seq1 = pF1KB4391.tfa, 1560 bp
seq2 = pF1KB4391/gi568815583f_63404740.tfa (gi568815583f:63404740_63690823), 286084 bp

>pF1KB4391 1560
>gi568815583f:63404740_63690823 (Chr15)

1-91  (100001-100091)   100% ->
92-152  (127908-127968)   100% ->
153-284  (132286-132417)   100% ->
285-368  (148976-149059)   100% ->
369-450  (151928-152009)   100% ->
451-533  (153367-153449)   100% ->
534-647  (155118-155231)   100% ->
648-761  (158156-158269)   100% ->
762-908  (165694-165840)   100% ->
909-1015  (169307-169413)   100% ->
1016-1096  (169584-169664)   100% ->
1097-1215  (183566-183684)   100% ->
1216-1329  (183963-184076)   100% ->
1330-1397  (184205-184272)   100% ->
1398-1560  (185922-186084)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTGTCCACACCTGAGCTCCAGCGTCTGCATTGCTCCGGACTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGTGTCCACACCTGAGCTCCAGCGTCTGCATTGCTCCGGACTCAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGTTCCCCAACGGCTCCCCGTCGTCCTGGTGCTGCAGCG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100051 CAAGTTCCCCAACGGCTCCCCGTCGTCCTGGTGCTGCAGCGGTG...TAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGTGCCGGTCCAACAAAAGCCCTTGGGTCTGTTTGACTTGTTCAAGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127908 TGTGCCGGTCCAACAAAAGCCCTTGGGTCTGTTTGACTTGTTCAAGTGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CACTGTGGAAG         GTATGTGAATGGCCATGCAAAAAAACATTA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 127958 CACTGTGGAAGGTA...AAGGTATGTGAATGGCCATGCAAAAAAACATTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGAAGATGCACAAGTACCTTTAACCAACCATAAGAAATCAGAAAAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132316 TGAAGATGCACAAGTACCTTTAACCAACCATAAGAAATCAGAAAAGCAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATAAAGTTCAGCACACAGTATGTATGGATTGCAGTAGCTACAGTACATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132366 ATAAAGTTCAGCACACAGTATGTATGGATTGCAGTAGCTACAGTACATAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TG         TTATCGCTGTGATGATTTTGTGGTTAATGACACCAAGCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132416 TGGTA...CAGTTATCGCTGTGATGATTTTGTGGTTAATGACACCAAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGGACTGGTACAGAAAGTCAGAGAACACTTACAGAACTTGGAAAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 149015 GGGACTGGTACAGAAAGTCAGAGAACACTTACAGAACTTGGAAAAGTA..

