seq1 = pF1KB4325.tfa, 1308 bp
seq2 = pF1KB4325/gi568815577f_42904382.tfa (gi568815577f:42904382_43130098), 225717 bp

>pF1KB4325 1308
>gi568815577f:42904382_43130098 (Chr21)

1-51  (100001-100051)   100% ->
52-179  (103110-103237)   100% ->
180-351  (105672-105843)   100% ->
352-522  (108687-108857)   100% ->
523-622  (112527-112626)   100% ->
623-720  (113752-113849)   100% ->
721-849  (116922-117050)   100% ->
850-926  (120490-120566)   100% ->
927-1099  (124321-124493)   100% ->
1100-1308  (125509-125717)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGGCTACACAGACATTAAGTATAGACAGCTATCAAGATGGGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGGCTACACAGACATTAAGTATAGACAGCTATCAAGATGGGCAACA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 G         ATGCAAGTAGTAACAGAGTTAAAGACAGAACAAGATCCAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTG...CAGATGCAAGTAGTAACAGAGTTAAAGACAGAACAAGATCCAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACTGCTCTGAACCCGATGCAGAAGGAGTGAGCCCTCCCCCTGTGGAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103150 ACTGCTCTGAACCCGATGCAGAAGGAGTGAGCCCTCCCCCTGTGGAGTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGACCCCGATGGATGTGGACAAGCAGGCCATTTATAG         GCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 103200 CAGACCCCGATGGATGTGGACAAGCAGGCCATTTATAGGTA...CAGGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCCACTATTTCCATTATTAGCTTTGTTGTTTGAAAAATGTGAACAATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105675 TCCACTATTTCCATTATTAGCTTTGTTGTTTGAAAAATGTGAACAATCTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CACAGGGCTCTGAAGGCACAACTTCTGCCAGTTTTGATGTAGACATCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105725 CACAGGGCTCTGAAGGCACAACTTCTGCCAGTTTTGATGTAGACATCGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AATTTTGTAAGAAAGCAAGAGAAGGAAGGGAAACCTTTCTTTTGTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105775 AATTTTGTAAGAAAGCAAGAGAAGGAAGGGAAACCTTTCTTTTGTGAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCCAGAAACTGATAATTTA         ATGGTAAAAGCAATCCAGGTTT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 105825 TCCAGAAACTGATAATTTAGTA...TAGATGGTAAAAGCAATCCAGGTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGCGCATTCATCTTCTTGAGCTGGAAAAGGTTAACGAACTCTGCAAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108709 TGCGCATTCATCTTCTTGAGCTGGAAAAGGTTAACGAACTCTGCAAAGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTCTGCAGTCGATACATTGCTTGTCTGAAAACAAAAATGAACAGTGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108759 TTCTGCAGTCGATACATTGCTTGTCTGAAAACAAAAATGAACAGTGAAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCTGTTGAGTGGAGAGCCTGGAAGCCCGTACTCACCAGTGCAGTCCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 108809 TCTGTTGAGTGGAGAGCCTGGAAGCCCGTACTCACCAGTGCAGTCCCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    523         CAGATTCAAAGTGCCATCACAGGCACCATCAGCCCTCAGGGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108859 TA...CAGCAGATTCAAAGTGCCATCACAGGCACCATCAGCCCTCAGGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATTGTGGTGCCGGCGTCCGCGCTGCAGCAGGGAAACGTAGCCATGGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112569 ATTGTGGTGCCGGCGTCCGCGCTGCAGCAGGGAAACGTAGCCATGGCGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGTGGCAG         GTGGCACAGTGTATCAGCCTGTCACGGTCGTCA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 112619 GGTGGCAGGTA...GAGGTGGCACAGTGTATCAGCCTGTCACGGTCGTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTCCCCAAGGCCAAGTGGTCACACAGACATTGTCGCCTGGGACAATTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113785 CTCCCCAAGGCCAAGTGGTCACACAGACATTGTCGCCTGGGACAATTAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATCCAGAACTCCCAG         CTTCAGTTACAGTTAAACCAAGATCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 113835 ATCCAGAACTCCCAGGTG...AAGCTTCAGTTACAGTTAAACCAAGATCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CAGCATCTTGCATCAAGATGATGGTTCATCTAAGAACAAGAGGGGCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116948 CAGCATCTTGCATCAAGATGATGGTTCATCTAAGAACAAGAGGGGCGTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGCCAAAGCATGCCACGAACGTGATGCGGTCCTGGCTCTTCCAGCACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116998 TGCCAAAGCATGCCACGAACGTGATGCGGTCCTGGCTCTTCCAGCACATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GGG         CATCCCTACCCAACAGAGGATGAGAAAAAACAGATTGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117048 GGGGTA...CAGCATCCCTACCCAACAGAGGATGAGAAAAAACAGATTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGCTCAGACAAATTTGACACTACTCCAAGTCAACAACTG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 120528 TGCTCAGACAAATTTGACACTACTCCAAGTCAACAACTGGTA...CAGGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TCATCAATGCCAGAAGACGAATTCTTCAGCCAATGTTGGATTCAAGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124323 TCATCAATGCCAGAAGACGAATTCTTCAGCCAATGTTGGATTCAAGTTGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TCAGAGACCCCCAAAACAAAGAAAAAAACTGCTCAGAACCGGCCAGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124373 TCAGAGACCCCCAAAACAAAGAAAAAAACTGCTCAGAACCGGCCAGTTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GAGGTTTTGGCCTGATTCTATTGCATCAGGAGTCGCACAGCCACCGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124423 GAGGTTTTGGCCTGATTCTATTGCATCAGGAGTCGCACAGCCACCGCCGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GCGAGCTCACCATGTCGGAAG         GAGCTGTTGTCACCATCACC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 124473 GCGAGCTCACCATGTCGGAAGGTA...CAGGAGCTGTTGTCACCATCACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ACGCCCGTGAACATGAACGTGGACAGCCTTCAGTCTCTGTCCTCGGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125529 ACGCCCGTGAACATGAACGTGGACAGCCTTCAGTCTCTGTCCTCGGACGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GGCCACCCTGGCGGTGCAGCAGGTCATGATGGCAGGGCAGAGCGAGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125579 GGCCACCCTGGCGGTGCAGCAGGTCATGATGGCAGGGCAGAGCGAGGACG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGTCTGTGGACAGCACAGAGGAGGATGCGGGTGCCCTGGCCCCTGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125629 AGTCTGTGGACAGCACAGAGGAGGATGCGGGTGCCCTGGCCCCTGCCCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .
   1270 ATCAGCGGGCTGGTCTTGGAGAACAGTGACTCCCTGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125679 ATCAGCGGGCTGGTCTTGGAGAACAGTGACTCCCTGCAG