seq1 = pF1KB4329.tfa, 2811 bp
seq2 = pF1KB4329/gi568815581f_35498286.tfa (gi568815581f:35498286_35823696), 325411 bp

>pF1KB4329 2811
>gi568815581f:35498286_35823696 (Chr17)

1-37  (95746-95782)   100% ->
38-143  (99945-100050)   100% ->
144-279  (107420-107555)   100% ->
280-525  (109857-110102)   100% ->
526-716  (126112-126302)   100% ->
717-938  (128336-128557)   100% ->
939-1059  (129100-129220)   100% ->
1060-1155  (129346-129441)   100% ->
1156-1271  (138056-138171)   100% ->
1272-1437  (141310-141475)   100% ->
1438-1536  (143592-143690)   100% ->
1537-1796  (152245-152504)   100% ->
1797-1989  (159314-159506)   100% ->
1990-2136  (173469-173615)   99% ->
2137-2282  (175891-176036)   100% ->
2283-2412  (184410-184539)   100% ->
2413-2497  (210939-211023)   100% ->
2498-2584  (211949-212035)   100% ->
2585-2739  (218910-219064)   100% ->
2740-2811  (225340-225411)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTGACTCCAAGTATTTCACAACCAATAAAAAAG         GAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
  95746 ATGACTGACTCCAAGTATTTCACAACCAATAAAAAAGGTA...CAGGAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AATATTTGAACTAAAAGCTGAACTCAACAATGAAAAGAAAGAAAAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99949 AATATTTGAACTAAAAGCTGAACTCAACAATGAAAAGAAAGAAAAGAGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGAGGCTGTGAAGAAAGTGATTGCTGCTATGACCGTGGGGAAGGATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99999 AGGAGGCTGTGAAGAAAGTGATTGCTGCTATGACCGTGGGGAAGGATGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AG         TTCTCTCTTTCCAGACGTAGTGAACTGTATGCAGACTGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 AGGTA...CAGTTCTCTCTTTCCAGACGTAGTGAACTGTATGCAGACTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAATCTGGAACTAAAGAAGCTTGTGTATCTCTACTTGATGAACTACGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107459 CAATCTGGAACTAAAGAAGCTTGTGTATCTCTACTTGATGAACTACGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGAGTCAGCCAGACATGGCCATCATGGCTGTAAACAGCTTTGTGAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 107509 AGAGTCAGCCAGACATGGCCATCATGGCTGTAAACAGCTTTGTGAAGGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    280       GACTGTGAAGATCCTAATCCTTTGATTCGAGCCTTGGCAGTCAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107559 ...CAGGACTGTGAAGATCCTAATCCTTTGATTCGAGCCTTGGCAGTCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AACCATGGGGTGCATCCGGGTAGACAAAATTACAGAATATCTCTGTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109901 AACCATGGGGTGCATCCGGGTAGACAAAATTACAGAATATCTCTGTGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CGCTCCGCAAGTGCTTGAAGGATGAGGATCCCTATGTTCGGAAAACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109951 CGCTCCGCAAGTGCTTGAAGGATGAGGATCCCTATGTTCGGAAAACAGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCAGTCTGCGTGGCAAAACTCCATGATATCAATGCCCAAATGGTGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110001 GCAGTCTGCGTGGCAAAACTCCATGATATCAATGCCCAAATGGTGGAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCAGGGATTTCTGGATTCTCTACGGGATCTCATAGCAGATTCAAATCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110051 TCAGGGATTTCTGGATTCTCTACGGGATCTCATAGCAGATTCAAATCCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TG         GTGGTGGCTAATGCCGTAGCGGCATTATCTGAAATCAGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110101 TGGTA...CAGGTGGTGGCTAATGCCGTAGCGGCATTATCTGAAATCAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGTCTCACCCAAACAGCAACTTACTTGATCTGAACCCACAGAACATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126151 GAGTCTCACCCAAACAGCAACTTACTTGATCTGAACCCACAGAACATTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TAAGCTGCTGACAGCCCTGAATGAATGCACTGAATGGGGCCAGATTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126201 TAAGCTGCTGACAGCCCTGAATGAATGCACTGAATGGGGCCAGATTTTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCCTGGACTGCCTGTCTAATTACAACCCTAAAGATGATCGGGAGGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126251 TCCTGGACTGCCTGTCTAATTACAACCCTAAAGATGATCGGGAGGCTCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AG         CATCTGTGAGCGGGTAACTCCCCGGCTATCCCATGCCAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126301 AGGTC...CAGCATCTGTGAGCGGGTAACTCCCCGGCTATCCCATGCCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTCAGCAGTGGTGCTTTCAGCGGTAAAAGTCCTAATGAAGTTTCTAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128375 CTCAGCAGTGGTGCTTTCAGCGGTAAAAGTCCTAATGAAGTTTCTAGAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGTTACCTAAGGATTCTGACTACTACAATATGCTGCTGAAGAAGTTAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128425 TGTTACCTAAGGATTCTGACTACTACAATATGCTGCTGAAGAAGTTAGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CCTCCACTTGTCACTTTGCTGTCTGGGGAGCCAGAAGTGCAGTATGTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128475 CCTCCACTTGTCACTTTGCTGTCTGGGGAGCCAGAAGTGCAGTATGTCGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CCTGAGGAACATCAACTTAATTGTCCAGAAAAG         GCCTGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 128525 CCTGAGGAACATCAACTTAATTGTCCAGAAAAGGTT...TAGGCCTGAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCTTGAAGCAGGAAATCAAAGTCTTCTTTGTGAAGTACAATGATCCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129108 TCTTGAAGCAGGAAATCAAAGTCTTCTTTGTGAAGTACAATGATCCCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TATGTTAAACTAGAGAAGTTGGACATCATGATTCGTTTGGCATCTCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129158 TATGTTAAACTAGAGAAGTTGGACATCATGATTCGTTTGGCATCTCAAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CAACATTGCTCAG         GTTCTGGCAGAACTGAAAGAATATGCTA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 129208 CAACATTGCTCAGGTC...CAGGTTCTGGCAGAACTGAAAGAATATGCTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CAGAGGTGGATGTTGACTTTGTTCGAAAAGCTGTGCGGGCCATTGGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129374 CAGAGGTGGATGTTGACTTTGTTCGAAAAGCTGTGCGGGCCATTGGACGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TGTGCCATCAAGGTGGAG         CAATCTGCAGAGCGCTGTGTAAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 129424 TGTGCCATCAAGGTGGAGGCA...CAGCAATCTGCAGAGCGCTGTGTAAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CACATTGCTTGATCTAATCCAGACCAAAGTGAATTATGTGGTCCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138079 CACATTGCTTGATCTAATCCAGACCAAAGTGAATTATGTGGTCCAAGAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CAATTGTTGTCATCAGGGACATCTTCCGCAAATACCCCAACAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 138129 CAATTGTTGTCATCAGGGACATCTTCCGCAAATACCCCAACAAGTA...C

