seq1 = pF1KB4185.tfa, 1155 bp
seq2 = pF1KB4185/gi568815592f_108071458.tfa (gi568815592f:108071458_108287460), 216003 bp

>pF1KB4185 1155
>gi568815592f:108071458_108287460 (Chr6)

1-25  (95309-95333)   100% ->
26-171  (100001-100146)   100% ->
172-259  (103379-103466)   100% ->
260-495  (105046-105281)   100% ->
496-642  (106638-106784)   100% ->
643-739  (108866-108962)   100% ->
740-889  (109350-109499)   100% ->
890-995  (110089-110194)   100% ->
996-1155  (115844-116003)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCAAGCCAGCCGGATCAACAA         GCCGCATTTTAGATAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
  95309 ATGAGCAAGCCAGCCGGATCAACAAGTG...CAGGCCGCATTTTAGATAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCCCTGCAAAGTGTGTGGCGACCGCAGCTCGGGGAAGCACTACGGGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100017 CCCCTGCAAAGTGTGTGGCGACCGCAGCTCGGGGAAGCACTACGGGGTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACGCCTGCGACGGCTGCTCAGGTTTTTTCAAACGGAGCATCCGAAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100067 ACGCCTGCGACGGCTGCTCAGGTTTTTTCAAACGGAGCATCCGAAGGAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGGACCTATGTCTGCAAATCTGGAAACCAG         GGAGGCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100117 AGGACCTATGTCTGCAAATCTGGAAACCAGGTA...CAGGGAGGCTGTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGTGGACAAGACGCACAGAAACCAGTGCAGGGCGTGTCGGCTGAAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103390 GGTGGACAAGACGCACAGAAACCAGTGCAGGGCGTGTCGGCTGAAGAAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTTTGGAAGTCAACATGAACAAAGACG         CCGTGCAGCACGAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 103440 GTTTGGAAGTCAACATGAACAAAGACGGTA...CAGCCGTGCAGCACGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CGGGGGCCTCGGACGTCCACCATCCGCAAGCAAGTGGCCCTCTACTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105060 CGGGGGCCTCGGACGTCCACCATCCGCAAGCAAGTGGCCCTCTACTTCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGGACACAAGGAGGAGAACGGGGCCGCCGCGCACTTTCCCTCGGCGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105110 TGGACACAAGGAGGAGAACGGGGCCGCCGCGCACTTTCCCTCGGCGGCGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCCCTGCGCCGGCCTTCTTCACCGCGGTCACGCAGCTGGAGCCGCACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105160 TCCCTGCGCCGGCCTTCTTCACCGCGGTCACGCAGCTGGAGCCGCACGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGGAGCTGGCCGCGGTGTCCACCACTCCAGAGCGGCAGACCCTCGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105210 CTGGAGCTGGCCGCGGTGTCCACCACTCCAGAGCGGCAGACCCTCGTGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCTGGCTCAGCCCACGCCCAAG         TACCCCCATGAAGTGAATG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 105260 CCTGGCTCAGCCCACGCCCAAGGTC...CAGTACCCCCATGAAGTGAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGACCCCAATGTATCTCTATGAAGTGGCCACGGAGTCGGTGTGTGAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106657 GGACCCCAATGTATCTCTATGAAGTGGCCACGGAGTCGGTGTGTGAATCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCTGCCAGACTTCTCTTCATGAGCATCAAGTGGGCTAAGAGTGTGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106707 GCTGCCAGACTTCTCTTCATGAGCATCAAGTGGGCTAAGAGTGTGCCAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTTCTCCACGCTGTCTTTGCAAGACCAG         CTGATGCTTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 106757 CTTCTCCACGCTGTCTTTGCAAGACCAGGTA...CAGCTGATGCTTTTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AAGATGCTTGGAGAGAACTGTTTGTTCTAGGAATAGCACAATGGGCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108879 AAGATGCTTGGAGAGAACTGTTTGTTCTAGGAATAGCACAATGGGCCATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCGGTTGATGCTAACACTCTACTGGCTGTATCTG         GCATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 108929 CCGGTTGATGCTAACACTCTACTGGCTGTATCTGGTA...TAGGCATGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CGGTGACAACACAGATTCCCAGAAGCTGAACAAGATCATATCTGAAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109357 CGGTGACAACACAGATTCCCAGAAGCTGAACAAGATCATATCTGAAATAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGGCTTTACAAGAGGTGGTGGCTCGATTTAGACAACTCCGGTTAGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109407 AGGCTTTACAAGAGGTGGTGGCTCGATTTAGACAACTCCGGTTAGATGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ACTGAATTTGCCTGTCTAAAATGCATCGTCACTTTCAAAGCCG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 109457 ACTGAATTTGCCTGTCTAAAATGCATCGTCACTTTCAAAGCCGGTA...T

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    890   TTCCTACACATAGTGGTTCTGAACTGAGAAGTTTCCGGAATGCTGCCG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110087 AGTTCCTACACATAGTGGTTCTGAACTGAGAAGTTTCCGGAATGCTGCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCATTGCAGCCCTTCAAGATGAGGCTCAGCTAACGCTCAACAGCTACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110137 CCATTGCAGCCCTTCAAGATGAGGCTCAGCTAACGCTCAACAGCTACATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CATACCAG         ATATCCCACTCAACCCTGTCGCTTTGGAAAACT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 110187 CATACCAGGTG...CAGATATCCCACTCAACCCTGTCGCTTTGGAAAACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCTGTTGCTTTTGCCAGCTTTACGTTCTATTAGCCCATCAACTATAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115877 CCTGTTGCTTTTGCCAGCTTTACGTTCTATTAGCCCATCAACTATAGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AAGTGTTTTTCAAAAAAACCATCGGCAATGTGCCAATTACAAGACTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115927 AAGTGTTTTTCAAAAAAACCATCGGCAATGTGCCAATTACAAGACTGCTT

   1200     .    :    .    :    .
   1129 TCAGATATGTACAAATCCAGTGATATC
        |||||||||||||||||||||||||||
 115977 TCAGATATGTACAAATCCAGTGATATC