seq1 = pF1KB4421.tfa, 1575 bp
seq2 = pF1KB4421/gi568815581f_59793185.tfa (gi568815581f:59793185_60046785), 253601 bp

>pF1KB4421 1575
>gi568815581f:59793185_60046785 (Chr17)

1-141  (100001-100141)   100% ->
142-191  (117378-117427)   100% ->
192-312  (119500-119620)   100% ->
313-381  (121451-121519)   100% ->
382-529  (133251-133398)   100% ->
530-587  (136933-136990)   100% ->
588-688  (138438-138538)   100% ->
689-779  (140986-141076)   100% ->
780-870  (141250-141340)   100% ->
871-978  (142009-142116)   100% ->
979-1041  (143031-143093)   100% ->
1042-1119  (143280-143357)   100% ->
1120-1227  (147652-147759)   100% ->
1228-1340  (152222-152334)   100% ->
1341-1575  (153367-153601)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGCGACGAAGGAGGCGGGACGGCTTTTACCCAGCCCCGGACTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGCGACGAAGGAGGCGGGACGGCTTTTACCCAGCCCCGGACTTCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGACAGGGAAGCTGAGGACATGGCAGGAGTGTTTGACATAGACCTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGACAGGGAAGCTGAGGACATGGCAGGAGTGTTTGACATAGACCTGGACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCCAGAGGACGCGGGCTCTGAGGATGAGCTGGAGGAGGGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100101 AGCCAGAGGACGCGGGCTCTGAGGATGAGCTGGAGGAGGGGGTG...CAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGTCAGTTAAATGAAAGCATGGACCATGGGGGAGTTGGACCATATGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117378 GGTCAGTTAAATGAAAGCATGGACCATGGGGGAGTTGGACCATATGAACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192          TGGCATGGAACATTGTGAGAAATTTGAAATCTCAGAAACTA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117428 GTA...CAGTGGCATGGAACATTGTGAGAAATTTGAAATCTCAGAAACTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTGTGAACAGAGGGCCAGAAAAAATCAGACCAGAATGTTTTGAGCTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119541 GTGTGAACAGAGGGCCAGAAAAAATCAGACCAGAATGTTTTGAGCTACTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CGGGTACTTGGTAAAGGGGGCTATGGAAAG         GTTTTTCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 119591 CGGGTACTTGGTAAAGGGGGCTATGGAAAGGTA...CAGGTTTTTCAAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACGAAAAGTAACAGGAGCAAATACTGGGAAAATATTTGCCATGAAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121462 ACGAAAAGTAACAGGAGCAAATACTGGGAAAATATTTGCCATGAAGGTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTAAAAAG         GCAATGATAGTAAGAAATGCTAAAGATACAGCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 121512 TTAAAAAGGTG...TAGGCAATGATAGTAAGAAATGCTAAAGATACAGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CATACAAAAGCAGAACGGAATATTCTGGAGGAAGTAAAGCATCCCTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133284 CATACAAAAGCAGAACGGAATATTCTGGAGGAAGTAAAGCATCCCTTCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CGTGGATTTAATTTATGCCTTTCAGACTGGTGGAAAACTCTACCTCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133334 CGTGGATTTAATTTATGCCTTTCAGACTGGTGGAAAACTCTACCTCATCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTGAGTATCTCAGTG         GAGGAGAACTATTTATGCAGTTAGAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 133384 TTGAGTATCTCAGTGGTC...CAGGAGGAGAACTATTTATGCAGTTAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AGAGAGGGAATATTTATGGAAGACACTGCCTG         CTTTTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 136959 AGAGAGGGAATATTTATGGAAGACACTGCCTGGTA...CAGCTTTTACTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGCAGAAATCTCCATGGCTTTGGGGCATTTACATCAAAAGGGGATCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138447 GGCAGAAATCTCCATGGCTTTGGGGCATTTACATCAAAAGGGGATCATCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACAGAGACCTGAAGCCGGAGAATATCATGCTTAATCACCAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 138497 ACAGAGACCTGAAGCCGGAGAATATCATGCTTAATCACCAAGGTG...TA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    689  GTCATGTGAAACTAACAGACTTTGGACTATGCAAAGAATCTATTCATGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140985 