seq1 = pF1KB4388.tfa, 1047 bp
seq2 = pF1KB4388/gi568815589f_122934567.tfa (gi568815589f:122934567_123135613), 201047 bp

>pF1KB4388 1047
>gi568815589f:122934567_123135613 (Chr9)

1-1047  (100001-101047)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACTCCACCTTGGATGGTAATCAGAGCAGCCACCCTTTTTGCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACTCCACCTTGGATGGTAATCAGAGCAGCCACCCTTTTTGCCTCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCATTTGGCTATTTGGAAACTGTCAATTTTTGCCTTTTGGAAGTATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCATTTGGCTATTTGGAAACTGTCAATTTTTGCCTTTTGGAAGTATTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTATTGTCTTTCTAACTGTATTGATTATTTCTGGCAACATCATTGTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTATTGTCTTTCTAACTGTATTGATTATTTCTGGCAACATCATTGTGATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTTGTATTTCACTGTGCACCTTTGTTGAACCATCACACTACAAGTTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTTGTATTTCACTGTGCACCTTTGTTGAACCATCACACTACAAGTTATTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TATCCAGACTATGGCATATGCTGACCTTTTTGTTGGGGTGAGCTGCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TATCCAGACTATGGCATATGCTGACCTTTTTGTTGGGGTGAGCTGCGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCCCTTCTTTATCACTCCTCCATCACCCCCTTCCAGTAGAGGAGTCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCCCTTCTTTATCACTCCTCCATCACCCCCTTCCAGTAGAGGAGTCCTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACTTGCCAGATATTTGGTTTTGTAGTATCAGTTCTGAAGAGCGTCTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACTTGCCAGATATTTGGTTTTGTAGTATCAGTTCTGAAGAGCGTCTCCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGCTTCTCTGGCCTGTATCAGCATTGATAGATACATTGCCATTACTAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGCTTCTCTGGCCTGTATCAGCATTGATAGATACATTGCCATTACTAAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTTTAACCTATAATACTCTGGTTACACCCTGGAGACTACGCCTGTGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CTTTAACCTATAATACTCTGGTTACACCCTGGAGACTACGCCTGTGTATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTCCTGATTTGGCTATACTCGACCCTGGTCTTCCTGCCTTCCTTTTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTCCTGATTTGGCTATACTCGACCCTGGTCTTCCTGCCTTCCTTTTTCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTGGGGCAAACCTGGATATCATGGAGATGTGTTTCAGTGGTGTGCGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTGGGGCAAACCTGGATATCATGGAGATGTGTTTCAGTGGTGTGCGGAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCTGGCACACCGACTCCTACTTCACCCTGTTCATCGTGATGATGTTATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCTGGCACACCGACTCCTACTTCACCCTGTTCATCGTGATGATGTTATAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCCCCAGCAGCCCTTATTGTCTGCTTCACCTATTTCAACATCTTCCGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCCCCAGCAGCCCTTATTGTCTGCTTCACCTATTTCAACATCTTCCGCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTGCCAACAGCACACAAAGGATATCAGCGAAAGGCAAGCCCGCTTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTGCCAACAGCACACAAAGGATATCAGCGAAAGGCAAGCCCGCTTCAGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCCAGAGTGGGGAGACTGGGGAAGTGCAGGCCTGTCCTGATAAGCGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCCAGAGTGGGGAGACTGGGGAAGTGCAGGCCTGTCCTGATAAGCGCTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GCCATGGTCCTGTTTCGAATCACTAGTGTATTTTACATCCTCTGGTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GCCATGGTCCTGTTTCGAATCACTAGTGTATTTTACATCCTCTGGTTGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 ATATATCATCTACTTCTTGTTGGAAAGCTCCACTGGCCACAGCAACCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 ATATATCATCTACTTCTTGTTGGAAAGCTCCACTGGCCACAGCAACCGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCGCATCCTTCTTGACCACCTGGCTTGCTATTAGTAACAGTTTCTGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCGCATCCTTCTTGACCACCTGGCTTGCTATTAGTAACAGTTTCTGCAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TGTGTAATTTATAGTCTCTCCAACAGTGTATTCCAAAGAGGACTAAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TGTGTAATTTATAGTCTCTCCAACAGTGTATTCCAAAGAGGACTAAAGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CCTCTCAGGGGCTATGTGTACTTCTTGTGCAAGTCAGACTACAGCCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CCTCTCAGGGGCTATGTGTACTTCTTGTGCAAGTCAGACTACAGCCAACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1001 ACCCTTACACAGTTAGAAGCAAAGGCCCTCTTAATGGATGTCATATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 ACCCTTACACAGTTAGAAGCAAAGGCCCTCTTAATGGATGTCATATC