seq1 = pF1KB4448.tfa, 519 bp
seq2 = pF1KB4448/gi568815594f_578657.tfa (gi568815594f:578657_781991), 203335 bp

>pF1KB4448 519
>gi568815594f:578657_781991 (Chr4)

1-111  (100000-100109)   99% ->
112-187  (100302-100377)   100% ->
188-292  (101258-101362)   100% ->
293-371  (101853-101931)   100% ->
372-420  (102436-102484)   100% ->
421-519  (103237-103335)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAGCAGGAAGACCAAGAAGAAGGAAGGGGGTGCCCTCCGGGCCCA
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGCCAGCAGGAAGACCAAGAAGAAGGAAGGGGGTGCCCTCCGGGCCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGAGCCTCATCCAATGTCTTCTCCAACTTTGAGCAGACTCAGATCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 GAGAGCCTCATCCAATGTCTTCTCCAACTTTGAGCAGACTCAGATCCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTTCAAGGAG         GCATTCACACTCATGGATCAGAACCGAGAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 AGTTCAAGGAGGTG...CAGGCATTCACACTCATGGATCAGAACCGAGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCTTCATTGACAAGGAGGACCTGAAGGACACCTATGCCTCCCTGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100332 GGCTTCATTGACAAGGAGGACCTGAAGGACACCTATGCCTCCCTGGGTA.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    188      GCAAGACCAACGTCAAGGACGACGAGCTGGACGCCATGCTCAAAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100382 ..CAGGCAAGACCAACGTCAAGGACGACGAGCTGGACGCCATGCTCAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGCCTCGGGGCCCATCAACTTCACCATGTTTCTGAACCTGTTTGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101303 AGGCCTCGGGGCCCATCAACTTCACCATGTTTCTGAACCTGTTTGGGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGCTGAGCG         GTACCGACGCCGAGGAGACCATTCTTAACGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101353 AAGCTGAGCGGTG...CAGGTACCGACGCCGAGGAGACCATTCTTAACGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTTCAAGATGCTGGACCCGGACGGGAAAGGGAAAATCAACAAGGAGTA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101884 CTTCAAGATGCTGGACCCGGACGGGAAAGGGAAAATCAACAAGGAGTAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    372        CATCAAGCGTCTGCTGATGTCCCAGGCTGACAAGATGACGGCG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101934 G...CAGCATCAAGCGTCTGCTGATGTCCCAGGCTGACAAGATGACGGCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAAGAG         GTGGACCAGATGTTCCAGTTCGCCTCCATCGATGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102479 GAAGAGGTC...CAGGTGGACCAGATGTTCCAGTTCGCCTCCATCGATGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GGCGGGCAACCTGGACTACAAGGCGCTCAGCTACGTGATCACCCACGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103272 GGCGGGCAACCTGGACTACAAGGCGCTCAGCTACGTGATCACCCACGGGG

    550     .    :
    506 AGGAGAAGGAGGAG
        ||||||||||||||
 103322 AGGAGAAGGAGGAG