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1272   GTATGAAAGTATCATCGCCACTCTGTGTGAGAACTTAGACTCGCTGGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141308 AGGTATGAAAGTATCATCGCCACTCTGTGTGAGAACTTAGACTCGCTGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TGAGCCAGATGCTCGAGCAGCTATGATTTGGATTGTGGGAGAATATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141358 TGAGCCAGATGCTCGAGCAGCTATGATTTGGATTGTGGGAGAATATGCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AAAGAATTGACAATGCAGATGAGTTACTAGAAAGCTTCCTGGAGGGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141408 AAAGAATTGACAATGCAGATGAGTTACTAGAAAGCTTCCTGGAGGGTTTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CACGATGAAAGCACCCAG         GTGCAGCTCACTCTGCTTACTGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 141458 CACGATGAAAGCACCCAGGTA...TAGGTGCAGCTCACTCTGCTTACTGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CATAGTGAAGCTGTTTCTCAAGAAACCATCAGAAACACAGGAGCTAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143615 CATAGTGAAGCTGTTTCTCAAGAAACCATCAGAAACACAGGAGCTAGTCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 AGCAGGTCTTGAGTTTGGCAACACAG         GATTCTGATAATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 143665 AGCAGGTCTTGAGTTTGGCAACACAGGTA...TAGGATTCTGATAATCCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GACCTTCGAGACCGGGGCTATATTTATTGGCGCCTTCTCTCAACTGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152260 GACCTTCGAGACCGGGGCTATATTTATTGGCGCCTTCTCTCAACTGACCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 TGTTACAGCTAAAGAAGTAGTCTTGTCTGAGAAGCCACTGATCTCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152310 TGTTACAGCTAAAGAAGTAGTCTTGTCTGAGAAGCCACTGATCTCTGAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 AGACGGACCTTATTGAGCCAACTCTGCTGGATGAGCTAATCTGCCACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152360 AGACGGACCTTATTGAGCCAACTCTGCTGGATGAGCTAATCTGCCACATT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 GGTTCTTTGGCCTCTGTGTATCATAAGCCTCCCAATGCTTTTGTGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152410 GGTTCTTTGGCCTCTGTGTATCATAAGCCTCCCAATGCTTTTGTGGAAGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 AAGTCATGGAATTCATCGTAAACACTTGCCAATTCATCATGGGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 152460 AAGTCATGGAATTCATCGTAAACACTTGCCAATTCATCATGGGAGGTA..

