seq1 = pF1KB4178.tfa, 1035 bp
seq2 = pF1KB4178/gi568815586f_98415868.tfa (gi568815586f:98415868_98647855), 231988 bp

>pF1KB4178 1035
>gi568815586f:98415868_98647855 (Chr12)

1-279  (100001-100279)   100% ->
280-406  (112019-112145)   100% ->
407-565  (115813-115971)   100% ->
566-663  (121608-121705)   100% ->
664-752  (130492-130580)   100% ->
753-1035  (131706-131988)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGGAGTTCCTGGAAGACCCCTCGGTCCTGACAAAAGACAAGTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGGAGTTCCTGGAAGACCCCTCGGTCCTGACAAAAGACAAGTTGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGTGAGTTGGTCGCCAACAATGTGACGCTGCCGGCCGGGGAGCAGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGTGAGTTGGTCGCCAACAATGTGACGCTGCCGGCCGGGGAGCAGCGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGACGTGTACGTCCAGCTCTACCTGCAGCACCTCACGGCTCGCAACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGACGTGTACGTCCAGCTCTACCTGCAGCACCTCACGGCTCGCAACCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCGCCGCTCCCCGCCGGCACCAACAGCAAGGGGCCCCCGGACTTCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCGCCGCTCCCCGCCGGCACCAACAGCAAGGGGCCCCCGGACTTCTCCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGACGAAGAGCGCGAGCCCACCCCGGTCCTCGGCTCTGGGGCCGCCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGACGAAGAGCGCGAGCCCACCCCGGTCCTCGGCTCTGGGGCCGCCGCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGGGCCGGAGCCGAGCAGCCGTCGGCAGG         AAAGCCACAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100251 CGGGCCGGAGCCGAGCAGCCGTCGGCAGGGTA...CAGAAAGCCACAAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAAACTGATAAACCCAGACAAGAAGATAAAGATGATCTAGATGTAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112031 AAAACTGATAAACCCAGACAAGAAGATAAAGATGATCTAGATGTAACAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCTCACTAATGAAGATCTTTTGGATCAGCTTGTGAAATACGGAGTGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112081 GCTCACTAATGAAGATCTTTTGGATCAGCTTGTGAAATACGGAGTGAATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTGGTCCTATTGTGG         GAACAACCAGGAAGCTATATGAGAAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 112131 CTGGTCCTATTGTGGGTA...CAGGAACAACCAGGAAGCTATATGAGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAGCTTTTGAAACTGAGGGAACAAGGAACAGAATCAAGATCTTCTACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115839 AAGCTTTTGAAACTGAGGGAACAAGGAACAGAATCAAGATCTTCTACTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TCTGCCAACAATTTCTTCTTCAGCAGAAAATACAAGGCAGAATGGAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115889 TCTGCCAACAATTTCTTCTTCAGCAGAAAATACAAGGCAGAATGGAAGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ATGATTCTGACAGATACAGTGACAATGAAGAAG         ACTCTAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 115939 ATGATTCTGACAGATACAGTGACAATGAAGAAGGTA...CAGACTCTAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATAGAGCTCAAGCTTGAGAAGAGAGAACCACTAAAGGGCAGAGCAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121616 ATAGAGCTCAAGCTTGAGAAGAGAGAACCACTAAAGGGCAGAGCAAAGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TCCAGTAACACTCAAGCAAAGAAGAGTTGAGCACAATCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 121666 TCCAGTAACACTCAAGCAAAGAAGAGTTGAGCACAATCAGGTA...TAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGGGAGAAAAAACAGAGGAAAGAAGAGTAGAAAGGGATATTCTTAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130493 TGGGAGAAAAAACAGAGGAAAGAAGAGTAGAAAGGGATATTCTTAAGGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATGTTCCCCTATGAAGCATCTACACCAACAGGAATTAG         TGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 130543 ATGTTCCCCTATGAAGCATCTACACCAACAGGAATTAGGTA...CAGTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TAGTTGCCGCAGACCAATCAAAGGGGCTGCAGGCCGGCCATTAGAACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131709 TAGTTGCCGCAGACCAATCAAAGGGGCTGCAGGCCGGCCATTAGAACTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GTGATTTCAGGATGGAGGAGTCTTTTTCATCTAAATATGTTCCTAAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131759 GTGATTTCAGGATGGAGGAGTCTTTTTCATCTAAATATGTTCCTAAGTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GTTCCCTTGGCAGATGTCAAGTCAGAAAAGACAAAAAAGGGACGCTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131809 GTTCCCTTGGCAGATGTCAAGTCAGAAAAGACAAAAAAGGGACGCTCCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TCCCGTATGGATAAAAATTTTGCTGTTTGTTGTTGTGGCAGTTTTTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131859 TCCCGTATGGATAAAAATTTTGCTGTTTGTTGTTGTGGCAGTTTTTTTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TTTTGGTCTATCAAGCTATGGAAACCAACCAAGTAAATCCCTTCTCTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131909 TTTTGGTCTATCAAGCTATGGAAACCAACCAAGTAAATCCCTTCTCTAAT

   1050     .    :    .    :    .    :
   1006 TTTCTTCATGTTGACCCTAGAAAATCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 131959 TTTCTTCATGTTGACCCTAGAAAATCCAAC