seq1 = pF1KB4277.tfa, 1275 bp
seq2 = pF1KB4277/gi568815593r_14697126.tfa (gi568815593r:14697126_14898400), 201275 bp

>pF1KB4277 1275
>gi568815593r:14697126_14898400 (Chr5)

(complement)

1-1275  (100001-101275)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGACAAGGAAGCAGCCTTCGACGACGCAGTGGAAGAACGAGTGAT
        ||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||| |||||||
 100001 ATGGCCGACAAGGAAGCAGCCTTTGACAACACAGTGGAAGAATGAGTGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAACGAGGAATACAAAATATGGAAAAAGAACACCCCTTTTCTTTATGATT
        |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 100051 CAACAAGGAATACAAAATATGGAAAAAGAACACCCCTTTTCTTTATAATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGTGATGACCCATGCTCTGGAGTGGCCCAGCCTAACTGCCCAGTGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGTGATGACCCATGCTCTGGAGTGGCCCAGCCTAACTGCCCAGTGGCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCAGATGTAACCAGACCAGAAGGGAAAGATTTCAGCATTCATCGACTTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 100151 CCAGATGTAACCAGACCAGAAGGGAAAGATTTCAGCCTTCATCGACTTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTGGGGACACACACATCGGATGAACAAAACCATCTTGTTATAGCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTGGGGACACACACATCGGATGAACAAAACCATCTTGTTATAGCCAGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCAGCTCCCTAATGATGATGCTCAGTTTGATGCGTCACACTACGACAGT
        ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| 
 100251 TGCAGCTGCCTGATGATGATGCTCAGTTTGATGCATCACACTACGACAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAGAAAGGAGAATTTGGAGGTTTTGGTTCAGTTAGTGGAAAAATTGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAGAAAGGAGAATTTGGAGGTTTTGGTTCAGTTAGTGGAAAAATTGAAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGAAATCAAGATCAACCATGAAGGAGAAGTAAACAGGGCCCGTTATATGC
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 100351 AGAAATCAAGATCAACCATGAAGGAAAAGTAAACAGGGCCCGTTATATGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCCAGAACCCTTGTATCATCGCAACAAAGACTCCTTCCAGTGATGTTCTT
        |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
 100401 CCCAGAACCCTTGTATCATCACAACAAAGACTCCTTCCAGTGATATTCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTCTTTGACTATACAAAACATCCTTCTAAACCAGATCCTTCTGGAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 100451 GTCTTTGACTATACAAAACATCCTTCTAAACCAGATCCTTCTGGAGAATG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAACCCAGACTTGCGTCTCCGTGGACATCAGAAGGAAGGCTATGGGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CAACCCAGACTTGCGTCTCCGTGGACATCAGAAGGAAGGCTATGGGCTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CTTGGAACCCAAATCTCAGTGGGCACTTACTTAGTGCTTCAGATGACCAT
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 100551 CTTGGAACCTAAATCTCAGTGGGCACTTACTTAGTGCTTCAGATGACCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ACCATCTGCCTGTGGGACATCAGTGCCGTTCCAAAGGAGGGAAAAGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ACCATCTGCCTGTGGGACATCAGTGCCGTTCCAAAGGAGGGAAAAGTGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGATGCGAAGACCATCTTTACAGGGCATACGGCAGTAGTAGAAGATGTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 100651 AGATGCGAAGACCATCTTTACAGGGCATACGGCAATAGTAGAAGATGTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCTGGCATCTACTCCATGAGTCTCTGTTTGGGTCAGTTGCTGATGATCAG
        ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCTGGCATCTACTCTGTGAGTCTCTGTTTGGGTCAGTTGCTGATGATCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AAACTTATGATTTGGGATACTCGTTCAAACAATACTTCCAAACCAAGCCA
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AAACTGATGATTTGGGATACTCGTTCAAACAATACTTCCAAACCAAGCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTCAGTTGATGCTCACACTGCTGAAGTGAACTGCCTTTCTTTCAATCCTT
        |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 100801 CTCAGTTGACACTCACACTGCTGAAGTGAACTGCCTTTCTTTCAGTCCTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATAGTGAGTTCATTCTTGCCACAGGATCAGCTGACAAGACTGTTGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATAGTGAGTTCATTCTTGCCACAGGATCAGCTGACAAGACTGTTGCCTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TGGGATCTGAGAAATCTGAAACTTAAGTTGCATTCCTTTGAGTCACATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TGGGATCTGAGAAATCTGAAACTTAAGTTGCATTCCTTTGAGTCACATAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GGATGAAATATTCCAGGTTCAGTGGTCACCTCACAATGAGACTATTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GGATGAAATATTCCAGGTTCAGTGGTCACCTCACAATGAGACTATTTTAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CTTCCAGTGGTACTGATCGCAGACTGAATGTCTGGGATTTAAGTAAAATT
        |||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||
 101001 CTTCCAGTGGTACTGATCACAGACCGAATGTCTAGGATTTAAGTAAAATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GGAGAGGAACAATCCCCAGAAGATGCAGAAGACGGGCCACCAGAGTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 101051 GGAGAGGAACAATCCCCAGAAGATGCAGAAGACAGGCCACCAGAGTTGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GTTTATTCATGGTGGTCATACTGCCAAGATATCTGATTTCTCCTGGAATC
        |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||
 101101 GTTTATTCATGGTGGTCACACTGCCAAGATACCTGATTTCTCCTGGAATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CCAATGAACCTTGGGTGATTTGTTCTGTATCAGAAGACAATATCATGCAA
        ||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
 101151 CCAGTGAACCTTGAGTGATGTGTTCTGTATCGGAAGACAATATCATGCAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GTGTGGCAAATGGCAGAGAACATTTATAATGATGAAGACCCTGAAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 GTGTGGCAAATGGCAGAGAACATTTATAATGATGAAGACCCTGAAGGAAG

   1250     .    :    .    :    .
   1251 CGTGGATCCAGAAGGACAAGGGTCC
        | |||||||||||||||||||||||
 101251 CATGGATCCAGAAGGACAAGGGTCC