seq1 = pF1KB4190.tfa, 1092 bp
seq2 = pF1KB4190/gi568815587f_45705802.tfa (gi568815587f:45705802_45911332), 205531 bp

>pF1KB4190 1092
>gi568815587f:45705802_45911332 (Chr11)

1-535  (100001-100535)   100% ->
536-1092  (104975-105531)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATAGGGCCCCTCTGAAGCGGTCCAGGATCCTGCACATGGCGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATAGGGCCCCTCTGAAGCGGTCCAGGATCCTGCACATGGCGCTGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGGGCCTCAGACCCCTCTGCAGAGGCAGAGGCCAACGGGGAGAAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGGGCCTCAGACCCCTCTGCAGAGGCAGAGGCCAACGGGGAGAAGCCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTCTGCTGCGGGCATTGCAGATCGCGCTGGTGGTCTCCCTCTACTGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTCTGCTGCGGGCATTGCAGATCGCGCTGGTGGTCTCCCTCTACTGGGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCTCCATCTCCATGGTGTTCCTTAATAAGTACCTGCTGGACAGCCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACCTCCATCTCCATGGTGTTCCTTAATAAGTACCTGCTGGACAGCCCCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTGCGGCTGGACACCCCCATCTTCGTCACCTTCTACCAGTGCCTGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTGCGGCTGGACACCCCCATCTTCGTCACCTTCTACCAGTGCCTGGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCACGCTGCTGTGCAAAGGCCTCAGCGCTCTGGCCGCCTGCTGCCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCACGCTGCTGTGCAAAGGCCTCAGCGCTCTGGCCGCCTGCTGCCCTGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCCGTGGACTTCCCCAGCTTGCGCCTGGACCTCAGGGTGGCCCGCAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCCGTGGACTTCCCCAGCTTGCGCCTGGACCTCAGGGTGGCCCGCAGCGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCTGCCCCTGTCGGTGGTCTTCATCGGCATGATCACCTTCAATAACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCTGCCCCTGTCGGTGGTCTTCATCGGCATGATCACCTTCAATAACCTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCCTCAAGTACGTCGGTGTGGCCTTCTACAATGTGGGCCGCTCACTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCCTCAAGTACGTCGGTGTGGCCTTCTACAATGTGGGCCGCTCACTCACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ACCGTCTTCAACGTGCTGCTCTCCTACCTGCTGCTCAAGCAGACCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ACCGTCTTCAACGTGCTGCTCTCCTACCTGCTGCTCAAGCAGACCACCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTCTATGCCCTGCTCACCTGCGGTATCATCATCG         GGGGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100501 CTTCTATGCCCTGCTCACCTGCGGTATCATCATCGGTG...CAGGGGGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TCTGGCTTGGTGTGGACCAGGAGGGGGCAGAAGGCACCCTGTCGTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104981 TCTGGCTTGGTGTGGACCAGGAGGGGGCAGAAGGCACCCTGTCGTGGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GGCACCGTCTTCGGCGTGCTGGCTAGCCTCTGTGTCTCGCTCAACGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105031 GGCACCGTCTTCGGCGTGCTGGCTAGCCTCTGTGTCTCGCTCAACGCCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CTACACCACGAAGGTGCTCCCGGCGGTGGACGGCAGCATCTGGCGCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105081 CTACACCACGAAGGTGCTCCCGGCGGTGGACGGCAGCATCTGGCGCCTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CTTTCTACAACAACGTCAACGCCTGCATCCTCTTCCTGCCCCTGCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105131 CTTTCTACAACAACGTCAACGCCTGCATCCTCTTCCTGCCCCTGCTCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CTGCTCGGGGAGCTTCAGGCCCTGCGTGACTTTGCCCAGCTGGGCAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105181 CTGCTCGGGGAGCTTCAGGCCCTGCGTGACTTTGCCCAGCTGGGCAGTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CCACTTCTGGGGGATGATGACGCTGGGCGGCCTGTTTGGCTTTGCCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105231 CCACTTCTGGGGGATGATGACGCTGGGCGGCCTGTTTGGCTTTGCCATCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GCTACGTGACAGGACTGCAGATCAAGTTCACCAGTCCGCTGACCCACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105281 GCTACGTGACAGGACTGCAGATCAAGTTCACCAGTCCGCTGACCCACAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GTGTCGGGCACGGCCAAGGCCTGTGCCCAGACAGTGCTGGCCGTGCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105331 GTGTCGGGCACGGCCAAGGCCTGTGCCCAGACAGTGCTGGCCGTGCTCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CTACGAGGAGACCAAGAGCTTCCTCTGGTGGACGAGCAACATGATGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105381 CTACGAGGAGACCAAGAGCTTCCTCTGGTGGACGAGCAACATGATGGTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TGGGCGGCTCCTCCGCCTACACCTGGGTCAGGGGCTGGGAGATGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105431 TGGGCGGCTCCTCCGCCTACACCTGGGTCAGGGGCTGGGAGATGAAGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 ACTCCGGAGGAGCCCAGCCCCAAAGACAGCGAGAAGAGCGCCATGGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105481 ACTCCGGAGGAGCCCAGCCCCAAAGACAGCGAGAAGAGCGCCATGGGGGT

   1100 
   1092 G
        |
 105531 G