seq1 = pF1KB4430.tfa, 1701 bp
seq2 = pF1KB4430/gi568815595f_30506884.tfa (gi568815595f:30506884_30791596), 284713 bp

>pF1KB4430 1701
>gi568815595f:30506884_30791596 (Chr3)

1-94  (100001-100094)   100% ->
95-263  (137864-138032)   100% ->
264-454  (143387-143577)   100% ->
455-1254  (164755-165554)   100% ->
1255-1396  (167222-167363)   100% ->
1397-1524  (181501-181628)   100% ->
1525-1701  (184537-184713)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTCGGGGGCTGCTCAGGGGCCTGTGGCCGCTGCACATCGTCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTCGGGGGCTGCTCAGGGGCCTGTGGCCGCTGCACATCGTCCTGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACGCGTATCGCCAGCACGATCCCACCGCACGTTCAGAAGTCGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100051 GACGCGTATCGCCAGCACGATCCCACCGCACGTTCAGAAGTCGGGTG...

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     95    TTAATAACGACATGATAGTCACTGACAACAACGGTGCAGTCAAGTTT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137861 CAGTTAATAACGACATGATAGTCACTGACAACAACGGTGCAGTCAAGTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCACAACTGTGTAAATTTTGTGATGTGAGATTTTCCACCTGTGACAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137911 CCACAACTGTGTAAATTTTGTGATGTGAGATTTTCCACCTGTGACAACCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAAATCCTGCATGAGCAACTGCAGCATCACCTCCATCTGTGAGAAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137961 GAAATCCTGCATGAGCAACTGCAGCATCACCTCCATCTGTGAGAAGCCAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGAAGTCTGTGTGGCTGTATG         GAGAAAGAATGACGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 138011 AGGAAGTCTGTGTGGCTGTATGGTA...TAGGAGAAAGAATGACGAGAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATAACACTAGAGACAGTTTGCCATGACCCCAAGCTCCCCTACCATGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143406 ATAACACTAGAGACAGTTTGCCATGACCCCAAGCTCCCCTACCATGACTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TATTCTGGAAGATGCTGCTTCTCCAAAGTGCATTATGAAGGAAAAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143456 TATTCTGGAAGATGCTGCTTCTCCAAAGTGCATTATGAAGGAAAAAAAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGCCTGGTGAGACTTTCTTCATGTGTTCCTGTAGCTCTGATGAGTGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143506 AGCCTGGTGAGACTTTCTTCATGTGTTCCTGTAGCTCTGATGAGTGCAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GACAACATCATCTTCTCAGAAG         AATATAACACCAGCAATCC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 143556 GACAACATCATCTTCTCAGAAGGTG...CAGAATATAACACCAGCAATCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGACTTGTTGCTAGTCATATTTCAAGTGACAGGCATCAGCCTCCTGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164774 TGACTTGTTGCTAGTCATATTTCAAGTGACAGGCATCAGCCTCCTGCCAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CACTGGGAGTTGCCATATCTGTCATCATCATCTTCTACTGCTACCGCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164824 CACTGGGAGTTGCCATATCTGTCATCATCATCTTCTACTGCTACCGCGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AACCGGCAGCAGAAGCTGAGTTCAACCTGGGAAACCGGCAAGACGCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164874 AACCGGCAGCAGAAGCTGAGTTCAACCTGGGAAACCGGCAAGACGCGGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCTCATGGAGTTCAGCGAGCACTGTGCCATCATCCTGGAAGATGACCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164924 GCTCATGGAGTTCAGCGAGCACTGTGCCATCATCCTGGAAGATGACCGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CTGACATCAGCTCCACGTGTGCCAACAACATCAACCACAACACAGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164974 CTGACATCAGCTCCACGTGTGCCAACAACATCAACCACAACACAGAGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CTGCCCATTGAGCTGGACACCCTGGTGGGGAAAGGTCGCTTTGCTGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165024 CTGCCCATTGAGCTGGACACCCTGGTGGGGAAAGGTCGCTTTGCTGAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CTATAAGGCCAAGCTGAAGCAGAACACTTCAGAGCAGTTTGAGACAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165074 