seq1 = pF1KB4321.tfa, 3012 bp
seq2 = pF1KB4321/gi568815594r_65231972.tfa (gi568815594r:65231972_65769676), 537705 bp

>pF1KB4321 3012
>gi568815594r:65231972_65769676 (Chr4)

(complement)

1-181  (99935-100115)   99% ->
182-246  (126250-126314)   100% ->
247-910  (167373-168036)   100% ->
911-1066  (274134-274289)   100% ->
1067-1402  (278965-279300)   100% ->
1403-1527  (349112-349236)   100% ->
1528-1687  (355234-355393)   100% ->
1688-1793  (365198-365303)   100% ->
1794-1859  (392614-392679)   100% ->
1860-1927  (402253-402320)   100% ->
1928-2053  (403620-403745)   100% ->
2054-2239  (404475-404660)   100% ->
2240-2301  (416574-416635)   100% ->
2302-2511  (418079-418288)   100% ->
2512-2661  (421474-421623)   100% ->
2662-2855  (433552-433745)   100% ->
2856-3012  (437549-437705)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGGGCTCGGGGCCCCGGGGTGCGGGACGCCGGCGGCCCCCAAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99935 ATGCGGGGCTCGGGGCCCCGGGGTGCGGGACGCCGGCGGCCCCCAAGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCGGCGACACCCCCATCACCCCAGCGTCCCTGGCCGGCTGCTACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99985 CGGCGGCGACACCCCCATCACCCCAGCGTCCCTGGCCGGCTGCTACTCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CACCTCGACGGGCTCCCCTCTGGACGTGCCTTCTCCTGTGCGCCGCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100035 CACCTCGACGGGCTCCCCTCTGGACGTGCCTTCTCCTGTGCGCCGCACTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGGACCCTCCTGGCCAGCCCCAGCAATGAAG         TGAATTTATT
        |||||||||||||||||||||||||| ||||>>>...>>>||||||||||
 100085 CGGACCCTCCTGGCCAGCCCCAGCAACGAAGGTA...CAGTGAATTTATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGATTCACGCACTGTCATGGGGGACCTGGGATGGATTGCTTTTCCAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126260 GGATTCACGCACTGTCATGGGGGACCTGGGATGGATTGCTTTTCCAAAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGGG         TGGGAAGAGATTGGTGAAGTGGATGAAAATTATGCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126310 ATGGGGTA...CAGTGGGAAGAGATTGGTGAAGTGGATGAAAATTATGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCTATCCACACATACCAAGTATGCAAAGTGATGGAACAGAATCAGAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167409 CCTATCCACACATACCAAGTATGCAAAGTGATGGAACAGAATCAGAATAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTGGCTTTTGACCAGTTGGATCTCCAATGAAGGTGCTTCCAGAATCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167459 CTGGCTTTTGACCAGTTGGATCTCCAATGAAGGTGCTTCCAGAATCTTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TAGAACTCAAATTTACCCTGCGGGACTGCAACAGCCTTCCTGGAGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167509 TAGAACTCAAATTTACCCTGCGGGACTGCAACAGCCTTCCTGGAGGACTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGGACCTGTAAGGAAACCTTTAATATGTATTACTTTGAGTCAGATGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167559 GGGACCTGTAAGGAAACCTTTAATATGTATTACTTTGAGTCAGATGATCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GAATGGGAGAAACATCAAGGAAAACCAATACATCAAAATTGATACCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167609 GAATGGGAGAAACATCAAGGAAAACCAATACATCAAAATTGATACCATTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTGCCGATGAAAGCTTTACAGAACTTGATCTTGGTGACCGTGTTATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167659 CTGCCGATGAAAGCTTTACAGAACTTGATCTTGGTGACCGTGTTATGAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTGAATACAGAGGTCAGAGATGTAGGACCTCTAAGCAAAAAGGGATTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167709 CTGAATACAGAGGTCAGAGATGTAGGACCTCTAAGCAAAAAGGGATTTTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TCTTGCTTTTCAAGATGTTGGTGCTTGCATTGCTCTGGTTTCTGTGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167759 TCTTGCTTTTCAAGATGTTGGTGCTTGCATTGCTCTGGTTTCTGTGCGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TATACTATAAAAAATGCCCTTCTGTGGTACGACACTTGGCTGTCTTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167809 TATACTATAAAAAATGCCCTTCTGTGGTACGACACTTGGCTGTCTTCCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GACACCATCACTGGAGCTGATTCTTCCCAATTGCTCGAAGTGTCAGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167859 GACACCATCACTGGAGCTGATTCTTCCCAATTGCTCGAAGTGTCAGGCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CTGTGTCAACCATTCTGTGACCGATGAACCTCCCAAAATGCACTGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167909 CTGTGTCAACCATTCTGTGACCGATGAACCTCCCAAAATGCACTGCAGCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CCGAAGGGGAGTGGCTGGTGCCCATCGGGAAATGCATGTGCAAGGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167959 CCGAAGGGGAGTGGCTGGTGCCCATCGGGAAATGCATGTGCAAGGCAGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TATGAAGAGAAAAATGGCACCTGTCAAG         TGTGCAGACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 168009 TATGAAGAGAAAAATGGCACCTGTCAAGGTA...CAGTGTGCAGACCTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GTTCTTCAAAGCCTCACCTCACATCCAGAGCTGCGGCAAATGTCCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 274147 GTTCTTCAAAGCCTCACCTCACATCCAGAGCTGCGGCAAATGTCCACCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 ACAGTTATACCCATGAGGAAGCTTCAACCTCTTGTGTCTGTGAAAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 274197 ACAGTTATACCCATGAGGAAGCTTCAACCTCTTGTGTCTGTGAAAAGGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 TATTTCAGGAGAGAGTCTGATCCACCCACAATGGCATGCACAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 274247 TATTTCAGGAGAGAGTCTGATCCACCCACAATGGCATGCACAAGTA...C

