seq1 = pF1KB4372.tfa, 2181 bp
seq2 = pF1KB4372/gi568815596f_156376106.tfa (gi568815596f:156376106_156682915), 306810 bp

>pF1KB4372 2181
>gi568815596f:156376106_156682915 (Chr2)

1-102  (100001-100102)   100% ->
103-274  (119939-120110)   100% ->
275-399  (134691-134815)   100% ->
400-497  (136115-136212)   100% ->
498-661  (137228-137391)   100% ->
662-826  (173503-173667)   99% ->
827-971  (174497-174641)   100% ->
972-1165  (181284-181477)   100% ->
1166-1300  (192720-192854)   100% ->
1301-1476  (193258-193433)   100% ->
1477-1608  (193982-194113)   100% ->
1609-1767  (195029-195187)   100% ->
1768-1880  (202784-202896)   100% ->
1881-1959  (202981-203059)   100% ->
1960-2058  (203585-203683)   100% ->
2059-2181  (206688-206810)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCATTTCAAAAGGCAGTGAAAGGGACGATTCTTGTTGGAGGAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCATTTCAAAAGGCAGTGAAAGGGACGATTCTTGTTGGAGGAGGTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTTGCAACTGTTTTAGGACTTTCTCAGTTTGCTCATTACAGAAGGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTTGCAACTGTTTTAGGACTTTCTCAGTTTGCTCATTACAGAAGGAAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AA         ATGAACCTGGCCTATGTTAAAGCAGCAGACTGCATTTCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGTA...CAGATGAACCTGGCCTATGTTAAAGCAGCAGACTGCATTTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAACCAGTTAACAGGGAGCCTCCTTCCAGAGAAGCTCAGCTACTGACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119978 GAACCAGTTAACAGGGAGCCTCCTTCCAGAGAAGCTCAGCTACTGACTTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCAAAACACATCTGAATTTGATATCCTTGTTATTGGAGGAGGAGCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120028 GCAAAACACATCTGAATTTGATATCCTTGTTATTGGAGGAGGAGCAACAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GAAGTGGCTGTGCGCTAGATGCTGTCACCAGAG         GACTAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 120078 GAAGTGGCTGTGCGCTAGATGCTGTCACCAGAGGTA...CAGGACTAAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACAGCCCTTGTAGAAAGAGATGATTTCTCATCAGGGACCAGCAGCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134699 ACAGCCCTTGTAGAAAGAGATGATTTCTCATCAGGGACCAGCAGCAGAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CACTAAATTGATCCATGGTGGTGTGAGATATCTGCAGAAGGCCATCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134749 CACTAAATTGATCCATGGTGGTGTGAGATATCTGCAGAAGGCCATCATGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGTTGGATATTGAGCAG         TATAGGATGGTAAAAGAAGCCCTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 134799 AGTTGGATATTGAGCAGGTA...CAGTATAGGATGGTAAAAGAAGCCCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CATGAGCGTGCCAACCTGCTAGAAATTGCTCCCCATTTATCAGCTCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136139 CATGAGCGTGCCAACCTGCTAGAAATTGCTCCCCATTTATCAGCTCCATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCCTATAATGCTTCCAGTTTACAA         GTGGTGGCAGTTACCTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 136189 GCCTATAATGCTTCCAGTTTACAAGTA...TAGGTGGTGGCAGTTACCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACTACTGGGTAGGAATCAAGCTGTATGATTTGGTTGCAGGAAGCAATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137245 ACTACTGGGTAGGAATCAAGCTGTATGATTTGGTTGCAGGAAGCAATTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTAAAAAGCAGTTATGTCCTCAGCAAATCAAGAGCCCTTGAACATTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137295 CTAAAAAGCAGTTATGTCCTCAGCAAATCAAGAGCCCTTGAACATTTCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AATGCTCCAGAAGGACAAACTGGTAGGAGCAATTGTCTACTATGACG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 137345 AATGCTCCAGAAGGACAAACTGGTAGGAGCAATTGTCTACTATGACGGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    662       GACAACATAACGATGCACGGATGAACCTTGCCATTGCTCTGACT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137395 ...CAGGACAACATAACGATGCACGGATGAACCTTGCCATTGCTCTGACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCTGCCAGGTATGGGGCTGCCACAGCCAATTACATGGAGGTAGTGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173547 GCTGCCAGGTATGGGGCTGCCACAGCCAATTACATGGAGGTAGTGAGCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCTCAAGAAGACAGACCCCCAGACAGGGAAAGTGCATGTGAGCGGCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 173597 GCTCAAGAAGACAGACCCCCAGACAGGGAAAGTGCGTGTGAGCGGCGCAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GGTGCAAGGATGTCCTCACAG         GGCAGGAATTTGACGTGAGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 173647 GGTGCAAGGATGTCCTCACAGGTA...CAGGGCAGGAATTTGACGTGAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCCAAATGTGTTATCAATGCCACGGGACCTTTCACGGACTCTGTGCGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174517 GCCAAATGTGTTATCAATGCCACGGGACCTTTCACGGACTCTGTGCGCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AATGGATGATAAAGACGCAGCAGCTATCTGCCAGCCAAGTGCTGGTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174567 AATGGATGATAAAGACGCAGCAGCTATCTGCCAGCCAAGTGCTGGTGTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ATATTGTGATGCCTGGTTATTACAG         CCCAGAGAGCATGGGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 174617 ATATTGTGATGCCTGGTTATTACAGGTA...CAGCCCAGAGAGCATGGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTTCTTGACCCAGCGACCAGTGATGGGCGAGTTATTTTCTTCTTACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181300 