CTATAAGGCCAAGCTGAAGCAGAACACTTCAGAGCAGTTTGAGACAGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CAGTCAAGATCTTTCCCTATGAGGAGTATGCCTCTTGGAAGACAGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165124 CAGTCAAGATCTTTCCCTATGAGGAGTATGCCTCTTGGAAGACAGAGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GACATCTTCTCAGACATCAATCTGAAGCATGAGAACATACTCCAGTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165174 GACATCTTCTCAGACATCAATCTGAAGCATGAGAACATACTCCAGTTCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GACGGCTGAGGAGCGGAAGACGGAGTTGGGGAAACAATACTGGCTGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165224 GACGGCTGAGGAGCGGAAGACGGAGTTGGGGAAACAATACTGGCTGATCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 CCGCCTTCCACGCCAAGGGCAACCTACAGGAGTACCTGACGCGGCATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165274 CCGCCTTCCACGCCAAGGGCAACCTACAGGAGTACCTGACGCGGCATGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 ATCAGCTGGGAGGACCTGCGCAAGCTGGGCAGCTCCCTCGCCCGGGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165324 ATCAGCTGGGAGGACCTGCGCAAGCTGGGCAGCTCCCTCGCCCGGGGGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TGCTCACCTCCACAGTGATCACACTCCATGTGGGAGGCCCAAGATGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165374 TGCTCACCTCCACAGTGATCACACTCCATGTGGGAGGCCCAAGATGCCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 TCGTGCACAGGGACCTCAAGAGCTCCAATATCCTCGTGAAGAACGACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165424 TCGTGCACAGGGACCTCAAGAGCTCCAATATCCTCGTGAAGAACGACCTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 ACCTGCTGCCTGTGTGACTTTGGGCTTTCCCTGCGTCTGGACCCTACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165474 ACCTGCTGCCTGTGTGACTTTGGGCTTTCCCTGCGTCTGGACCCTACTCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 GTCTGTGGATGACCTGGCTAACAGTGGGCAG         GTGGGAACTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 165524 GTCTGTGGATGACCTGGCTAACAGTGGGCAGGTA...TAGGTGGGAACTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 CAAGATACATGGCTCCAGAAGTCCTAGAATCCAGGATGAATTTGGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167232 CAAGATACATGGCTCCAGAAGTCCTAGAATCCAGGATGAATTTGGAGAAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 GTTGAGTCCTTCAAGCAGACCGATGTCTACTCCATGGCTCTGGTGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167282 GTTGAGTCCTTCAAGCAGACCGATGTCTACTCCATGGCTCTGGTGCTCTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 GGAAATGACATCTCGCTGTAATGCAGTGGGAG         AAGTAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 167332 GGAAATGACATCTCGCTGTAATGCAGTGGGAGGTA...CAGAAGTAAAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 ATTATGAGCCTCCATTTGGTTCCAAGGTGCGGGAGCACCCCTGTGTCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181510 ATTATGAGCCTCCATTTGGTTCCAAGGTGCGGGAGCACCCCTGTGTCGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 AGCATGAAGGACAACGTGTTGAGAGATCGAGGGCGACCAGAAATTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181560 AGCATGAAGGACAACGTGTTGAGAGATCGAGGGCGACCAGAAATTCCCAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 CTTCTGGCTCAACCACCAG         GGCATCCAGATGGTGTGTGAGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 181610 CTTCTGGCTCAACCACCAGGTA...CAGGGCATCCAGATGGTGTGTGAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 CGTTGACTGAGTGCTGGGACCACGACCCAGAGGCCCGTCTCACAGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184559 CGTTGACTGAGTGCTGGGACCACGACCCAGAGGCCCGTCTCACAGCCCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 TGTGTGGCAGAACGCTTCAGTGAGCTGGAGCATCTGGACAGGCTCTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184609 TGTGTGGCAGAACGCTTCAGTGAGCTGGAGCATCTGGACAGGCTCTCGGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 GAGGAGCTGCTCGGAGGAGAAGATTCCTGAAGACGGCTCCCTAAACACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184659 GAGGAGCTGCTCGGAGGAGAAGATTCCTGAAGACGGCTCCCTAAACACTA

   1750     .
   1697 CCAAA
        |||||
 184709 CCAAA