seq1 = pF1KB4249.tfa, 1086 bp
seq2 = pF1KB4249/gi568815596f_236480466.tfa (gi568815596f:236480466_236681551), 201086 bp

>pF1KB4249 1086
>gi568815596f:236480466_236681551 (Chr2)

1-1086  (100001-101086)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATCTGCATCTCTTCGACTACTCAGAGCCAGGGAACTTCTCGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATCTGCATCTCTTCGACTACTCAGAGCCAGGGAACTTCTCGGACAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCTGGCCATGCAACAGCAGCGACTGCATCGTGGTGGACACGGTGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCTGGCCATGCAACAGCAGCGACTGCATCGTGGTGGACACGGTGATGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTCCCAACATGCCCAACAAAAGCGTCCTGCTCTACACGCTCTCCTTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTCCCAACATGCCCAACAAAAGCGTCCTGCTCTACACGCTCTCCTTCATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TACATTTTCATCTTCGTCATCGGCATGATTGCCAACTCCGTGGTGGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TACATTTTCATCTTCGTCATCGGCATGATTGCCAACTCCGTGGTGGTCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGTGAATATCCAGGCCAAGACCACAGGCTATGACACGCACTGCTACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGTGAATATCCAGGCCAAGACCACAGGCTATGACACGCACTGCTACATCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGAACCTGGCCATTGCCGACCTGTGGGTTGTCCTCACCATCCCAGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGAACCTGGCCATTGCCGACCTGTGGGTTGTCCTCACCATCCCAGTCTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGGTCAGTCTCGTGCAGCACAACCAGTGGCCCATGGGCGAGCTCACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTGGTCAGTCTCGTGCAGCACAACCAGTGGCCCATGGGCGAGCTCACGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CAAAGTCACACACCTCATCTTCTCCATCAACCTCTTCGGCAGCATTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CAAAGTCACACACCTCATCTTCTCCATCAACCTCTTCGGCAGCATTTTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCCTCACGTGCATGAGCGTGGACCGCTACCTCTCCATCACCTACTTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCCTCACGTGCATGAGCGTGGACCGCTACCTCTCCATCACCTACTTCACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AACACCCCCAGCAGCAGGAAGAAGATGGTACGCCGTGTCGTCTGCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AACACCCCCAGCAGCAGGAAGAAGATGGTACGCCGTGTCGTCTGCATCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGTGTGGCTGCTGGCCTTCTGCGTGTCTCTGCCTGACACCTACTACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGTGTGGCTGCTGGCCTTCTGCGTGTCTCTGCCTGACACCTACTACCTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGACCGTCACGTCTGCGTCCAACAATGAGACCTACTGCCGGTCCTTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGACCGTCACGTCTGCGTCCAACAATGAGACCTACTGCCGGTCCTTCTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CCCGAGCACAGCATCAAGGAGTGGCTGATCGGCATGGAGCTGGTCTCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CCCGAGCACAGCATCAAGGAGTGGCTGATCGGCATGGAGCTGGTCTCCGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGTCTTGGGCTTTGCCGTTCCCTTCTCCATTATCGCTGTCTTCTACTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGTCTTGGGCTTTGCCGTTCCCTTCTCCATTATCGCTGTCTTCTACTTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGCTGGCCAGAGCCATCTCGGCGTCCAGTGACCAGGAGAAGCACAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGCTGGCCAGAGCCATCTCGGCGTCCAGTGACCAGGAGAAGCACAGCAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CGGAAGATCATCTTCTCCTACGTGGTGGTCTTCCTTGTCTGCTGGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CGGAAGATCATCTTCTCCTACGTGGTGGTCTTCCTTGTCTGCTGGCTGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTACCACGTGGCGGTGCTGCTGGACATCTTCTCCATCCTGCACTACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTACCACGTGGCGGTGCTGCTGGACATCTTCTCCATCCTGCACTACATCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CTTTCACCTGCCGGCTGGAGCACGCCCTCTTCACGGCCCTGCATGTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CTTTCACCTGCCGGCTGGAGCACGCCCTCTTCACGGCCCTGCATGTCACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CAGTGCCTGTCGCTGGTGCACTGCTGCGTCAACCCTGTCCTCTACAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CAGTGCCTGTCGCTGGTGCACTGCTGCGTCAACCCTGTCCTCTACAGCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CATCAATCGCAACTACAGGTACGAGCTGATGAAGGCCTTCATCTTCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CATCAATCGCAACTACAGGTACGAGCTGATGAAGGCCTTCATCTTCAAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ACTCGGCCAAAACAGGGCTCACCAAGCTCATCGATGCCTCCAGAGTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 ACTCGGCCAAAACAGGGCTCACCAAGCTCATCGATGCCTCCAGAGTCTCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .
   1051 GAGACGGAGTACTCTGCCTTGGAGCAGAGCACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GAGACGGAGTACTCTGCCTTGGAGCAGAGCACCAAA