seq1 = pF1KB4221.tfa, 1683 bp
seq2 = pF1KB4221/gi568815594f_2720618.tfa (gi568815594f:2720618_2933831), 213214 bp

>pF1KB4221 1683
>gi568815594f:2720618_2933831 (Chr4)

1-136  (100001-100136)   100% ->
137-239  (102318-102420)   100% ->
240-357  (103996-104113)   99% ->
358-428  (104509-104579)   100% ->
429-517  (106613-106701)   100% ->
518-586  (106989-107057)   100% ->
587-1241  (108876-109530)   99% ->
1242-1350  (110954-111062)   100% ->
1351-1406  (111306-111361)   100% ->
1407-1488  (111714-111795)   100% ->
1489-1548  (112373-112432)   100% ->
1549-1683  (113080-113214)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCTGAAGAGATGCATTGGCCTGTCCCTATGAAGGCCATTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCTGAAGAGATGCATTGGCCTGTCCCTATGAAGGCCATTGGTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGAACCTGCTAACCATGCCTGGGGGCGTGGCCAAGGCTGGCTACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGAACCTGCTAACCATGCCTGGGGGCGTGGCCAAGGCTGGCTACCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACAAGAAGGGCGGTACCCAGCTGCAGCTGCTGAAAT         GGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100101 ACAAGAAGGGCGGTACCCAGCTGCAGCTGCTGAAATGTG...CAGGGCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGCGCTTTGTCATCATCCACAAACGCTGCGTCTACTACTTCAAGAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102323 CTGCGCTTTGTCATCATCCACAAACGCTGCGTCTACTACTTCAAGAGTAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACCTCTGCCTCCCCGCAGGGCGCCTTCTCCCTGAGTGGCTATAACCG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 102373 CACCTCTGCCTCCCCGCAGGGCGCCTTCTCCCTGAGTGGCTATAACCGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    240        GGTGATGCGGGCGGCTGAGGAGACCACGTCCAACAACGTTTTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102423 A...CAGGGTGATGCGGGCGGCTGAGGAGACCACGTCCAACAACGTTTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCCTTCAAGATCATCCACATCAGCAAGAAGCACCGCACGTGGTTCTTCTC
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 104039 CCCTTCAAGATCATCCATATCAGCAAGAAGCACCGCACGTGGTTCTTCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGCCTCCTCCGAGGAGGAGCGCAAG         AGCTGGATGGCCTTGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 104089 GGCCTCCTCCGAGGAGGAGCGCAAGGTG...CAGAGCTGGATGGCCTTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGCGCAGGGAGATTGGCCACTTCCACGAAAAGAAAGACCTGCCCTTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104525 TGCGCAGGGAGATTGGCCACTTCCACGAAAAGAAAGACCTGCCCTTGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACCAG         CGACTCCAGCTCGGACACAGACAGCTTCTACGGCGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104575 ACCAGGTG...CAGCGACTCCAGCTCGGACACAGACAGCTTCTACGGCGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGTTGAGCGGCCTGTGGATATCAGCCTTTCCCCGTACCCCACGGACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106649 AGTTGAGCGGCCTGTGGATATCAGCCTTTCCCCGTACCCCACGGACAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAG         ACTATGAGCACGACGATGAGGATGACTCCTACCTGGAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106699 AAGGTG...CAGACTATGAGCACGACGATGAGGATGACTCCTACCTGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CCTGACTCCCCGGAGCCCGGAAGGCTTGAGG         ATGCCCTGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 107027 CCTGACTCCCCGGAGCCCGGAAGGCTTGAGGGTA...CAGATGCCCTGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GCACCCACCGGCTTACCCACCACCCCCAGTGCCCACGCCCAGGAAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108886 GCACCCACCGGCTTACCCACCACCCCCAGTGCCCACGCCCAGGAAGCCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CCTTCTCTGACATGCCCCGGGCCCACTCCTTTACCTCCAAGGGCCCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108936 CCTTCTCTGACATGCCCCGGGCCCACTCCTTTACCTCCAAGGGCCCCGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCCCTACTGCCACCCCCGCCCCCTAAGCACGGCCTCCCAGATGTTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108986 CCCCTACTGCCACCCCCGCCCCCTAAGCACGGCCTCCCAGATGTTGGCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGCGGCTGAGGACTCCAAGAGGGACCCACTGTGCCCGAGGCGGGCTGAGC
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109036 GGCTGCTGAGGACTCCAAGAGGGACCCACTGTGCCCGAGGCGGGCTGAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTTGCCCCAGGGTACCTGCTACCCCCCGAAGGATGAGCGATCCCCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109086 CTTGCCCCAGGGTACCTGCTACCCCCCGAAGGATGAGCGATCCCCCTCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AGCACCATGCCCACCGCACCCGGCCTCCGGAAACCCCCTTGCTTCCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109136 AGCACCATGCCCACCGCACCCGGCCTCCGGAAACCCCCTTGCTTCCGGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GAGTGCCAGCCCCAGCCCGGAGCCCTGGACCCCTGGCCACGGGGCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109186 GAGTGCCAGCCCCAGCCCGGAGCCCTGGACCCCTGGCCACGGGGCCTGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCACTTCCAGTGCTGCCATCATGGCCACTGCCACCTCCAGAAACTGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109236 CCACTTCCAGTGCTGCCATCATGGCCACTGCCACCTCCAGAAACTGTGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AAACTCAAGTCCTTCCACCTGTCCCCCCGAGGACCACCCACATCTGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109286 AAACTCAAGTCCTTCCACCTGTCCCCCCGAGGACCACCCACATCTGAGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CCCACCTGTGCCAGCCAACAAGCCCAAGTTCCTGAAGATAGCTGAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109336 CCCACCTGTGCCAGCCAACAAGCCCAAGTTCCTGAAGATAGCTGAAGAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ACCCCCCAAGGGAGGCAGCCATGCCCGGACTCTTTGTGCCCCCCGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109386 ACCCCCCAAGGGAGGCAGCCATGCCCGGACTCTTTGTGCCCCCCGTGGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CCCCGGCCTCCTGCGCTGAAGCTGCCAGTGCCTGAGGCCATGGCGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109436 CCCCGGCCTCCTGCGCTGAAGCTGCCAGTGCCTGAGGCCATGGCGCGGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CGCAGTCCTGCCCAGGCCAGAGAAGCCGCAGCTCCCGCACCTCCA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 109486 CGCAGTCCTGCCCAGGCCAGAGAAGCCGCAGCTCCCGCACCTCCAGTG..