CTTCTTGACCCAGCGACCAGTGATGGGCGAGTTATTTTCTTCTTACCCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GCAAAAGATGACGATCGCTGGCACTACTGATACTCCAACTGATGTTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181350 GCAAAAGATGACGATCGCTGGCACTACTGATACTCCAACTGATGTTACAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACCATCCAATTCCTTCAGAAGAAGATATCAACTTCATTTTGAATGAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181400 ACCATCCAATTCCTTCAGAAGAAGATATCAACTTCATTTTGAATGAAGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CGTAATTACCTGAGTTGTGATGTTGAAG         TGAGAAGAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 181450 CGTAATTACCTGAGTTGTGATGTTGAAGGTA...CAGTGAGAAGAGGGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGTCCTGGCAGCATGGAGTGGAATCCGTCCTCTTGTTACAGACCCCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192733 TGTCCTGGCAGCATGGAGTGGAATCCGTCCTCTTGTTACAGACCCCAAAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CTGCAGATACTCAGTCTATCTCCCGAAATCATGTTGTTGATATCAGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192783 CTGCAGATACTCAGTCTATCTCCCGAAATCATGTTGTTGATATCAGTGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AGTGGCCTTATTACTATAGCAG         GTGGAAAGTGGACAACTTA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 192833 AGTGGCCTTATTACTATAGCAGGTA...TAGGTGGAAAGTGGACAACTTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TCGGTCTATGGCAGAAGATACCATAAATGCTGCTGTCAAAACTCATAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193277 TCGGTCTATGGCAGAAGATACCATAAATGCTGCTGTCAAAACTCATAATT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TAAAAGCAGGACCAAGTAGAACAGTTGGGCTTTTCCTTCAAGGGGGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193327 TAAAAGCAGGACCAAGTAGAACAGTTGGGCTTTTCCTTCAAGGGGGTAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GATTGGAGCCCCACACTCTACATTAGGCTTGTGCAGGATTATGGACTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193377 GATTGGAGCCCCACACTCTACATTAGGCTTGTGCAGGATTATGGACTTGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 AAGCGAG         GTGGCACAGCATCTTGCCGCCACCTATGGTGATA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193427 AAGCGAGGTG...TAGGTGGCACAGCATCTTGCCGCCACCTATGGTGATA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 AGGCCTTTGAGGTGGCCAAAATGGCAAGTGTGACTGGCAAAAGGTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194016 AGGCCTTTGAGGTGGCCAAAATGGCAAGTGTGACTGGCAAAAGGTGGCCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 ATTGTTGGAGTACGTCTTGTGTCAGAATTTCCATATATTGAAGCAGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 194066 ATTGTTGGAGTACGTCTTGTGTCAGAATTTCCATATATTGAAGCAGAGGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1609        GTGAAATATGGGATTAAGGAGTATGCCTGCACTGCTGTGGATA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194116 A...CAGGTGAAATATGGGATTAAGGAGTATGCCTGCACTGCTGTGGATA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 TGATTTCACGTCGTACTCGCCTGGCCTTTCTAAATGTCCAGGCAGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195072 TGATTTCACGTCGTACTCGCCTGGCCTTTCTAAATGTCCAGGCAGCAGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 GAAGCCCTACCCAGGATTGTTGAACTGATGGGCAGGGAACTGAATTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195122 GAAGCCCTACCCAGGATTGTTGAACTGATGGGCAGGGAACTGAATTGGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 TGATTATAAGAAGCAG         GAACAACTTGAAACAGCCAGGAAGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 195172 TGATTATAAGAAGCAGGTA...TAGGAACAACTTGAAACAGCCAGGAAGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 TTCTATATTATGAAATGGGCTATAAATCTCGATCAGAACAGTTAACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202809 TTCTATATTATGAAATGGGCTATAAATCTCGATCAGAACAGTTAACAGAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 CGCTCTGAAATTAGCCTACTGCCTTCAGACATTGACAG         GTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 202859 CGCTCTGAAATTAGCCTACTGCCTTCAGACATTGACAGGTA...CAGGTA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 TAAGAAGAGATTTCATAAGTTTGATGCAGACCAGAAAGGCTTTATTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202984 TAAGAAGAGATTTCATAAGTTTGATGCAGACCAGAAAGGCTTTATTACCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 TTGTTGATGTTCAGCGTGTATTAGAG         AGTATCAATGTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 203034 TTGTTGATGTTCAGCGTGTATTAGAGGTA...TAGAGTATCAATGTCCAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 ATGGATGAAAATACACTCCATGAAATTCTAAATGAAGTTGATTTGAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203600 ATGGATGAAAATACACTCCATGAAATTCTAAATGAAGTTGATTTGAATAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 AAATGGACAGGTTGAACTCAATGAATTTTTGCAG         CTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 203650 AAATGGACAGGTTGAACTCAATGAATTTTTGCAGGTG...AAGCTGATGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 GTGCTATTCAAAAAGGAAGGGTATCTGGAAGCCGGCTTGCTATACTAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206695 GTGCTATTCAAAAAGGAAGGGTATCTGGAAGCCGGCTTGCTATACTAATG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 AAAACTGCAGAAGAGAACCTCGACAGAAGAGTTCCAATTCCAGTGGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206745 AAAACTGCAGAAGAGAACCTCGACAGAAGAGTTCCAATTCCAGTGGACCG

   2300     .    :    .
   2166 TAGTTGTGGAGGATTG
        ||||||||||||||||
 206795 TAGTTGTGGAGGATTG