGATTTTATTACCATGAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CCATCAGTTGTACAAAGAGCATTTGGAGGCTTTCGAAATGAGAGTGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146630 CCATCAGTTGTACAAAGAGCATTTGGAGGCTTTCGAAATGAGAGTGACAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AGAAAAATTTGTGCATAGACTTTCCATGCTGAATGACAGTGTCCTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146680 AGAAAAATTTGTGCATAGACTTTCCATGCTGAATGACAGTGTCCTTTGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TTCCTGCTTTCATGGTCAAAGGAGGAGAGAAGCACGTGGAGTGGGTTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146730 TTCCTGCTTTCATGGTCAAAGGAGGAGAGAAGCACGTGGAGTGGGTTAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GCATTAATCCTTAAGAATAAACTGAAAGTGCGAACTGCCTATCCGTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146780 GCATTAATCCTTAAGAATAAACTGAAAGTGCGAACTGCCTATCCGTCATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GAGACTTATTCATGCTGTCAGAGG         TTACTGGCTGACCAACA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 146830 GAGACTTATTCATGCTGTCAGAGGGTA...CAGTTACTGGCTGACCAACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AAGTTCCTATCAAAAGACCCAGCACAGGTCTTCTCATGTATACACTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190844 AAGTTCCTATCAAAAGACCCAGCACAGGTCTTCTCATGTATACACTTGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ACAAGATTCTGTGATGAAATTCACCTGTATGGATTCTGGCCCTTCCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190894 ACAAGATTCTGTGATGAAATTCACCTGTATGGATTCTGGCCCTTCCCTAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GGATTTAAATGGAAAAGCGGTCAAATATCATTATTATGATGACTTAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190944 GGATTTAAATGGAAAAGCGGTCAAATATCATTATTATGATGACTTAAAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 ATAGGTACTTTTCCAATGCAAGCCCTCACAGAATGCCATTAGAATTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190994 ATAGGTACTTTTCCAATGCAAGCCCTCACAGAATGCCATTAGAATTCAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 ACATTAAATGTGCTACATAATAGAGGAGCTCTAAAACTGACAACAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191044 ACATTAAATGTGCTACATAATAGAGGAGCTCTAAAACTGACAACAGGAAA

   1100     .    :
   1065 GTGTGTAAAGCAA
        |||||||||||||
 191094 GTGTGTAAAGCAA