seq1 = pF1KB4266.tfa, 1533 bp
seq2 = pF1KB4266/gi568815587f_17636003.tfa (gi568815587f:17636003_17872627), 236625 bp

>pF1KB4266 1533
>gi568815587f:17636003_17872627 (Chr11)

1-570  (100001-100570)   100% ->
571-1533  (135663-136625)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCCAAGGGGACGAGAGCGAGCGCATCGTGATCAACGTGGGCGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCCAAGGGGACGAGAGCGAGCGCATCGTGATCAACGTGGGCGGCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGCCACCAGACGTACCGCTCGACCCTGCGCACGCTGCCCGGCACGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGCCACCAGACGTACCGCTCGACCCTGCGCACGCTGCCCGGCACGCGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGCCTGGCTGGCGGAGCCCGACGCCCACAGCCACTTCGACTATGACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCGCCTGGCTGGCGGAGCCCGACGCCCACAGCCACTTCGACTATGACCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGTGCTGACGAGTTCTTCTTCGACCGCCACCCCGGCGTCTTCGCGCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGTGCTGACGAGTTCTTCTTCGACCGCCACCCCGGCGTCTTCGCGCACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTGAACTACTACCGCACGGGCAAGCTGCACTGCCCAGCCGACGTGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTGAACTACTACCGCACGGGCAAGCTGCACTGCCCAGCCGACGTGTGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGCCGCTCTACGAGGAGGAGCTGGCCTTCTGGGGCATCGACGAGACCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGCCGCTCTACGAGGAGGAGCTGGCCTTCTGGGGCATCGACGAGACCGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGGAGCCCTGCTGCTGGATGACGTACCGCCAGCACCGCGACGCCGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTGGAGCCCTGCTGCTGGATGACGTACCGCCAGCACCGCGACGCCGAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGCTCTGGACAGCTTCGGCGGCGCTCCTCTGGACAACAGCGCCGACGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGCTCTGGACAGCTTCGGCGGCGCTCCTCTGGACAACAGCGCCGACGACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CGGACGCCGACGGCCCTGGCGACTCGGGCGACGGCGAGGACGAGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CGGACGCCGACGGCCCTGGCGACTCGGGCGACGGCGAGGACGAGCTGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATGACCAAGCGCCTGGCGCTCAGTGACTCCCCGGATGGCCGGCCTGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATGACCAAGCGCCTGGCGCTCAGTGACTCCCCGGATGGCCGGCCTGGCGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTTTGGCGCCGCTGGCAGCCGCGCATCTGGGCGCTCTTCGAGGACCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTTTTGGCGCCGCTGGCAGCCGCGCATCTGGGCGCTCTTCGAGGACCCGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACTCGTCCCGCTACGCGCGG         TATGTGGCCTTCGCTTCCCTC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100551 ACTCGTCCCGCTACGCGCGGGTA...CAGTATGTGGCCTTCGCTTCCCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TTCTTCATCCTGGTCTCCATCACCACCTTCTGCCTGGAGACCCACGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135684 TTCTTCATCCTGGTCTCCATCACCACCTTCTGCCTGGAGACCCACGAGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CTTCAACCCCATCGTGAACAAGACGGAGATCGAGAACGTTCGCAATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135734 CTTCAACCCCATCGTGAACAAGACGGAGATCGAGAACGTTCGCAATGGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CGCAAGTGCGCTACTACCGGGAGGCCGAGACGGAGGCCTTCCTTACCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135784 CGCAAGTGCGCTACTACCGGGAGGCCGAGACGGAGGCCTTCCTTACCTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 ATCGAGGGCGTCTGTGTGGTCTGGTTCACCTTCGAGTTCCTCATGCGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135834 ATCGAGGGCGTCTGTGTGGTCTGGTTCACCTTCGAGTTCCTCATGCGTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CATCTTCTGCCCCAACAAGGTAGAGTTCATCAAGAACTCGCTCAACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135884 CATCTTCTGCCCCAACAAGGTAGAGTTCATCAAGAACTCGCTCAACATCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TTGACTTTGTGGCCATCCTGCCCTTCTACCTGGAGGTGGGGCTGAGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135934 TTGACTTTGTGGCCATCCTGCCCTTCTACCTGGAGGTGGGGCTGAGCGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CTGTCCTCCAAGGCAGCCAAGGACGTGCTGGGCTTCCTGCGCGTCGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135984 CTGTCCTCCAAGGCAGCCAAGGACGTGCTGGGCTTCCTGCGCGTCGTCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CTTCGTGCGCATCTTGCGCATCTTTAAGCTGACCCGCCACTTTGTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136034 CTTCGTGCGCATCTTGCGCATCTTTAAGCTGACCCGCCACTTTGTGGGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TGCGGGTCCTGGGCCACACGCTCCGAGCTAGCACCAACGAGTTCCTGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 136084 TGCGGGTCCTGGGCCACACGCTCCGAGCCAGCACCAACGAGTTCCTGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CTCATCATCTTCCTGGCCTTGGGCGTGCTGATCTTCGCCACCATGATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136134 CTCATCATCTTCCTGGCCTTGGGCGTGCTGATCTTCGCCACCATGATCTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CTACGCCGAGAGGATAGGGGCACAGCCCAATGACCCCAGCGCCAGTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136184 CTACGCCGAGAGGATAGGGGCACAGCCCAATGACCCCAGCGCCAGTGAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 ACACGCACTTTAAGAACATCCCCATCGGCTTCTGGTGGGCCGTGGTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136234 ACACGCACTTTAAGAACATCCCCATCGGCTTCTGGTGGGCCGTGGTCACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 ATGACGACCCTGGGCTATGGAGACATGTACCCGCAGACGTGGTCCGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136284 ATGACGACCCTGGGCTATGGAGACATGTACCCGCAGACGTGGTCCGGCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 GCTGGTGGGGGCTCTGTGTGCGCTGGCGGGCGTGCTCACCATCGCCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136334 GCTGGTGGGGGCTCTGTGTGCGCTGGCGGGCGTGCTCACCATCGCCATGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 CCGTGCCCGTCATCGTGAACAATTTCGGGATGTATTACTCCTTAGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136384 CCGTGCCCGTCATCGTGAACAATTTCGGGATGTATTACTCCTTAGCCATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 GCTAAGCAGAAACTACCAAAGAAAAAAAAGAAGCATATTCCGCGGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136434 GCTAAGCAGAAACTACCAAAGAAAAAAAAGAAGCATATTCCGCGGCCACC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 GCAGCTGGGATCTCCCAATTATTGTAAATCTGTCGTAAACTCTCCACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136484 GCAGCTGGGATCTCCCAATTATTGTAAATCTGTCGTAAACTCTCCACACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 ACAGTACTCAGAGTGACACATGTCCGCTGGCCCAGGAAGAAATTTTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136534 ACAGTACTCAGAGTGACACATGTCCGCTGGCCCAGGAAGAAATTTTAGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 ATTAACAGAGCAGGTAGGAAACCTCTTAGAGGCATGTCGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136584 ATTAACAGAGCAGGTAGGAAACCTCTTAGAGGCATGTCGATC