seq1 = pF1KB4375.tfa, 1167 bp
seq2 = pF1KB4375/gi568815575f_69516309.tfa (gi568815575f:69516309_70135606), 619298 bp

>pF1KB4375 1167
>gi568815575f:69516309_70135606 (ChrX)

1-396  (100001-100396)   100% ->
397-502  (440719-440824)   100% ->
503-526  (506910-506933)   100% ->
527-706  (511549-511728)   100% ->
707-741  (513196-513230)   100% ->
742-793  (514161-514212)   100% ->
794-918  (517090-517214)   100% ->
919-1167  (519050-519298)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCTACCCGGAGGTGGAGCGCAGGGAACTCCTGCCTGCAGCAGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCTACCCGGAGGTGGAGCGCAGGGAACTCCTGCCTGCAGCAGCGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGGGAGCGAGGGAGCCAGGGCTGCGGGTGTGGCGGGGCCCCTGCCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGGGAGCGAGGGAGCCAGGGCTGCGGGTGTGGCGGGGCCCCTGCCCGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGGCGAAGGGAACAGCTGCCTGCTCTTCCTGGGTTTCTTTGGCCTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGGCGAAGGGAACAGCTGCCTGCTCTTCCTGGGTTTCTTTGGCCTCTCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGCCCTCCACCTGCTGACGTTGTGCTGCTACCTAGAGTTGCGCTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGCCCTCCACCTGCTGACGTTGTGCTGCTACCTAGAGTTGCGCTCGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTTGCGGCGGGAACGTGGAGCCGAGTCCCGCCTTGGCGGCTCGGGCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTTGCGGCGGGAACGTGGAGCCGAGTCCCGCCTTGGCGGCTCGGGCACCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTGGCACCTCTGGCACCCTAAGCAGCCTCGGTGGCCTCGACCCTGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTGGCACCTCTGGCACCCTAAGCAGCCTCGGTGGCCTCGACCCTGACAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCCATCACCAGTCACCTTGGGCAGCCGTCACCTAAGCAGCAGCCATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCCATCACCAGTCACCTTGGGCAGCCGTCACCTAAGCAGCAGCCATTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACCGGGAGAAGCCGCACTCCACTCTGACTCCCAGGACGGGCACCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100351 ACCGGGAGAAGCCGCACTCCACTCTGACTCCCAGGACGGGCACCAGGTG.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    397      ATGGCCCTATTGAATTTCTTCTTCCCTGATGAAAAGCCATACTCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ..CAGATGGCCCTATTGAATTTCTTCTTCCCTGATGAAAAGCCATACTCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAAGAAGAAAGTAGGCGTGTTCGCCGCAATAAAAGAAGCAAAAGCAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 440764 GAAGAAGAAAGTAGGCGTGTTCGCCGCAATAAAAGAAGCAAAAGCAATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AGGAGCAGATG         GCCCAGTTAAAAACAAGAAAAAGG      
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||>>>...
 440814 AGGAGCAGATGGTA...TAGGCCCAGTTAAAAACAAGAAAAAGGGTA...

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    527    GAAAGAAAGCAGGACCTCCTGGACCCAATGGCCCTCCAGGACCCCCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 511546 CAGGAAAGAAAGCAGGACCTCCTGGACCCAATGGCCCTCCAGGACCCCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGACCTCCAGGACCCCAGGGACCCCCAGGAATTCCAGGGATTCCTGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 511596 GGACCTCCAGGACCCCAGGGACCCCCAGGAATTCCAGGGATTCCTGGAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TCCAGGAACAACTGTTATGGGACCACCTGGTCCTCCAGGTCCTCCTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 511646 TCCAGGAACAACTGTTATGGGACCACCTGGTCCTCCAGGTCCTCCTGGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CTCAAGGACCCCCTGGCCTCCAGGGACCTTCTG         GTGCTGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 511696 CTCAAGGACCCCCTGGCCTCCAGGGACCTTCTGGTG...CAGGTGCTGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GATAAAGCTGGAACTCGAGAAAACCAG         CCAGCTGTGGTGCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 513204 GATAAAGCTGGAACTCGAGAAAACCAGGTT...CAGCCAGCTGTGGTGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TCTACAGGGCCAAGGGTCAGCAATTCAAGTCAAGAATG         ATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 514175 TCTACAGGGCCAAGGGTCAGCAATTCAAGTCAAGAATGGTA...GAGATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTTCAGGTGGAGTGCTCAATGACTGGTCTCGCATCACTATGAACCCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 517093 TTTCAGGTGGAGTGCTCAATGACTGGTCTCGCATCACTATGAACCCCAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTGTTTAAGCTACATCCCCGCAGCGGGGAGCTGGAGGTACTGGTGGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 517143 GTGTTTAAGCTACATCCCCGCAGCGGGGAGCTGGAGGTACTGGTGGACGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CACCTACTTCATCTATAGTCAG         GTATACTACATCAACTTCA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 517193 CACCTACTTCATCTATAGTCAGGTA...CAGGTATACTACATCAACTTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CTGACTTTGCCAGCTATGAGGTGGTGGTGGATGAGAAGCCCTTCCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 519069 CTGACTTTGCCAGCTATGAGGTGGTGGTGGATGAGAAGCCCTTCCTGCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TGCACACGCAGCATCGAGACGGGCAAGACCAACTACAACACTTGCTATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 519119 TGCACACGCAGCATCGAGACGGGCAAGACCAACTACAACACTTGCTATAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CGCAGGCGTCTGCCTCCTCAAGGCCCGGCAGAAGATCGCCGTCAAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 519169 CGCAGGCGTCTGCCTCCTCAAGGCCCGGCAGAAGATCGCCGTCAAGATGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TGCACGCTGACATCTCCATCAACATGAGCAAGCACACCACGTTCTTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 519219 TGCACGCTGACATCTCCATCAACATGAGCAAGCACACCACGTTCTTTGGG

   1200     .    :    .    :    .    :
   1138 GCCATCAGGCTGGGTGAAGCCCCTGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 519269 GCCATCAGGCTGGGTGAAGCCCCTGCATCC