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1067   GACCCCCCTCTGCTCCTCGGAATGCCATCTCAAATGTTAATGAAACTA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278963 AGGACCCCCCTCTGCTCCTCGGAATGCCATCTCAAATGTTAATGAAACTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 GTGTCTTTCTGGAATGGATTCCGCCTGCTGACACTGGTGGAAGGAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 279013 GTGTCTTTCTGGAATGGATTCCGCCTGCTGACACTGGTGGAAGGAAAGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GTGTCATATTATATTGCATGCAAGAAGTGCAACTCCCATGCAGGTGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 279063 GTGTCATATTATATTGCATGCAAGAAGTGCAACTCCCATGCAGGTGTGTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 TGAGGAGTGTGGCGGTCATGTCAGGTACCTTCCCCGGCAAAGCGGCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 279113 TGAGGAGTGTGGCGGTCATGTCAGGTACCTTCCCCGGCAAAGCGGCCTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 AAAACACCTCTGTCATGATGGTGGATCTACTCGCTCACACAAACTATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 279163 AAAACACCTCTGTCATGATGGTGGATCTACTCGCTCACACAAACTATACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 TTTGAGATTGAGGCAGTGAATGGAGTGTCCGACTTGAGCCCAGGAGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 279213 TTTGAGATTGAGGCAGTGAATGGAGTGTCCGACTTGAGCCCAGGAGCCCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 GCAGTATGTGTCTGTAAATGTAACCACAAATCAAGCAG         CTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 279263 GCAGTATGTGTCTGTAAATGTAACCACAAATCAAGCAGGTA...CAGCTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 CATCTCCAGTCACCAATGTGAAAAAAGGGAAAATTGCAAAAAACAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 349115 CATCTCCAGTCACCAATGTGAAAAAAGGGAAAATTGCAAAAAACAGCATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 TCTTTGTCTTGGCAAGAACCAGATCGTCCCAATGGAATCATCCTAGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 349165 TCTTTGTCTTGGCAAGAACCAGATCGTCCCAATGGAATCATCCTAGAGTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 TGAAATCAAGTATTTTGAAAAG         GACCAAGAGACCAGCTACA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 349215 TGAAATCAAGTATTTTGAAAAGGTA...AAGGACCAAGAGACCAGCTACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 CGATTATCAAATCTAAAGAGACAACTATTACTGCAGAGGGCTTGAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 355253 CGATTATCAAATCTAAAGAGACAACTATTACTGCAGAGGGCTTGAAACCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 GCTTCAGTTTATGTCTTCCAAATTCGAGCACGTACAGCAGCAGGCTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 355303 GCTTCAGTTTATGTCTTCCAAATTCGAGCACGTACAGCAGCAGGCTATGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 TGTCTTCAGTCGAAGATTTGAGTTTGAAACCACCCCAGTGT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 355353 TGTCTTCAGTCGAAGATTTGAGTTTGAAACCACCCCAGTGTGTA...CAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 CAGTTGCAGCATCCAGCGATCAAAGCCAGATTCCTGTAATTGCTGTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 365198 CAGTTGCAGCATCCAGCGATCAAAGCCAGATTCCTGTAATTGCTGTGTCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 GTGACAGTGGGAGTCATTTTGTTGGCAGTGGTTATCGGCGTCCTCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 365248 GTGACAGTGGGAGTCATTTTGTTGGCAGTGGTTATCGGCGTCCTCCTCAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 TGGAAG         TTGCTGCGAATGTGGCTGTGGGAGGGCTTCTTCCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 365298 TGGAAGGTA...CAGTTGCTGCGAATGTGGCTGTGGGAGGGCTTCTTCCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 TGTGCGCTGTTGCCCATCCAAGCCTAATATG         GCGGTGTGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 392649 TGTGCGCTGTTGCCCATCCAAGCCTAATATGGTT...CAGGCGGTGTGGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 TACAGCAAAGCAAAACAAGATCCAGAAGAGGAAAAGATGCATTTTCATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 402263 TACAGCAAAGCAAAACAAGATCCAGAAGAGGAAAAGATGCATTTTCATAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 TGGGCACA         TTAAACTGCCAGGAGTAAGAACTTACATTGATC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 402313 TGGGCACAGTA...CAGTTAAACTGCCAGGAGTAAGAACTTACATTGATC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 CACATACCTATGAGGATCCCAATCAAGCTGTCCACGAATTTGCTAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 403653 CACATACCTATGAGGATCCCAATCAAGCTGTCCACGAATTTGCTAAGGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 ATAGAAGCATCATGTATCACCATTGAGAGAGTTATTGGAGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 403703 ATAGAAGCATCATGTATCACCATTGAGAGAGTTATTGGAGCAGGTA...A

