seq1 = pF1KB4166.tfa, 1182 bp
seq2 = pF1KB4166/gi568815590r_133138881.tfa (gi568815590r:133138881_133384311), 245431 bp

>pF1KB4166 1182
>gi568815590r:133138881_133384311 (Chr8)

(complement)

1-63  (100001-100063)   100% ==
97-205  (119657-119765)   100% ->
206-326  (122145-122265)   100% ->
327-389  (125082-125144)   100% ->
390-450  (125886-125946)   100% ->
451-537  (127449-127535)   100% ->
538-594  (129717-129773)   100% ->
595-698  (133769-133872)   100% ->
699-755  (135541-135597)   100% ->
756-807  (136386-136437)   100% ->
808-855  (137649-137696)   100% ->
856-891  (139922-139957)   100% ->
892-943  (142238-142289)   100% ->
944-1182  (145193-145431)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTCGGGAGATGCAGGATGTAGACCTCGCTGAGGTGAAGCCTTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTCGGGAGATGCAGGATGTAGACCTCGCTGAGGTGAAGCCTTTGGT

     50     .    :
     51 GGAGAAAGGGGAG
        |||||||||||||
 100051 GGAGAAAGGGGAG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97 CAGGAGCAGGACATCGAGACTTTACATGGCTCTGTTCACGTCACGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119657 CAGGAGCAGGACATCGAGACTTTACATGGCTCTGTTCACGTCACGCTGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    147 TGGGACTCCCAAGGGAAACCGGCCTGTCATCCTCACCTACCATGACATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119707 TGGGACTCCCAAGGGAAACCGGCCTGTCATCCTCACCTACCATGACATCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    197 GCATGAACC         ACAAAACCTGCTACAACCCCCTCTTCAACTAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 119757 GCATGAACCGTA...CAGACAAAACCTGCTACAACCCCCTCTTCAACTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    238 GAGGACATGCAGGAGATCACCCAGCACTTTGCCGTCTGCCACGTGGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122177 GAGGACATGCAGGAGATCACCCAGCACTTTGCCGTCTGCCACGTGGACGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    288 CCCTGGCCAGCAGGACGGCGCAGCCTCCTTCCCCGCAGG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 122227 CCCTGGCCAGCAGGACGGCGCAGCCTCCTTCCCCGCAGGGTG...CAGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    329 ACATGTACCCCTCCATGGATCAGCTGGCTGAAATGCTTCCTGGAGTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125084 ACATGTACCCCTCCATGGATCAGCTGGCTGAAATGCTTCCTGGAGTCCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    379 CAACAGTTTGG         GCTGAAAAGCATTATTGGCATGGGAACAGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 125134 CAACAGTTTGGGTA...CAGGCTGAAAAGCATTATTGGCATGGGAACAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    420 AGCAGGCGCCTACATCCTAACTCGATTTGCT         CTAAACAACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 125916 AGCAGGCGCCTACATCCTAACTCGATTTGCTGTG...CAGCTAAACAACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    461 CTGAGATGGTGGAGGGCCTTGTCCTTATCAACGTGAACCCTTGTGCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127459 CTGAGATGGTGGAGGGCCTTGTCCTTATCAACGTGAACCCTTGTGCGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    511 GGCTGGATGGACTGGGCCGCCTCCAAG         ATCTCAGGATGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 127509 GGCTGGATGGACTGGGCCGCCTCCAAGGTG...CAGATCTCAGGATGGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    552 CCAAGCTCTGCCGGACATGGTGGTGTCCCACCTTTTTGGGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 129731 CCAAGCTCTGCCGGACATGGTGGTGTCCCACCTTTTTGGGAAGGTG...C

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    595   GAAGAAATGCAGAGTAACGTGGAAGTGGTCCACACCTACCGCCAGCAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133767 AGGAAGAAATGCAGAGTAACGTGGAAGTGGTCCACACCTACCGCCAGCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    643 ATTGTGAATGACATGAACCCCGGCAACCTGCACCTGTTCATCAATGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133817 ATTGTGAATGACATGAACCCCGGCAACCTGCACCTGTTCATCAATGCCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    693 CAACAG         CCGGCGCGACCTGGAGATTGAGCGACCAATGCCGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133867 CAACAGGTA...CAGCCGGCGCGACCTGGAGATTGAGCGACCAATGCCGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    734 GAACCCACACAGTCACCCTGCA         GTGCCCTGCTCTGTTGGTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 135576 GAACCCACACAGTCACCCTGCAGTG...CAGGTGCCCTGCTCTGTTGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    775 GTTGGGGACAGCTCGCCTGCAGTGGATGCCGTG         GTGGAGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 136405 GTTGGGGACAGCTCGCCTGCAGTGGATGCCGTGGTA...CAGGTGGAGTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    816 CAACTCAAAATTGGACCCAACAAAGACCACTCTCCTCAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 137657 CAACTCAAAATTGGACCCAACAAAGACCACTCTCCTCAAGGTA...TAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    857 TGGCGGACTGTGGCGGCCTCCCGCAGATCTCCCAG         CCGGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 139923 TGGCGGACTGTGGCGGCCTCCCGCAGATCTCCCAGGTG...CAGCCGGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    898 AAGCTCGCTGAGGCCTTCAAGTACTTCGTGCAGGGCATGGGATACA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 142244 AAGCTCGCTGAGGCCTTCAAGTACTTCGTGCAGGGCATGGGATACAGTG.

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    944      TGCCCTCGGCTAGCATGACCCGCCTGATGCGGTCCCGCACAGCCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142294 ..TAGTGCCCTCGGCTAGCATGACCCGCCTGATGCGGTCCCGCACAGCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    989 CTGGTTCCAGCGTCACTTCTCTGGATGGCACCCGCAGCCGCTCCCACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145238 CTGGTTCCAGCGTCACTTCTCTGGATGGCACCCGCAGCCGCTCCCACACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1039 AGCGAGGGCACCCGAAGCCGCTCCCACACCAGCGAGGGCACCCGCAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145288 AGCGAGGGCACCCGAAGCCGCTCCCACACCAGCGAGGGCACCCGCAGCCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1089 CTCGCACACCAGCGAGGGGGCCCACCTGGACATCACCCCCAACTCGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145338 CTCGCACACCAGCGAGGGGGCCCACCTGGACATCACCCCCAACTCGGGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :
   1139 CTGCTGGGAACAGCGCCGGGCCCAAGTCCATGGAGGTCTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145388 CTGCTGGGAACAGCGCCGGGCCCAAGTCCATGGAGGTCTCCTGC