seq1 = pF1KB4161.tfa, 1413 bp
seq2 = pF1KB4161/gi568815587r_61310946.tfa (gi568815587r:61310946_61529235), 218290 bp

>pF1KB4161 1413
>gi568815587r:61310946_61529235 (Chr11)

(complement)

1-54  (100001-100054)   100% ->
55-273  (107628-107846)   100% ->
274-377  (108663-108766)   100% ->
378-550  (109142-109314)   100% ->
551-965  (112717-113131)   100% ->
966-1084  (113452-113570)   100% ->
1085-1253  (117299-117467)   99% ->
1254-1413  (118131-118290)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAGAAGGAGTGGACTTGATTGATATATATGCTGACGAGGAGTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAGAAGGAGTGGACTTGATTGATATATATGCTGACGAGGAGTTCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAG         GACCCAGAGTTCAACAATACAGATCAGATTGACCTGT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGGTG...TAGGACCCAGAGTTCAACAATACAGATCAGATTGACCTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGATGATGTGCTGACAGCCACCTCACAGCCCTCAGATGACAGAAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107665 ATGATGATGTGCTGACAGCCACCTCACAGCCCTCAGATGACAGAAGCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCACTGAACCACCTCCTCCTGTTCGCCAGGAGCCATCTCCCAAGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107715 AGCACTGAACCACCTCCTCCTGTTCGCCAGGAGCCATCTCCCAAGCCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAACAAGACCCCTGCAATTCTGTATACCTACAGTGGCCTGCGTAATAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107765 CAACAAGACCCCTGCAATTCTGTATACCTACAGTGGCCTGCGTAATAGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GAGCTGCCGTTTATGTGGGCAGCTTCTCCTGG         TGGACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 107815 GAGCTGCCGTTTATGTGGGCAGCTTCTCCTGGGTG...CAGTGGACCACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACCAGCAGCTGATCCAGGTTATTCGCTCTATAGGAGTCTATGATGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108672 GACCAGCAGCTGATCCAGGTTATTCGCTCTATAGGAGTCTATGATGTGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGAGTTGAAATTTGCAGAGAATCGAGCAAATGGCCAGTCCAAAGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 108722 GGAGTTGAAATTTGCAGAGAATCGAGCAAATGGCCAGTCCAAAGGGTG..

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    378     GTATGCTGAGGTGGTGGTAGCCTCTGAAAACTCTGTCCACAAATTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108772 .AAGGTATGCTGAGGTGGTGGTAGCCTCTGAAAACTCTGTCCACAAATTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTGGAACTCCTACCAGGGAAAGTTCTTAATGGAGAAAAAGTGGACGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109188 TTGGAACTCCTACCAGGGAAAGTTCTTAATGGAGAAAAAGTGGACGTGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCCGGCCACCCGGCAGAACCTGTCACAGTTTGAGGCACAGGCTCGGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109238 GCCGGCCACCCGGCAGAACCTGTCACAGTTTGAGGCACAGGCTCGGAAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTGAGTGTGTCCGAGTCCCAAGAGGGG         GAATACCTCCACGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 109288 GTGAGTGTGTCCGAGTCCCAAGAGGGGGTA...TAGGAATACCTCCACGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCCCATTCCCGAGATTCTAGTGATTCTGCTGATGGACGGGCCACACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112731 GCCCATTCCCGAGATTCTAGTGATTCTGCTGATGGACGGGCCACACCCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGAGAACCTTGTACCCTCATCTGCTCGTGTGGATAAGCCCCCCAGTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112781 TGAGAACCTTGTACCCTCATCTGCTCGTGTGGATAAGCCCCCCAGTGTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGCCCTACTTCAATCGTCCTCCTTCGGCCCTTCCCCTGATGGGTCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112831 TGCCCTACTTCAATCGTCCTCCTTCGGCCCTTCCCCTGATGGGTCTGCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CCACCACCAATTCCACCCCCACCACCTCTCTCCTCAAGCTTTGGGGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112881 CCACCACCAATTCCACCCCCACCACCTCTCTCCTCAAGCTTTGGGGTCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TCCTCCTCCTCCTGGTATCCACTACCAGCATCTCATGCCCCCACCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112931 TCCTCCTCCTCCTGGTATCCACTACCAGCATCTCATGCCCCCACCTCCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GATTACCTCCTCATCTTGCTGTACCTCCCCCTGGGGCCATCCCACCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112981 GATTACCTCCTCATCTTGCTGTACCTCCCCCTGGGGCCATCCCACCTGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTTCACCTCAATCCAGCCTTCTTCCCCCCACCAAACGCTACAGTGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113031 CTTCACCTCAATCCAGCCTTCTTCCCCCCACCAAACGCTACAGTGGGGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TCCACCAGATACTTACATGAAGGCCTCTGCCCCCTATAACCACCATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113081 TCCACCAGATACTTACATGAAGGCCTCTGCCCCCTATAACCACCATGGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 G         CCGAGATTCGGGCCCTCCACCCTCTACAGTGAGTGAAGCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113131 GGTA...CAGCCGAGATTCGGGCCCTCCACCCTCTACAGTGAGTGAAGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GAATTTGAAGATATCATGAAGCGAAACAGAGCAATTTCCAGCAGTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113492 GAATTTGAAGATATCATGAAGCGAAACAGAGCAATTTCCAGCAGTGCCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TTCCAAAGCAGTATCTGGAGCCAGTGCAG         GGGATTACAGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 113542 TTCCAAAGCAGTATCTGGAGCCAGTGCAGGTA...CAGGGGATTACAGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ACGCAATTGAGACGCTGCTCACAGCCATTGCGGTTATCAAACAGTCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117311 ACGCAATTGAGACGCTGCTCACAGCCATTGCGGTTATCAAACAGTCCCGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GTTGCCAATGATGAGCGTTGCCGTGTCCTCATCTCCTCTCTTAAGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117361 GTTGCCAATGATGAGCGTTGCCGTGTCCTCATCTCCTCTCTTAAGGACTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TCTTCATGGCATTGAAGCCAAGTCCTACAGTGTGGGTGCCAGTGGGAGCT
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117411 TCTTCATGGCATCGAAGCCAAGTCCTACAGTGTGGGTGCCAGTGGGAGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CTTCCAG         GAAAAGACATCGCTCCCGGGAAAGGTCACCTAGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117461 CTTCCAGGTG...TAGGAAAAGACATCGCTCCCGGGAAAGGTCACCTAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 CGGTCCCGGGAGAGCAGCAGGAGGCACCGGGATCTGCTTCATAATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118165 CGGTCCCGGGAGAGCAGCAGGAGGCACCGGGATCTGCTTCATAATGAAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 TCGGCATGATGATTATTTCCAAGAAAGGAACCGGGAGCATGAGAGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118215 TCGGCATGATGATTATTTCCAAGAAAGGAACCGGGAGCATGAGAGACACC

   1450     .    :    .    :    .
   1388 GGGATAGAGAACGGGACCGGCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||
 118265 GGGATAGAGAACGGGACCGGCACCAC