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2054   GTGAATTTGGTGAAGTTTGTAGTGGACGTTTGAAACTACCAGGAAAAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 404473 AGGTGAATTTGGTGAAGTTTGTAGTGGACGTTTGAAACTACCAGGAAAAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2102 GAGAATTACCTGTGGCTATCAAAACCCTTAAAGTAGGCTATACTGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 404523 GAGAATTACCTGTGGCTATCAAAACCCTTAAAGTAGGCTATACTGAAAAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2152 CAACGCAGAGATTTCCTAGGTGAAGCAAGTATCATGGGACAGTTTGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 404573 CAACGCAGAGATTTCCTAGGTGAAGCAAGTATCATGGGACAGTTTGATCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2202 TCCTAACATCATCCATTTAGAAGGTGTGGTGACCAAAA         GTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 404623 TCCTAACATCATCCATTTAGAAGGTGTGGTGACCAAAAGTA...CAGGTA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2243 AACCAGTGATGATCGTGACAGAGTATATGGAGAATGGCTCTTTAGATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 416577 AACCAGTGATGATCGTGACAGAGTATATGGAGAATGGCTCTTTAGATACA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2293 TTTTTGAAG         AAAAACGATGGGCAGTTCACTGTGATTCAGCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 416627 TTTTTGAAGGTA...CAGAAAAACGATGGGCAGTTCACTGTGATTCAGCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2334 TGTTGGCATGCTGAGAGGTATCTCTGCAGGAATGAAGTACCTTTCTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 418111 TGTTGGCATGCTGAGAGGTATCTCTGCAGGAATGAAGTACCTTTCTGACA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2384 TGGGCTATGTGCATAGAGATCTTGCTGCCAGAAACATCTTAATCAACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 418161 TGGGCTATGTGCATAGAGATCTTGCTGCCAGAAACATCTTAATCAACAGT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2434 AACCTTGTGTGCAAAGTGTCTGACTTTGGACTTTCCCGGGTACTGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 418211 AACCTTGTGTGCAAAGTGTCTGACTTTGGACTTTCCCGGGTACTGGAAGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2484 TGATCCCGAGGCAGCCTACACCACAAGG         GGAGGAAAAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 418261 TGATCCCGAGGCAGCCTACACCACAAGGGTA...TAGGGAGGAAAAATTC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2525 CAATCAGATGGACTGCCCCAGAAGCAATAGCTTTCCGAAAGTTTACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 421487 CAATCAGATGGACTGCCCCAGAAGCAATAGCTTTCCGAAAGTTTACTTCT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2575 GCCAGTGATGTCTGGAGTTATGGAATAGTAATGTGGGAAGTTGTGTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 421537 GCCAGTGATGTCTGGAGTTATGGAATAGTAATGTGGGAAGTTGTGTCTTA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2625 TGGAGAGAGACCCTACTGGGAGATGACCAATCAAGAT         GTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 421587 TGGAGAGAGACCCTACTGGGAGATGACCAATCAAGATGTG...CAGGTGA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2666 TTAAAGCGGTAGAGGAAGGCTATCGTCTGCCAAGCCCCATGGATTGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 433556 TTAAAGCGGTAGAGGAAGGCTATCGTCTGCCAAGCCCCATGGATTGTCCT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2716 GCTGCTCTCTATCAGTTAATGCTGGATTGCTGGCAGAAAGAGCGAAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 433606 GCTGCTCTCTATCAGTTAATGCTGGATTGCTGGCAGAAAGAGCGAAATAG

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2766 CAGGCCCAAGTTTGATGAAATAGTCAACATGTTGGACAAGCTGATACGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 433656 CAGGCCCAAGTTTGATGAAATAGTCAACATGTTGGACAAGCTGATACGTA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2816 ACCCAAGTAGTCTGAAGACGCTGGTTAATGCATCCTGCAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 433706 ACCCAAGTAGTCTGAAGACGCTGGTTAATGCATCCTGCAGGTA...TAGA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2857 GTATCTAATTTATTGGCAGAACATAGCCCACTAGGATCTGGAGCCTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 437550 GTATCTAATTTATTGGCAGAACATAGCCCACTAGGATCTGGGGCCTACAG

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2907 ATCAGTAGGTGAATGGCTAGAGGCAATCAAGATGGGCCGGTATACAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 437600 ATCAGTAGGTGAATGGCTAGAGGCAATCAAGATGGGCCGGTATACAGAGA

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2957 TTTTCATGGAAAATGGATACAGTTCAATGGACGCTGTGGCTCAGGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 437650 TTTTCATGGAAAATGGATACAGTTCAATGGACGCTGTGGCTCAGGTGACC

   3150     .
   3007 TTGGAG
        ||||||
 437700 TTGGAG