seq1 = pF1KB4374.tfa, 1242 bp
seq2 = pF1KB4374/gi568815586r_98635563.tfa (gi568815586r:98635563_99254492), 618930 bp

>pF1KB4374 1242
>gi568815586r:98635563_99254492 (Chr12)

(complement)

1-204  (100001-100204)   100% ->
205-303  (169470-169568)   100% ->
304-456  (201184-201336)   100% ->
457-564  (422357-422464)   100% ->
565-693  (453368-453496)   100% ->
694-765  (455488-455559)   100% ->
766-864  (473279-473376)   95% ->
865-1002  (481314-481451)   100% ->
1003-1170  (502971-503138)   100% ->
1171-1242  (518859-518930)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGTGGCAATGCCACCTCTCAGCCCAGGACTACCGCTATTACCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGTGGCAATGCCACCTCTCAGCCCAGGACTACCGCTATTACCCCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACGGCTACTCCCTGCTTAAACGCTTCCCTCTTCATCCTCTTACAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGACGGCTACTCCCTGCTTAAACGCTTCCCTCTTCATCCTCTTACAGGAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAGATGCCCTGTCCAAACAGTGGGACAATGGTTGGAAAGCATTGGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCAGATGCCCTGTCCAAACAGTGGGACAATGGTTGGAAAGCATTGGGCTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCTCAGTACGAGAACCACCTGATGGCTAATGGATTTGACAATGTGCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCTCAGTACGAGAACCACCTGATGGCTAATGGATTTGACAATGTGCAGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TATG         GGAAGCAATGTTATGGAAGATCAGGATTTGTTGGAAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TATGGTA...CAGGGAAGCAATGTTATGGAAGATCAGGATTTGTTGGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGGAATCCTTAATTCTGGGCACAGACAAAGAATTCTACAGGCAATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169507 TTGGAATCCTTAATTCTGGGCACAGACAAAGAATTCTACAGGCAATCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTCCTTCCAAAG         ATGAGACCCATTGGGCATGATGGCTACCA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 169557 CTCCTTCCAAAGGTG...CAGATGAGACCCATTGGGCATGATGGCTACCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCCCACCTCTGTAGCTGAGTGGCTGGATTCCATTGAACTGGGCGACTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201213 TCCCACCTCTGTAGCTGAGTGGCTGGATTCCATTGAACTGGGCGACTACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCAAAGCCTTTCTAATTAATGGCTACACTTCGATGGACCTGTTGAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201263 CCAAAGCCTTTCTAATTAATGGCTACACTTCGATGGACCTGTTGAAAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATCTGGGAGGTTGAACTTATTAAT         GTTTTAAAAATCAATTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 201313 ATCTGGGAGGTTGAACTTATTAATGTA...CAGGTTTTAAAAATCAATTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GATTGGCCACAGGAAACGTATTTTGGCATCTCTGGGAGACAGGCTGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 422374 GATTGGCCACAGGAAACGTATTTTGGCATCTCTGGGAGACAGGCTGCACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACGATCCCCCACAGAAGCCCCCTCGGTCCATCACCCTCAGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 422424 ACGATCCCCCACAGAAGCCCCCTCGGTCCATCACCCTCAGGGTA...CAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACAGGAGACTGGGGAGAACCTTCCATTACCTTGCGACCTCCGAATGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 453368 ACAGGAGACTGGGGAGAACCTTCCATTACCTTGCGACCTCCGAATGAAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CACAGCCTCTACCCCGGTACAGTACTGGCAGCATCACCCAGAAAAGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 453418 CACAGCCTCTACCCCGGTACAGTACTGGCAGCATCACCCAGAAAAGCTTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCTTCCAGTCGTGTGATTACAAAGCTTTT         TATTTAGGTTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 453468 TCTTCCAGTCGTGTGATTACAAAGCTTTTGTA...TAGTATTTAGGTTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATGCTGATAAAAGAGCTTAGGGGGACAGAATCAACCCAAGATGCTTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 455500 ATGCTGATAAAAGAGCTTAGGGGGACAGAATCAACCCAAGATGCTTGTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AAAAATGCGG         GCTAACTGTCAGAAGTCTACAGAGCAAATGA
        ||||||||||>>>...>>>  ||| |-|||||||||||||||||||||||
 455550 AAAAATGCGGGTA...AATTTTAATT TCAGAAGTCTACAGAGCAAATGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGAAGGTCCCTACTATTATTCTTTCTGTCTCATATAAAGGAGTCAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 473309 AGAAGGTCCCTACTATTATTCTTTCTGTCTCATATAAAGGAGTCAAATTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATTGATGCAACAAATAAG         AACATAATTGCTGAGCATGAAAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 473359 ATTGATGCAACAAATAAGGTA...CAGAACATAATTGCTGAGCATGAAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TCGTAATATCTCCTGTGCTGCCCAGGACCCAGAAGACCTCTCAACATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 481337 TCGTAATATCTCCTGTGCTGCCCAGGACCCAGAAGACCTCTCAACATTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCTATATCACAAAAGATTTGAAGTCTAATCACCACTACTGTCATGTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 481387 CCTATATCACAAAAGATTTGAAGTCTAATCACCACTACTGTCATGTGTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ACTGCCTTTGATGTG         AATTTAGCCTATGAAATCATCCTAAC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 481437 ACTGCCTTTGATGTGGTG...CAGAATTTAGCCTATGAAATCATCCTAAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCTGGGACAGGCATTCGAAGTCGCTTACCAGCTAGCACTACAAGCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 502997 CCTGGGACAGGCATTCGAAGTCGCTTACCAGCTAGCACTACAAGCAAGAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AAGGGGGACACTCCTCCACACTTCCAGAAAGCTTTGAAAACAAACCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 503047 AAGGGGGACACTCCTCCACACTTCCAGAAAGCTTTGAAAACAAACCCTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AAACCCATCCCCAAGCCCCGCGTTAGCATTCGCAAGTCCGTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 503097 AAACCCATCCCCAAGCCCCGCGTTAGCATTCGCAAGTCCGTGGTA...CA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1171  GATCTTCTTCATGCCAGCCATACCGGGCAGGAACCATCAGAGAGACACA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 518858 GGATCTTCTTCATGCCAGCCATACCGGGCAGGAACCATCAGAGAGACACA

   1300     .    :    .    :
   1220 CTGAGGAGGCACTCAGAAAATTT
        |||||||||||||||||||||||
 518908 CTGAGGAGGCACTCAGAAAATTT