seq1 = pF1KB4447.tfa, 1281 bp
seq2 = pF1KB4447/gi568815578f_43466316.tfa (gi568815578f:43466316_43685013), 218698 bp

>pF1KB4447 1281
>gi568815578f:43466316_43685013 (Chr20)

1-216  (100001-100216)   100% ->
217-266  (100753-100802)   100% ->
267-324  (101350-101407)   100% ->
325-408  (101601-101684)   100% ->
409-540  (103070-103201)   100% ->
541-653  (104302-104414)   100% ->
654-690  (104709-104745)   100% ->
691-777  (105736-105822)   100% ->
778-873  (108594-108689)   100% ->
874-1029  (109909-110064)   100% ->
1030-1119  (113657-113746)   100% ->
1120-1281  (118537-118698)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGGGGTTGCTTACCTCGGGTAGGAAACCCTCAGGCGGTGGCAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGGGGTTGCTTACCTCGGGTAGGAAACCCTCAGGCGGTGGCAGGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACAGGTAGGGGAGGATGGAGAGGGCAGTGGTGCCTGAAGCCCTGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACAGGTAGGGGAGGATGGAGAGGGCAGTGGTGCCTGAAGCCCTGGATGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGGAGCTGACCCCCCAACACCAACTCTCTCATGCCTGCTCCTCCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGGAGCTGACCCCCCAACACCAACTCTCTCATGCCTGCTCCTCCCTGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCCCAGAGCTGCCTGATCATTGCTACAGAATGAACTCTAGCCCAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCCCCAGAGCTGCCTGATCATTGCTACAGAATGAACTCTAGCCCAGCTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GACCCCAAGTCCACAG         CCCTCCAGGGCCAATGGGAACATCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100201 GACCCCAAGTCCACAGGTG...TAGCCCTCCAGGGCCAATGGGAACATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACCTGGGGCCTTCAGCCAACCCAAA         TGCCCAGCCCACGGAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100778 ACCTGGGGCCTTCAGCCAACCCAAAGTG...CAGTGCCCAGCCCACGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTCGACTTCCTCAAAGTCATCGGCAAAGGGAACTACGGGAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101366 TTCGACTTCCTCAAAGTCATCGGCAAAGGGAACTACGGGAAGGTG...CA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    325  GTCCTACTGGCCAAGCGCAAGTCTGATGGGGCGTTCTATGCAGTGAAGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101600 GGTCCTACTGGCCAAGCGCAAGTCTGATGGGGCGTTCTATGCAGTGAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TACTACAGAAAAAGTCCATCTTAAAGAAGAAAGAG         CAGAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 101650 TACTACAGAAAAAGTCCATCTTAAAGAAGAAAGAGGTA...CAGCAGAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CACATCATGGCAGAGCGCAGTGTGCTTCTGAAGAACGTGCGGCACCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103076 CACATCATGGCAGAGCGCAGTGTGCTTCTGAAGAACGTGCGGCACCCCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCTCGTGGGCCTGCGCTACTCCTTCCAGACACCTGAGAAGCTCTACTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103126 CCTCGTGGGCCTGCGCTACTCCTTCCAGACACCTGAGAAGCTCTACTTCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGCTCGACTATGTCAACGGGGGAGAG         CTCTTCTTCCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 103176 TGCTCGACTATGTCAACGGGGGAGAGGTG...CAGCTCTTCTTCCACCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CAGCGGGAGCGCCGGTTCCTGGAGCCCCGGGCCAGGTTCTACGCTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104317 CAGCGGGAGCGCCGGTTCCTGGAGCCCCGGGCCAGGTTCTACGCTGCTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGTGGCCAGCGCCATTGGCTACCTGCACTCCCTCAACATCATTTACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 104367 GGTGGCCAGCGCCATTGGCTACCTGCACTCCCTCAACATCATTTACAGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    654        GGATCTGAAACCAGAGAACATTCTCTTGGACTGCCAG      
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 104417 G...CAGGGATCTGAAACCAGAGAACATTCTCTTGGACTGCCAGGTT...

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    691    GGACACGTGGTGCTGACGGATTTTGGCCTCTGCAAGGAAGGTGTAGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105733 CAGGGACACGTGGTGCTGACGGATTTTGGCCTCTGCAAGGAAGGTGTAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GCCTGAAGACACCACATCCACATTCTGTGGTACCCCTGAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 105783 GCCTGAAGACACCACATCCACATTCTGTGGTACCCCTGAGGTA...CAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ACTTGGCACCTGAAGTGCTTCGGAAAGAGCCTTATGATCGAGCAGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108595 ACTTGGCACCTGAAGTGCTTCGGAAAGAGCCTTATGATCGAGCAGTGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TGGTGGTGCTTGGGGGCAGTCCTCTACGAGATGCTCCATGGCCTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 108645 TGGTGGTGCTTGGGGGCAGTCCTCTACGAGATGCTCCATGGCCTGGTG..

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874     CCGCCCTTCTACAGCCAAGATGTATCCCAGATGTATGAGAACATTC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108695 .CAGCCGCCCTTCTACAGCCAAGATGTATCCCAGATGTATGAGAACATTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TGCACCAGCCGCTACAGATCCCCGGAGGCCGGACAGTGGCCGCCTGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109955 TGCACCAGCCGCTACAGATCCCCGGAGGCCGGACAGTGGCCGCCTGTGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CTCCTGCAAAGCCTTCTCCACAAGGACCAGAGGCAGCGGCTGGGCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110005 CTCCTGCAAAGCCTTCTCCACAAGGACCAGAGGCAGCGGCTGGGCTCCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGCAGACTTT         CTTGAGATTAAGAACCATGTATTCTTCAGCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 110055 AGCAGACTTTGTA...CAGCTTGAGATTAAGAACCATGTATTCTTCAGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CCATAAACTGGGATGACCTGTACCACAAGAGGCTAACTCCACCCTTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113688 CCATAAACTGGGATGACCTGTACCACAAGAGGCTAACTCCACCCTTCAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CCAAATGTG         ACAGGACCTGCTGACTTGAAGCATTTTGACCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 113738 CCAAATGTGGTA...CAGACAGGACCTGCTGACTTGAAGCATTTTGACCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 AGAGTTCACCCAGGAAGCTGTGTCCAAGTCCATTGGCTGTACCCCTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118569 AGAGTTCACCCAGGAAGCTGTGTCCAAGTCCATTGGCTGTACCCCTGACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 CTGTGGCCAGCAGCTCTGGGGCCTCAAGTGCATTCCTGGGATTTTCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118619 CTGTGGCCAGCAGCTCTGGGGCCTCAAGTGCATTCCTGGGATTTTCTTAT

   1350     .    :    .    :    .    :
   1252 GCGCCAGAGGATGATGACATCTTGGATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 118669 GCGCCAGAGGATGATGACATCTTGGATTGC