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1797     CACTGATGCAGGTGACAGCCCTGTTGGCACTACCACTGCAACGAAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152510 .TAGCACTGATGCAGGTGACAGCCCTGTTGGCACTACCACTGCAACGAAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 CTGGAACAGCCTCAGGTTATCCCCTCTCAAGGTGATCTTCTAGGGGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159360 CTGGAACAGCCTCAGGTTATCCCCTCTCAAGGTGATCTTCTAGGGGATCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 TTTAAACCTTGACCTCGGTCCCCCAGTCAATGTGCCACAGGTGTCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159410 TTTAAACCTTGACCTCGGTCCCCCAGTCAATGTGCCACAGGTGTCCTCCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 TGCAGATGGGAGCAGTGGATCTCCTAGGAGGAGGACTAGATAGTCTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 159460 TGCAGATGGGAGCAGTGGATCTCCTAGGAGGAGGACTAGATAGTCTGGTA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1990       GTGGGACAATCCTTCATCCCATCATCGGTCCCTGCAACCTTTGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 159510 ...CAGGTGGGACAATCCTTCATCCCATCATCGGTGCCTGCAACCTTTGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 TCCTTCACCTACACCTGCTGTGGTCAGCAGTGGACTGAATGACCTGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173513 TCCTTCACCTACACCTGCTGTGGTCAGCAGTGGACTGAATGACCTGTTTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 AACTCTCCACAGGGATAGGCATGGCACCTGGTGGATATGTGGCTCCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173563 AACTCTCCACAGGGATAGGCATGGCACCTGGTGGATATGTGGCTCCTAAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 GCT         GTCTGGCTACCTGCAGTAAAGGCTAAAGGCTTGGAGAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173613 GCTGTA...CAGGTCTGGCTACCTGCAGTAAAGGCTAAAGGCTTGGAGAT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 TTCCGGAACATTTACTCACCGCCAAGGGCACATCTATATGGAAATGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175929 TTCCGGAACATTTACTCACCGCCAAGGGCACATCTATATGGAAATGAACT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 TCACCAATAAAGCTCTGCAGCACATGACAGATTTTGCAATCCAGTTTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175979 TCACCAATAAAGCTCTGCAGCACATGACAGATTTTGCAATCCAGTTTAAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2275 AAAAATAG         CTTTGGTGTCATCCCCAGCACTCCTCTGGCCAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 176029 AAAAATAGGTA...TAGCTTTGGTGTCATCCCCAGCACTCCTCTGGCCAT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 CCATACACCACTGATGCCAAACCAGAGCATTGATGTCTCCCTGCCTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184443 CCATACACCACTGATGCCAAACCAGAGCATTGATGTCTCCCTGCCTCTCA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2366 ATACCTTGGGCCCAGTCATGAAGATGGAACCTCTGAATAACCTCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 184493 ATACCTTGGGCCCAGTCATGAAGATGGAACCTCTGAATAACCTCCAGGTC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2413       GTGGCTGTGAAAAACAATATCGATGTCTTCTACTTCAGCTGCCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184543 ...CAGGTGGCTGTGAAAAACAATATCGATGTCTTCTACTTCAGCTGCCT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2457 CATCCCACTCAATGTGCTTTTTGTAGAAGATGGCAAAATGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 210983 CATCCCACTCAATGTGCTTTTTGTAGAAGATGGCAAAATGGGTA...CAG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2498 AGCGCCAGGTCTTCCTTGCAACATGGAAGGATATTCCCAATGAAAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211949 AGCGCCAGGTCTTCCTTGCAACATGGAAGGATATTCCCAATGAAAATGAA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2548 CTTCAGTTTCAGATTAAGGAATGTCATTTAAATGCTG         ACAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 211999 CTTCAGTTTCAGATTAAGGAATGTCATTTAAATGCTGGTG...TAGACAC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2589 TGTTTCCAGCAAGTTGCAAAACAACAATGTTTATACTATTGCCAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218914 TGTTTCCAGCAAGTTGCAAAACAACAATGTTTATACTATTGCCAAGAGGA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2639 ATGTGGAAGGGCAGGACATGCTGTACCAATCCCTGAAGCTCACTAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218964 ATGTGGAAGGGCAGGACATGCTGTACCAATCCCTGAAGCTCACTAATGGC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2689 ATTTGGATTTTGGCCGAACTACGTATCCAGCCAGGAAACCCCAATTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219014 ATTTGGATTTTGGCCGAACTACGTATCCAGCCAGGAAACCCCAATTACAC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2739 G         CTGTCACTGAAGTGTAGAGCTCCTGAAGTCTCTCAATACA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219064 GGTA...CAGCTGTCACTGAAGTGTAGAGCTCCTGAAGTCTCTCAATACA

   2950     .    :    .    :    .    :
   2780 TCTATCAGGTCTACGACAGCATTTTGAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 225380 TCTATCAGGTCTACGACAGCATTTTGAAAAAC