seq1 = pF1KB4203.tfa, 954 bp
seq2 = pF1KB4203/gi568815581f_21198886.tfa (gi568815581f:21198886_21414227), 215342 bp

>pF1KB4203 954
>gi568815581f:21198886_21414227 (Chr17)

1-29  (99566-99594)   100% ->
30-78  (99993-100041)   100% ->
79-192  (101660-101773)   100% ->
193-312  (101989-102108)   100% ->
313-429  (103258-103374)   100% ->
430-481  (104298-104349)   100% ->
482-609  (105541-105668)   100% ->
610-687  (106166-106243)   100% ->
688-827  (113257-113396)   100% ->
828-873  (114607-114652)   100% ->
874-954  (115262-115342)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCAAGCCACCCGCACCCAACCCCAC         ACCCCCCCGGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
  99566 ATGTCCAAGCCACCCGCACCCAACCCCACGTG...CAGACCCCCCCGGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCTGGACTCCCGGACCTTCATCACCATTGGAGACAGA         AACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100005 CCTGGACTCCCGGACCTTCATCACCATTGGAGACAGAGTA...AAGAACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 TTGAGGTGGAGGCTGATGACTTGGTGACCATCTCAGAACTGGGCCGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101664 TTGAGGTGGAGGCTGATGACTTGGTGACCATCTCAGAACTGGGCCGTGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GCCTATGGGGTGGTAGAGAAGGTGCGGCACGCCCAGAGCGGCACCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101714 GCCTATGGGGTGGTAGAGAAGGTGCGGCACGCCCAGAGCGGCACCATCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGCCGTGAAG         CGGATCCGGGCCACCGTGAACTCACAGGAGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101764 GGCCGTGAAGGTG...CAGCGGATCCGGGCCACCGTGAACTCACAGGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGAAGCGGCTGCTCATGGACCTGGACATCAACATGCGCACGGTCGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102020 AGAAGCGGCTGCTCATGGACCTGGACATCAACATGCGCACGGTCGACTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTCTACACTGTCACCTTCTACGGGGCACTATTCAGAGAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 102070 TTCTACACTGTCACCTTCTACGGGGCACTATTCAGAGAGGTG...CAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AGACGTGTGGATCTGCATGGAGCTCATGGACACATCCTTGGACAAGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103260 AGACGTGTGGATCTGCATGGAGCTCATGGACACATCCTTGGACAAGTTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ACCGGAAGGTGCTGGATAAAAACATGACAATTCCAGAGGACATCCTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103310 ACCGGAAGGTGCTGGATAAAAACATGACAATTCCAGAGGACATCCTTGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAGATTGCTGTGTCT         ATCGTGCGGGCCCTGGAGCATCTGCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 103360 GAGATTGCTGTGTCTGTG...CAGATCGTGCGGGCCCTGGAGCATCTGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CAGCAAGCTGTCGGTGATCCACAGAG         ATGTGAAGCCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 104324 CAGCAAGCTGTCGGTGATCCACAGAGGTC...CAGATGTGAAGCCCTCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 ATGTCCTTATCAACAAGGAGGGCCATGTGAAGATGTGTGACTTTGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105556 ATGTCCTTATCAACAAGGAGGGCCATGTGAAGATGTGTGACTTTGGCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AGTGGCTACTTGGTGGACTCTGTGGCCAAGACGATGGATGCCGGCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105606 AGTGGCTACTTGGTGGACTCTGTGGCCAAGACGATGGATGCCGGCTGCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GCCCTACATGGCC         CCTGAGAGGATCAACCCAGAGCTGAACC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 105656 GCCCTACATGGCCGTG...CAGCCTGAGAGGATCAACCCAGAGCTGAACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AGAAGGGCTACAATGTCAAGTCCGACGTCTGGAGCCTGGGCATCACCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106194 AGAAGGGCTACAATGTCAAGTCCGACGTCTGGAGCCTGGGCATCACCATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688          ATTGAGATGGCCATCCTGCGGTTCCCTTACGAGTCCTGGGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106244 GTA...CAGATTGAGATGGCCATCCTGCGGTTCCCTTACGAGTCCTGGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GACCCCGTTCCAGCAGCTGAAGCAGGTGGTGGAGGAGCCGTCCCCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113298 GACCCCGTTCCAGCAGCTGAAGCAGGTGGTGGAGGAGCCGTCCCCCCAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TCCCAGCCGACCGTTTCTCCCCCGAGTTTGTGGACTTCACTGCTCAGTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 113348 TCCCAGCCGACCGTTTCTCCCCCGAGTTTGTGGACTTCACTGCTCAGTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    828         CCTGAGGAAGAACCCCGCAGAGCGTATGAGCTACCTGGAGCT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113398 TG...TAGCCTGAGGAAGAACCCCGCAGAGCGTATGAGCTACCTGGAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GATG         GAGCACCCCTTCTTCACCTTGCACAAAACCAAGAAGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114649 GATGGTG...CAGGAGCACCCCTTCTTCACCTTGCACAAAACCAAGAAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CGGACATTGCTGCCTTCGTGAAGGAGATCCTGGGAGAAGACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115299 CGGACATTGCTGCCTTCGTGAAGGAGATCCTGGGAGAAGACTCA