GGTCATGTGAAACTAACAGACTTTGGACTATGCAAAGAATCTATTCATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGGAACAGTCACACACACATTTTGTGGAACAATAGAATACAT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 141035 TGGAACAGTCACACACACATTTTGTGGAACAATAGAATACATGTG...TA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    780  GGCCCCTGAAATCTTGATGAGAAGTGGCCACAATCGTGCTGTGGATTGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141249 GGGCCCCTGAAATCTTGATGAGAAGTGGCCACAATCGTGCTGTGGATTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TGGAGTTTGGGAGCATTAATGTATGACATGCTGACTGGAGCA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 141299 TGGAGTTTGGGAGCATTAATGTATGACATGCTGACTGGAGCAGTA...TA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    871  CCCCCATTCACTGGGGAGAATAGAAAGAAAACAATTGACAAAATCCTCA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142008 GCCCCCATTCACTGGGGAGAATAGAAAGAAAACAATTGACAAAATCCTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AATGTAAACTCAATTTGCCTCCCTACCTCACACAAGAAGCCAGAGATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142058 AATGTAAACTCAATTTGCCTCCCTACCTCACACAAGAAGCCAGAGATCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CTTAAAAAG         CTGCTGAAAAGAAATGCTGCTTCTCGTCTGGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 142108 CTTAAAAAGGTA...AAGCTGCTGAAAAGAAATGCTGCTTCTCGTCTGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 AGCTGGTCCTGGGGACGCTGGAGAAGTTCAA         GCTCATCCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 143063 AGCTGGTCCTGGGGACGCTGGAGAAGTTCAAGTA...TAGGCTCATCCAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 TCTTTAGACACATTAACTGGGAAGAACTTCTGGCTCGAAAGGTGGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143290 TCTTTAGACACATTAACTGGGAAGAACTTCTGGCTCGAAAGGTGGAGCCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CCCTTTAAACCTCTGTTG         CAATCTGAAGAGGATGTAAGTCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 143340 CCCTTTAAACCTCTGTTGGTA...AAGCAATCTGAAGAGGATGTAAGTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 GTTTGATTCCAAGTTTACACGTCAGACACCTGTCGACAGCCCAGATGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147675 GTTTGATTCCAAGTTTACACGTCAGACACCTGTCGACAGCCCAGATGACT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 CAACTCTCAGTGAAAGTGCCAATCAGGTCTTTCTG         GGTTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 147725 CAACTCTCAGTGAAAGTGCCAATCAGGTCTTTCTGGTA...CAGGGTTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 ACATATGTGGCTCCATCTGTACTTGAAAGTGTGAAAGAAAAGTTTTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152228 ACATATGTGGCTCCATCTGTACTTGAAAGTGTGAAAGAAAAGTTTTCCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 TGAACCAAAAATCCGATCACCTCGAAGATTTATTGGCAGCCCACGAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152278 TGAACCAAAAATCCGATCACCTCGAAGATTTATTGGCAGCCCACGAACAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 CTGTCAG         CCCAGTCAAATTTTCTCCTGGGGATTTCTGGGGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152328 CTGTCAGGTA...AAGCCCAGTCAAATTTTCTCCTGGGGATTTCTGGGGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 AGAGGTGCTTCGGCCAGCACAGCAAATCCTCAGACACCTGTGGAATACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153401 AGAGGTGCTTCGGCCAGCACAGCAAATCCTCAGACACCTGTGGAATACCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 AATGGAAACAAGTGGCATAGAGCAGATGGATGTGACAATGAGTGGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153451 AATGGAAACAAGTGGCATAGAGCAGATGGATGTGACAATGAGTGGGGAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 CATCGGCACCACTTCCAATACGACAGCCGAACTCTGGGCCATACAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153501 CATCGGCACCACTTCCAATACGACAGCCGAACTCTGGGCCATACAAAAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 CAAGCTTTTCCCATGATCTCCAAACGGCCAGAGCACCTGCGTATGAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153551 CAAGCTTTTCCCATGATCTCCAAACGGCCAGAGCACCTGCGTATGAATCT

   1700 
   1575 A
        |
 153601 A