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242     GCGATCACCCCCCGATGGGCAGAGTTTCAGGAGCTTCTCCTTTGAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109536 .CAGGCGATCACCCCCCGATGGGCAGAGTTTCAGGAGCTTCTCCTTTGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 AAGCCCCGGCAACCCTCACAGGCTGACACTGGCGGGGACGACTCGGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111000 AAGCCCCGGCAACCCTCACAGGCTGACACTGGCGGGGACGACTCGGACGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GGACTATGAGAAG         GTGCCACTGCCCAACTCGGTCTTCGTCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 111050 GGACTATGAGAAGGCA...CAGGTGCCACTGCCCAACTCGGTCTTCGTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 ACACCACGGAGTCCTGCGAAGTGGAAAG         GTTGTTCAAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 111334 ACACCACGGAGTCCTGCGAAGTGGAAAGGTC...TAGGTTGTTCAAGGCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 ACAAGCCCCCGGGGAGAGCCCCAGGATGGACTCTACTGCATCCGGAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111727 ACAAGCCCCCGGGGAGAGCCCCAGGATGGACTCTACTGCATCCGGAACTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CTCTACCAAGTCGGGGAAG         GTCCTGGTTGTGTGGGACGAAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 111777 CTCTACCAAGTCGGGGAAGGTA...TAGGTCCTGGTTGTGTGGGACGAAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CCTCTAACAAAGTGAGGAACTATCGCATTTTTGAGAAG         GAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 112395 CCTCTAACAAAGTGAGGAACTATCGCATTTTTGAGAAGGTG...CAGGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 TCTAAGTTCTACCTGGAGGGCGAGGTCCTGTTTGTGAGTGTGGGCAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113083 TCTAAGTTCTACCTGGAGGGCGAGGTCCTGTTTGTGAGTGTGGGCAGCAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GGTGGAGCACTACCACACCCACGTGCTGCCCAGCCACCAGAGCCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113133 GGTGGAGCACTACCACACCCACGTGCTGCCCAGCCACCAGAGCCTGCTGC

   1750     .    :    .    :    .    :
   1652 TGCGGCACCCCTACGGCTACACTGGGCCTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 113183 TGCGGCACCCCTACGGCTACACTGGGCCTAGG