seq1 = pF1KB4461.tfa, 1722 bp
seq2 = pF1KB4461/gi568815587r_35160897.tfa (gi568815587r:35160897_35417517), 256621 bp

>pF1KB4461 1722
>gi568815587r:35160897_35417517 (Chr11)

(complement)

17-157  (100001-100141)   100% ->
158-310  (102343-102495)   99% ->
311-561  (105070-105320)   100% ->
562-730  (111276-111444)   100% ->
731-857  (115873-115999)   100% ->
858-1091  (124998-125231)   100% ->
1092-1286  (130567-130761)   100% ->
1287-1421  (136517-136651)   100% ->
1422-1653  (151760-151991)   100% ->
1654-1722  (156553-156621)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     17 GTGCCAACAATATGCCCAAGCAGGTGGAAGTGCGAATGCACGACAGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 GTGCCAACAATATGCCCAAGCAGGTGGAAGTGCGAATGCACGACAGTCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     67 CTTGGCTCAGAGGAACCCAAGCACCGGCACCTGGGCCTGCGCCTGTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTGGCTCAGAGGAACCCAAGCACCGGCACCTGGGCCTGCGCCTGTGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    117 CAAGCTGGGGAAGAATCTGCTGCTCACCCTGACGGTGTTTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100101 CAAGCTGGGGAAGAATCTGCTGCTCACCCTGACGGTGTTTGGTA...TAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    158 GTGTCATCCTGGGAGCAGTGTGTGGAGGGCTTCTTCGCTTGGCATCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102343 GTGTCATCCTGGGAGCAGTGTGTGGAGGGCTTCTTCGCTTGGCATCTCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    208 ATCCACCCTGATGTGGTTATGTTAATAGCCTTCCCAGGGGATATACTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102393 ATCCACCCTGATGTGGTTATGTTAATAGCCTTCCCAGGGGATATACTCAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    258 GAGGATGCTAAAAATGCTCATTTTCCCTCTAATCATCTCCAGCTTAATCA
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 102443 GAGGATGCTAAAAATGCTCATTCTCCCTCTAATCATCTCCAGCTTAATCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    308 CAG         GGTTGTCAGGCCTGGATGCTAAGGCTAGTGGCCGCTTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102493 CAGGTA...CAGGGTTGTCAGGCCTGGATGCTAAGGCTAGTGGCCGCTTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    349 GGCACGAGAGCCATGGTGTATTACATGTCCACGACCATCATTGCTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105108 GGCACGAGAGCCATGGTGTATTACATGTCCACGACCATCATTGCTGCAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    399 ACTGGGGGTCATTCTGGTCTTGGCTATCCATCCAGGCAATCCCAAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105158 ACTGGGGGTCATTCTGGTCTTGGCTATCCATCCAGGCAATCCCAAGCTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    449 AGAAGCAGCTGGGGCCTGGGAAGAAGAATGATGAAGTGTCCAGCCTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105208 AGAAGCAGCTGGGGCCTGGGAAGAAGAATGATGAAGTGTCCAGCCTGGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    499 GCCTTCCTGGACCTTATTCGAAATCTCTTCCCTGAAAACCTTGTCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105258 GCCTTCCTGGACCTTATTCGAAATCTCTTCCCTGAAAACCTTGTCCAAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    549 CTGCTTTCAACAG         ATTCAAACAGTGACGAAGAAAGTCCTGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 105308 CTGCTTTCAACAGGTA...TAGATTCAAACAGTGACGAAGAAAGTCCTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    590 TTGCACCACCGCCGGACGAGGAGGCCAACGCAACCAGCGCTGTTGTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111304 TTGCACCACCGCCGGACGAGGAGGCCAACGCAACCAGCGCTGTTGTCTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    640 CTGTTGAACGAGACTGTGACTGAGGTGCCGGAGGAGACTAAGATGGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111354 CTGTTGAACGAGACTGTGACTGAGGTGCCGGAGGAGACTAAGATGGTTAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    690 CAAGAAGGGCCTGGAGTTCAAGGATGGGATGAACGTCTTAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 111404 CAAGAAGGGCCTGGAGTTCAAGGATGGGATGAACGTCTTAGGTA...CAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    731 GTCTGATAGGGTTTTTCATTGCTTTTGGCATCGCTATGGGGAAGATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115873 GTCTGATAGGGTTTTTCATTGCTTTTGGCATCGCTATGGGGAAGATGGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    781 GATCAGGCCAAGCTGATGGTGGATTTCTTCAACATTTTGAATGAGATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115923 