seq1 = pF1KB4278.tfa, 1032 bp
seq2 = pF1KB4278/gi568815594f_77058533.tfa (gi568815594f:77058533_77265921), 207389 bp

>pF1KB4278 1032
>gi568815594f:77058533_77265921 (Chr4)

1-138  (100001-100138)   100% ->
139-276  (100835-100972)   100% ->
277-527  (102189-102439)   100% ->
528-606  (102948-103026)   100% ->
607-705  (103117-103215)   100% ->
706-911  (105742-105947)   100% ->
912-1032  (107269-107389)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGGATTTGGGGGCAGAGCACTTGGCAGGTCATGAAGGGGTCCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGGATTTGGGGGCAGAGCACTTGGCAGGTCATGAAGGGGTCCAACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTCGGGTTGTTGAACGTCTACCTGGAACAAGAAGAGAGATTCCAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTCGGGTTGTTGAACGTCTACCTGGAACAAGAAGAGAGATTCCAACCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAGAAAAAGGGCTGAGTTTGATTGAGGCTACCCCGGAG         AAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100101 GAGAAAAAGGGCTGAGTTTGATTGAGGCTACCCCGGAGGTA...CAGAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATAACACTTTGTGTCCAGGATTGAGAAATGCCAAAGTTGAAGATTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100838 GATAACACTTTGTGTCCAGGATTGAGAAATGCCAAAGTTGAAGATTTAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGTTTAGCCAACTTTTTTGGATCTTGCACTGAAACTTTTGTCCTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100888 GAGTTTAGCCAACTTTTTTGGATCTTGCACTGAAACTTTTGTCCTGGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCAATATTTTGGACAGGTTCTTGGCTCTTATGAAG         GTGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100938 TCAATATTTTGGACAGGTTCTTGGCTCTTATGAAGGTA...CAGGTGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCTAAACATTTGTCTTGCATTGGAGTCTGTTCTTTTTTGCTGGCTGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102195 CCTAAACATTTGTCTTGCATTGGAGTCTGTTCTTTTTTGCTGGCTGCTAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AATAGTTGAAGAAGACTGCAATATTCCATCCACTCATGATGTGATCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102245 AATAGTTGAAGAAGACTGCAATATTCCATCCACTCATGATGTGATCCGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTAGTCAGTGTAAATGTACTGCTTCTGACATAAAACGGATGGAAAAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102295 TTAGTCAGTGTAAATGTACTGCTTCTGACATAAAACGGATGGAAAAAATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATTTCAGAAAAATTGCACTATGAATTGGAAGCTACTACTGCCTTAAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102345 ATTTCAGAAAAATTGCACTATGAATTGGAAGCTACTACTGCCTTAAACTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TTTGCACTTATACCATACTATTATACTTTGTCATACTTCAGAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102395 TTTGCACTTATACCATACTATTATACTTTGTCATACTTCAGAAAGGTC..

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    528     GAAAGAAATACTGAGCCTTGATAAACTAGAAGCTCAGCTGAAAGCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102445 .TAGGAAAGAAATACTGAGCCTTGATAAACTAGAAGCTCAGCTGAAAGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TGCAACTGCCGACTCATCTTTTCAAAAGCAAAA         CCATCTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 102994 TGCAACTGCCGACTCATCTTTTCAAAAGCAAAAGTA...CAGCCATCTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ATTAGCCTTGTGCCTTCTCAATTTGGAAGTGGAAACTTTGAAATCTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103125 ATTAGCCTTGTGCCTTCTCAATTTGGAAGTGGAAACTTTGAAATCTGTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AATTACTGGAAATTCTCTTGCTAGTTAAAAAACATTCCAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 103175 AATTACTGGAAATTCTCTTGCTAGTTAAAAAACATTCCAAGGTA...CAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATTAATGACACTGAGTTCTTCTACTGGAGAGAGTTGGTTTCTAAATGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105742 ATTAATGACACTGAGTTCTTCTACTGGAGAGAGTTGGTTTCTAAATGCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGCCGAGTATTCTTCTCCTGAATGTTGCAAACCAGATCTTAAGAAGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105792 AGCCGAGTATTCTTCTCCTGAATGTTGCAAACCAGATCTTAAGAAGTTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TTTGGATCGTTTCAAGGCGCACAGCCCAGAACCTCCACAACAGCTACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105842 TTTGGATCGTTTCAAGGCGCACAGCCCAGAACCTCCACAACAGCTACTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AGTGTTCCTGAGCTGCCAACGATACCTGAGGGGGGTTGTTTTGATGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105892 AGTGTTCCTGAGCTGCCAACGATACCTGAGGGGGGTTGTTTTGATGAAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGAAAG         TGAGGACTCTTGTGAAGATATGAGTTGTGGAGAGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105942 TGAAAGGTA...TAGTGAGGACTCTTGTGAAGATATGAGTTGTGGAGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGAGTCTCAGCAGCTCTCCTCCCAGTGATCAAGAGTGCACCTTCTTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107304 AGAGTCTCAGCAGCTCTCCTCCCAGTGATCAAGAGTGCACCTTCTTTTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .
    997 AACTTCAAAGTGGCACAAACACTGTGCTTTCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107354 AACTTCAAAGTGGCACAAACACTGTGCTTTCCATCT