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    369     CTCAGCTTTCACAGCTGACAGGCATAAGAAAAGAAAACTTTTGGAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149065 .TAGCTCAGCTTTCACAGCTGACAGGCATAAGAAAAGAAAACTTTTGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AACTCAACACTAAACAGCAAGTTATTAAAAGTAAAT         GGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 151974 AACTCAACACTAAACAGCAAGTTATTAAAAGTAAATGTA...CAGGGAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CACCACTGCCATTTGTGCCACAGGCCTTCGGAATTTGGGGAACACATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153372 CACCACTGCCATTTGTGCCACAGGCCTTCGGAATTTGGGGAACACATGTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TCATGAATGCCATCCTTCAGTCACTCAG         TAACATTGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 153422 TCATGAATGCCATCCTTCAGTCACTCAGGTA...TAGTAACATTGAGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TTTTGCTGTTATTTCAAAGAACTGCCCGCCGTGGAGTTAAGGAATGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155131 TTTTGCTGTTATTTCAAAGAACTGCCCGCCGTGGAGTTAAGGAATGGGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AACAGCAGGAAGGCGGACATACCACACCAGGAGCCAAGGGGATAACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155181 AACAGCAGGAAGGCGGACATACCACACCAGGAGCCAAGGGGATAACAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 T         GTCTTTGGTAGAAGAGTTTAGAAAGACACTCTGTGCTTTA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155231 TGTG...CAGGTCTTTGGTAGAAGAGTTTAGAAAGACACTCTGTGCTTTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TGGCAAGGCAGCCAGACTGCATTTAGCCCAGAGTCCTTATTTTATGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158196 TGGCAAGGCAGCCAGACTGCATTTAGCCCAGAGTCCTTATTTTATGTTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TTGGAAGATTATGCCAAACTTTAG         GGGCTATCAACAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 158246 TTGGAAGATTATGCCAAACTTTAGGTA...TAGGGGCTATCAACAGCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ACGCCCATGAATTCATGCGCTACCTTTTGGACCACCTACACTTGGAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165711 ACGCCCATGAATTCATGCGCTACCTTTTGGACCACCTACACTTGGAACTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CAGGGCGGTTTCAACGGTGTTTCCCGCTCAGCAATTCTGCAGGAGAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165761 CAGGGCGGTTTCAACGGTGTTTCCCGCTCAGCAATTCTGCAGGAGAATTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TACTCTGTCTGCAAGTAACAAGTGTTGCAT         AAATGGAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 165811 TACTCTGTCTGCAAGTAACAAGTGTTGCATGTA...TAGAAATGGAGCAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CTACTGTTGTCACGGCTATATTCGGAGGCATTCTCCAAAATGAGGTTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169318 CTACTGTTGTCACGGCTATATTCGGAGGCATTCTCCAAAATGAGGTTAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TGCCTCATATGTGGGACAGAATCTAGAAAGTTTGATCCATTCCTAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 169368 TGCCTCATATGTGGGACAGAATCTAGAAAGTTTGATCCATTCCTAGGTA.

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1016      ACCTTTCATTAGATATTCCAAGTCAGTTCAGAAGTAAGCGCTCTA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169418 ..AAGACCTTTCATTAGATATTCCAAGTCAGTTCAGAAGTAAGCGCTCTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 AGAATCAAGAAAATGGACCAGTTTGTTCGTTACGAG         ATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 169629 AGAATCAAGAAAATGGACCAGTTTGTTCGTTACGAGGTA...TAGATTGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CTTCGCAGTTTTACCGACTTAGAAGAACTTGATGAGACAGAGTTATATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183571 CTTCGCAGTTTTACCGACTTAGAAGAACTTGATGAGACAGAGTTATATAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GTGCCATAAATGCAAAAAGAAACAAAAGTCCACAAAAAAGTTTTGGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183621 GTGCCATAAATGCAAAAAGAAACAAAAGTCCACAAAAAAGTTTTGGATTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 AAAAACTACCCAAG         GTGCTATGCTTACATTTGAAAAGATTT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 183671 AAAAACTACCCAAGGTG...CAGGTGCTATGCTTACATTTGAAAAGATTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CATTGGACAGCATATTTAAGAAATAAAGTTGATACATACGTAGAATTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183990 CATTGGACAGCATATTTAAGAAATAAAGTTGATACATACGTAGAATTTCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 ACTGAGAGGCCTAGACATGAAATGCTACTTACTAGAG         CCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 184040 ACTGAGAGGCCTAGACATGAAATGCTACTTACTAGAGGTA...TAGCCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 AGAACAGTGGCCCGGAGAGCTGCCTGTATGACCTCGCCGCTGTGGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184209 AGAACAGTGGCCCGGAGAGCTGCCTGTATGACCTCGCCGCTGTGGTGGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 CACCATGGTTCCGG         GGTTGGTTCTGGACATTACACAGCATA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 184259 CACCATGGTTCCGGGTG...CAGGGTTGGTTCTGGACATTACACAGCATA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 CGCAACTCACGAAGGCCGCTGGTTCCACTTCAATGACAGTACTGTAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185949 CGCAACTCACGAAGGCCGCTGGTTCCACTTCAATGACAGTACTGTAACAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 TGACTGACGAGGAGACTGTGGTGAAGGCGAAGGCCTACATCCTTTTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185999 TGACTGACGAGGAGACTGTGGTGAAGGCGAAGGCCTACATCCTTTTCTAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .
   1525 GTGGAACACCAGGCCAAAGCTGGATCGGATAAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186049 GTGGAACACCAGGCCAAAGCTGGATCGGATAAACTT