GATCAGGCCAAGCTGATGGTGGATTTCTTCAACATTTTGAATGAGATTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    831 AATGAAGTTAGTGATCATGATCATGTG         GTACTCTCCCCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 115973 AATGAAGTTAGTGATCATGATCATGTGGTA...CAGGTACTCTCCCCTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    872 GTATCGCCTGCCTGATCTGTGGAAAGATCATTGCAATCAAGGACTTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125012 GTATCGCCTGCCTGATCTGTGGAAAGATCATTGCAATCAAGGACTTAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    922 GTGGTTGCTAGGCAACTGGGGATGTACATGGTAACAGTGATCATAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125062 GTGGTTGCTAGGCAACTGGGGATGTACATGGTAACAGTGATCATAGGCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    972 CATCATCCACGGGGGCATCTTTCTCCCCTTGATTTACTTTGTAGTGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125112 CATCATCCACGGGGGCATCTTTCTCCCCTTGATTTACTTTGTAGTGACCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1022 GGAAAAACCCCTTCTCCTTTTTTGCTGGCATTTTCCAAGCTTGGATCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125162 GGAAAAACCCCTTCTCCTTTTTTGCTGGCATTTTCCAAGCTTGGATCACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1072 GCCCTGGGCACCGCTTCCAG         TGCTGGAACTTTGCCTGTCAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 125212 GCCCTGGGCACCGCTTCCAGGTA...CAGTGCTGGAACTTTGCCTGTCAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1113 CTTTCGTTGCCTGGAAGAAAATCTGGGGATTGATAAGCGTGTGACTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130588 CTTTCGTTGCCTGGAAGAAAATCTGGGGATTGATAAGCGTGTGACTAGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1163 TCGTCCTTCCTGTTGGAGCAACCATTAACATGGATGGTACAGCCCTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130638 TCGTCCTTCCTGTTGGAGCAACCATTAACATGGATGGTACAGCCCTTTAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1213 GAAGCGGTAGCCGCCATCTTTATAGCCCAAATGAATGGTGTTGTCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130688 GAAGCGGTAGCCGCCATCTTTATAGCCCAAATGAATGGTGTTGTCCTGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1263 TGGAGGACAGATTGTGACTGTAAG         CCTCACAGCCACCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 130738 TGGAGGACAGATTGTGACTGTAAGGTG...TAGCCTCACAGCCACCCTGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1304 CAAGCGTCGGCGCGGCCAGTATCCCCAGTGCCGGGCTGGTCACCATGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136534 CAAGCGTCGGCGCGGCCAGTATCCCCAGTGCCGGGCTGGTCACCATGCTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1354 CTCATTCTGACAGCCGTGGGCCTGCCAACAGAGGACATCAGCCTGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136584 CTCATTCTGACAGCCGTGGGCCTGCCAACAGAGGACATCAGCCTGCTGGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1404 GGCTGTGGACTGGCTGCT         GGACAGGATGAGAACTTCAGTCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 136634 GGCTGTGGACTGGCTGCTGTA...CAGGGACAGGATGAGAACTTCAGTCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1445 ATGTTGTGGGTGACTCTTTTGGGGCTGGGATAGTCTATCACCTCTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151783 ATGTTGTGGGTGACTCTTTTGGGGCTGGGATAGTCTATCACCTCTCCAAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1495 TCTGAGCTGGATACCATTGACTCCCAGCATCGAGTGCATGAAGATATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151833 TCTGAGCTGGATACCATTGACTCCCAGCATCGAGTGCATGAAGATATTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1545 AATGACCAAGACTCAATCCATTTATGATGACATGAAGAACCACAGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151883 AATGACCAAGACTCAATCCATTTATGATGACATGAAGAACCACAGGGAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1595 GCAACTCTAATCAATGTGTCTATGCTGCACACAACTCTGTCATAGTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151933 GCAACTCTAATCAATGTGTCTATGCTGCACACAACTCTGTCATAGTAGAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1645 GAATGCAAG         GTAACTCTGGCAGCCAATGGAAAGTCAGCCGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 151983 GAATGCAAGGTA...CAGGTAACTCTGGCAGCCAATGGAAAGTCAGCCGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .
   1686 CTGCAGTGTTGAGGAAGAACCTTGGAAACGTGAGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156585 CTGCAGTGTTGAGGAAGAACCTTGGAAACGTGAGAAA