seq1 = pF1KB4417.tfa, 1470 bp
seq2 = pF1KB4417/gi568815579f_40266608.tfa (gi568815579f:40266608_40478170), 211563 bp

>pF1KB4417 1470
>gi568815579f:40266608_40478170 (Chr19)

1-27  (99877-99903)   100% ->
28-102  (100003-100077)   100% ->
103-245  (100166-100308)   100% ->
246-429  (101089-101272)   100% ->
430-550  (103301-103421)   100% ->
551-678  (103503-103630)   100% ->
679-879  (105066-105266)   100% ->
880-1019  (107874-108013)   100% ->
1020-1185  (110002-110167)   100% ->
1186-1285  (111179-111278)   100% ->
1286-1470  (111379-111563)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCCTAAACTGATGTACCAGGAG         CTGAAGGTGCCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
  99877 ATGAAGCCTAAACTGATGTACCAGGAGGTA...CAGCTGAAGGTGCCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGAGGAGCCCGCCAATGAGCTGCCCATGAATGAGATTGAGGCGTGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100017 AGAGGAGCCCGCCAATGAGCTGCCCATGAATGAGATTGAGGCGTGGAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGCGGAAAAG         AAAGCCCGCTGGGTCCTGCTGGTCCTCATT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100067 CTGCGGAAAAGGTA...CAGAAAGCCCGCTGGGTCCTGCTGGTCCTCATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CTGGCGGTTGTGGGCTTCGGAGCCCTGATGACTCAGCTGTTTCTATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100196 CTGGCGGTTGTGGGCTTCGGAGCCCTGATGACTCAGCTGTTTCTATGGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ATACGGCGACTTGCATCTCTTTGGGCCCAACCAGCGCCCAGCCCCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100246 ATACGGCGACTTGCATCTCTTTGGGCCCAACCAGCGCCCAGCCCCCTGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGACCCTTGCGA         AGCAGTGCTGGTGGAAAGCATTCCTGAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100296 ATGACCCTTGCGAGTA...CAGAGCAGTGCTGGTGGAAAGCATTCCTGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GGCCTGGACTTCCCCAATGCCTCCACGGGGAACCCTTCCACCAGCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101117 GGCCTGGACTTCCCCAATGCCTCCACGGGGAACCCTTCCACCAGCCAGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTGGCTGGGCCTGCTCGCCGGTGCGCACAGCAGCCTGGACATCGCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101167 CTGGCTGGGCCTGCTCGCCGGTGCGCACAGCAGCCTGGACATCGCCTCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCTACTGGACCCTCACCAACAATGACACCCACACGCAGGAGCCCTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101217 TCTACTGGACCCTCACCAACAATGACACCCACACGCAGGAGCCCTCTGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAGCAG         GGTGAGGAGGTCCTCCGGCAGCTGCAGACCCTGGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101267 CAGCAGGTA...CAGGGTGAGGAGGTCCTCCGGCAGCTGCAGACCCTGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ACCAAAGGGCGTGAACGTCCGCATCGCTGTGAGCAAGCCCAGCGGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103336 ACCAAAGGGCGTGAACGTCCGCATCGCTGTGAGCAAGCCCAGCGGGCCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGCCACAGGCGGACCTGCAGGCTCTGCTGCAGAGCG         GTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 103386 AGCCACAGGCGGACCTGCAGGCTCTGCTGCAGAGCGGTG...CAGGTGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CAGGTCCGCATGGTGGACATGCAGAAGCTGACCCATGGCGTCCTGCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103508 CAGGTCCGCATGGTGGACATGCAGAAGCTGACCCATGGCGTCCTGCATAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CAAGTTCTGGGTGGTGGACCAGACCCACTTCTACCTGGGCAGTGCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103558 CAAGTTCTGGGTGGTGGACCAGACCCACTTCTACCTGGGCAGTGCCAACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGGACTGGCGTTCACTGACCCAG         GTCAAGGAGCTGGGCGTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 103608 TGGACTGGCGTTCACTGACCCAGGTC...CAGGTCAAGGAGCTGGGCGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTCATGTACAACTGCAGCTGCCTGGCTCGAGACCTGACCAAGATCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105084 GTCATGTACAACTGCAGCTGCCTGGCTCGAGACCTGACCAAGATCTTTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGCCTACTGGTTCCTGGGCCAGGCAGGCAGCTCCATCCCATCAACTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105134 GGCCTACTGGTTCCTGGGCCAGGCAGGCAGCTCCATCCCATCAACTTGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CCCGGTTCTATGACACCCGCTACAACCAAGAGACACCAATGGAGATCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105184 CCCGGTTCTATGACACCCGCTACAACCAAGAGACACCAATGGAGATCTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTCAATGGAACCCCTGCTCTGGCCTACCTGGCG         AGTGCGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 105234 CTCAATGGAACCCCTGCTCTGGCCTACCTGGCGGTG...CAGAGTGCGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCCACCCCTGTGTCCAAGTGGCCGCACTCCAGACCTGAAGGCTCTACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107882 CCCACCCCTGTGTCCAAGTGGCCGCACTCCAGACCTGAAGGCTCTACTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACGTGGTGGACAATGCCCGGAGTTTCATCTACGTCGCTGTCATGAACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107932 ACGTGGTGGACAATGCCCGGAGTTTCATCTACGTCGCTGTCATGAACTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTGCCCACTCTGGAGTTCTCCCACCCTCACAG         GTTCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 107982 CTGCCCACTCTGGAGTTCTCCCACCCTCACAGGTA...CAGGTTCTGGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGCCATTGACGATGGGCTGCGGCGGGCCACCTACGAGCGTGGCGTCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110011 TGCCATTGACGATGGGCTGCGGCGGGCCACCTACGAGCGTGGCGTCAAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGCGCCTGCTCATCAGCTGCTGGGGACACTCGGAGCCATCCATGCGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110061 TGCGCCTGCTCATCAGCTGCTGGGGACACTCGGAGCCATCCATGCGGGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TTCCTGCTCTCTCTGGCTGCCCTGCGTGACAACCATACCCACTCTGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110111 TTCCTGCTCTCTCTGGCTGCCCTGCGTGACAACCATACCCACTCTGACAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCAGGTG         AAACTCTTTGTGGTCCCCGCGGATGAGGCCCAGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110161 CCAGGTGGTA...CAGAAACTCTTTGTGGTCCCCGCGGATGAGGCCCAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CTCGAATCCCATATGCCCGTGTCAACCACAACAAGTACATGGTGACTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111213 CTCGAATCCCATATGCCCGTGTCAACCACAACAAGTACATGGTGACTGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CGCGCCACCTACATCG         GAACCTCCAACTGGTCTGGCAACTA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 111263 CGCGCCACCTACATCGGTG...TAGGAACCTCCAACTGGTCTGGCAACTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CTTCACGGAGACGGCGGGCACCTCGCTGCTGGTGACGCAGAATGGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111404 CTTCACGGAGACGGCGGGCACCTCGCTGCTGGTGACGCAGAATGGGAGGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GCGGCCTGCGGAGCCAGCTGGAGGCCATTTTCCTGAGGGACTGGGACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111454 GCGGCCTGCGGAGCCAGCTGGAGGCCATTTTCCTGAGGGACTGGGACTCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CCTTACAGCCATGACCTTGACACCTCAGCTGACAGCGTGGGCAACGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111504 CCTTACAGCCATGACCTTGACACCTCAGCTGACAGCGTGGGCAACGCCTG

   1550     .    :
   1461 CCGCCTGCTC
        ||||||||||
 111554 CCGCCTGCTC