seq1 = pF1KB4343.tfa, 1092 bp
seq2 = pF1KB4343/gi568815595f_48141172.tfa (gi568815595f:48141172_48368783), 227612 bp

>pF1KB4343 1092
>gi568815595f:48141172_48368783 (Chr3)

42-96  (106452-106506)   100% ->
97-223  (119642-119768)   100% ->
224-1092  (126744-127612)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGCTCTGCCTGCCAAGGATTCTGCCTGGCCCTGGGAAGAGAAGCCTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106452 AGCTCTGCCTGCCAAGGATTCTGCCTGGCCCTGGGAAGAGAAGCCTAGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATCTG         GGACCAGTGACTTTCGAGGATGTGGCTGTGCTTTTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106502 ATCTGGTG...TAGGGACCAGTGACTTTCGAGGATGTGGCTGTGCTTTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ACTGAGGCAGAGTGGAAGAGACTGAGCCTTGAGCAGAGGAACCTATACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119678 ACTGAGGCAGAGTGGAAGAGACTGAGCCTTGAGCAGAGGAACCTATACAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGAAGTGATGCTGGAAAATCTCAGGAATCTGGTCTCATTGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 119728 AGAAGTGATGCTGGAAAATCTCAGGAATCTGGTCTCATTGGGTA...CAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CAGAATCAAAGCCAGAAGTCCATACCTGCCCTTCTTGCCCTCTGGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126744 CAGAATCAAAGCCAGAAGTCCATACCTGCCCTTCTTGCCCTCTGGCCTTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GGCAGTCAGCAGTTCCTCAGCCAAGATGAGCTACACAATCATCCTATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126794 GGCAGTCAGCAGTTCCTCAGCCAAGATGAGCTACACAATCATCCTATTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGGTTTCCATGCAGGAAATCAACTCCACCCAGGAAATCCCTGCCCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126844 AGGTTTCCATGCAGGAAATCAACTCCACCCAGGAAATCCCTGCCCAGAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATCAGCCACAGTCACAACATCCTTCTGATAAAAATCACAGGGGGGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126894 ATCAGCCACAGTCACAACATCCTTCTGATAAAAATCACAGGGGGGCTGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCAGAAGATCAACGAGTGGAAGGAGGCGTCAGACCCTTGTTTTGGAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126944 GCAGAAGATCAACGAGTGGAAGGAGGCGTCAGACCCTTGTTTTGGAGTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AAATGAAAGGGGGGCTTTAGTGGGTTTCTCTAGCCTGTTCCAGAGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126994 AAATGAAAGGGGGGCTTTAGTGGGTTTCTCTAGCCTGTTCCAGAGACCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAATAAGCTCTTGGGGAGGCAACAGAATATTAGAGATACAGCTCAGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127044 CAATAAGCTCTTGGGGAGGCAACAGAATATTAGAGATACAGCTCAGTCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCCCAGAATGCAAGCTCTGAGGAAGTAGACAGAATTTCCAAGAGGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127094 GCCCAGAATGCAAGCTCTGAGGAAGTAGACAGAATTTCCAAGAGGGCAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AACCCCAGGGTTTGGAGCAGTCACGTTTGGGGAGTGTGCACTAGCTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127144 AACCCCAGGGTTTGGAGCAGTCACGTTTGGGGAGTGTGCACTAGCTTTTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ACCAGAAGTCAAACCTGTTCAGACAGAAGGCAGTCACAGCAGAAAAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127194 ACCAGAAGTCAAACCTGTTCAGACAGAAGGCAGTCACAGCAGAAAAATCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TCAGACAAAAGGCAGTCACAGGTGTGCAGGGAGTGTGGGCGAGGCTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127244 TCAGACAAAAGGCAGTCACAGGTGTGCAGGGAGTGTGGGCGAGGCTTTAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CAGGAAGTCACAGCTCATCATACACCAGAGGACACACACAGGAGAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127294 CAGGAAGTCACAGCTCATCATACACCAGAGGACACACACAGGAGAAAAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CTTATGTCTGCGGAGAGTGTGGGCGAGGCTTTATAGTTGAGTCAGTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127344 CTTATGTCTGCGGAGAGTGTGGGCGAGGCTTTATAGTTGAGTCAGTCCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CGCAACCACCTGAGTACACACTCCGGGGAGAAACCTTATGTGTGCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127394 CGCAACCACCTGAGTACACACTCCGGGGAGAAACCTTATGTGTGCAGCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TTGTGGGCGAGGCTTTAGCTGCAAGCCATACCTCATCAGACATCAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127444 TTGTGGGCGAGGCTTTAGCTGCAAGCCATACCTCATCAGACATCAGAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 CACACACAAGGGAGAAATCGTTTATGTGCACAGTGTGTGGGCGAGGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127494 CACACACAAGGGAGAAATCGTTTATGTGCACAGTGTGTGGGCGAGGCTTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CGTGAAAAGTCAGAGCTCATTAAGCACCAGAGAATTCACACGGGGGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127544 CGTGAAAAGTCAGAGCTCATTAAGCACCAGAGAATTCACACGGGGGATAA

   1050     .    :    .
   1074 GCCTTATGTGTGCAGAGAT
        |||||||||||||||||||
 127594 GCCTTATGTGTGCAGAGAT