seq1 = pF1KB4146.tfa, 1857 bp
seq2 = pF1KB4146/gi568815594f_155659786.tfa (gi568815594f:155659786_155905230), 245445 bp

>pF1KB4146 1857
>gi568815594f:155659786_155905230 (Chr4)

1-77  (100000-100075)   98% ->
78-178  (115183-115283)   100% ->
179-297  (117739-117857)   100% ->
298-495  (129929-130126)   100% ->
496-726  (134071-134301)   100% ->
727-843  (135556-135672)   100% ->
844-977  (136592-136725)   100% ->
978-1175  (140092-140289)   100% ->
1176-1413  (142557-142794)   100% ->
1414-1554  (143839-143979)   100% ->
1555-1709  (144808-144962)   100% ->
1710-1836  (145318-145444)   100% ->
1837-1857  (146601-146621)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTACGGATTTGTGAATCACGCCCTGGAGTTGCTGGTGATCCGCAATTA
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GTACGGATTTGTGAATCACGCCCTGGAGTTGCTGGTGATCCGCAATTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCCCCGAGGTGTGGGAAGACATCAA         AAAAGAGGCACAGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100049 CGGCCCCGAGGTGTGGGAAGACATCAAGTA...CAGAAAAGAGGCACAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TAGATGAAGAAGGACAGTTTCTTGTCAGAATAATATATGATGACTCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115197 TAGATGAAGAAGGACAGTTTCTTGTCAGAATAATATATGATGACTCCAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACTTATGATTTGGTTGCTGCTGCAAGCAAAGTCCTCA         ATCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 115247 ACTTATGATTTGGTTGCTGCTGCAAGCAAAGTCCTCAGTA...TAGATCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAATGCTGGAGAAATCCTCCAAATGTTTGGGAAGATGTTTTTCGTCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117743 CAATGCTGGAGAAATCCTCCAAATGTTTGGGAAGATGTTTTTCGTCTTTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCCAAGAATCTGGTTATGATACAATCTTGCGTGTCCTGGGCTCTAATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117793 GCCAAGAATCTGGTTATGATACAATCTTGCGTGTCCTGGGCTCTAATGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGAGAATTTCTACAG         AACCTTGATGCTCTGCACGACCACCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 117843 AGAGAATTTCTACAGGTA...CAGAACCTTGATGCTCTGCACGACCACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGCTACCATCTACCCAGGAATGCGTGCACCTTCCTTTAGGTGCACTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129955 TGCTACCATCTACCCAGGAATGCGTGCACCTTCCTTTAGGTGCACTGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAGAAAAGGGCAAAGGACTCATTTTGCACTACTACTCAGAGAGAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130005 CAGAAAAGGGCAAAGGACTCATTTTGCACTACTACTCAGAGAGAGAAGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTTCAGGATATTGTCATTGGAATCATCAAAACAGTGGCACAACAAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130055 CTTCAGGATATTGTCATTGGAATCATCAAAACAGTGGCACAACAAATCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGGCACTGAAATAGACATGAAG         GTTATTCAGCAAAGAAATG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 130105 TGGCACTGAAATAGACATGAAGGTA...CAGGTTATTCAGCAAAGAAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAGAATGTGATCATACTCAATTTTTAATTGAAGAAAAAGAGTCAAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134090 AAGAATGTGATCATACTCAATTTTTAATTGAAGAAAAAGAGTCAAAAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGGATTTTTATGAAGATCTTGACAGATTTGAAGAAAATGGTACCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134140 GAGGATTTTTATGAAGATCTTGACAGATTTGAAGAAAATGGTACCCAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ATCACGCATCAGCCCATATACATTCTGCAAAGCTTTTCCTTTTCATATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134190 ATCACGCATCAGCCCATATACATTCTGCAAAGCTTTTCCTTTTCATATAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TATTTGACCGGGACCTAGTGGTCACTCAGTGTGGCAATGCTATATACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134240 TATTTGACCGGGACCTAGTGGTCACTCAGTGTGGCAATGCTATATACAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTTCTCCCCCAG         CTCCAGCCTGGGAATTGCAGCCTTCTGTC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 134290 GTTCTCCCCCAGGTA...TAGCTCCAGCCTGGGAATTGCAGCCTTCTGTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGTCTTCTCGCTGGTTCGTCCTCATATTGATATTAGTTTCCATGGGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135585 TGTCTTCTCGCTGGTTCGTCCTCATATTGATATTAGTTTCCATGGGATCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TTTCTCACATCAATACTGTTTTTGTATTGAGAAGCAAG         GAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 135635 TTTCTCACATCAATACTGTTTTTGTATTGAGAAGCAAGGTA...AAGGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GGATTGTTGGATGTGGAGAAATTAGAATGTGAGGATGAACTGACTGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136595 GGATTGTTGGATGTGGAGAAATTAGAATGTGAGGATGAACTGACTGGGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGAGATCAGCTGCTTACGTCTCAAGGGTCAAATGATCTACTTACCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136645 TGAGATCAGCTGCTTACGTCTCAAGGGTCAAATGATCTACTTACCTGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CAGATAGCATACTTTTTCTATGTTCACCAAG         TGTCATGAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 136695 CAGATAGCATACTTTTTCTATGTTCACCAAGGTA...CAGTGTCATGAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTGGACGATTTGACAAGGAGAGGGCTGTATCTAAGTGACATCCCTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140102 CTGGACGATTTGACAAGGAGAGGGCTGTATCTAAGTGACATCCCTCTGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGATGCCACGCGCGATCTTGTTCTTTTGGGAGAACAATTTAGAGAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140152 TGATGCCACGCGCGATCTTGTTCTTTTGGGAGAACAATTTAGAGAGGAAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACAAACTCACCCAAGAACTGGAAATCCTCACTGACAGGCTACAGCTCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140202 ACAAACTCACCCAAGAACTGGAAATCCTCACTGACAGGCTACAGCTCACG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TTAAGAGCCCTGGAAGATGAAAAGAAAAAGACAGACAC         ATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 140252 TTAAGAGCCCTGGAAGATGAAAAGAAAAAGACAGACACGTA...CAGATT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GCTGTATTCTGTCCTTCCTCCGTCTGTTGCCAATGAGCTGCGGCACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142560 GCTGTATTCTGTCCTTCCTCCGTCTGTTGCCAATGAGCTGCGGCACAAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GTCCAGTGCCTGCCAAAAGATATGACAATGTGACCATCCTCTTTAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142610 GTCCAGTGCCTGCCAAAAGATATGACAATGTGACCATCCTCTTTAGTGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 ATTGTGGGCTTCAATGCTTTCTGTAGCAAGCATGCATCTGGAGAAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142660 ATTGTGGGCTTCAATGCTTTCTGTAGCAAGCATGCATCTGGAGAAGGAGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CATGAAGATCGTCAACCTCCTCAACGACCTCTACACCAGATTTGACACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142710 CATGAAGATCGTCAACCTCCTCAACGACCTCTACACCAGATTTGACACAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TGACTGATTCCCGGAAAAACCCATTTGTTTATAAG         GTGGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 142760 TGACTGATTCCCGGAAAAACCCATTTGTTTATAAGGCA...TAGGTGGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 ACTGTTGGTGACAAGTATATGACAGTGAGTGGTTTACCAGAGCCATGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143845 ACTGTTGGTGACAAGTATATGACAGTGAGTGGTTTACCAGAGCCATGCAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TCACCATGCACGATCCATCTGCCACCTGGCCTTGGACATGATGGAAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143895 TCACCATGCACGATCCATCTGCCACCTGGCCTTGGACATGATGGAAATTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CTGGCCAGGTTCAAGTAGATGGTGAATCTGTTCAG         ATAACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 143945 CTGGCCAGGTTCAAGTAGATGGTGAATCTGTTCAGGTT...CAGATAACA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 ATAGGGATACACACTGGAGAGGTAGTTACAGGTGTCATAGGACAGCGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144814 ATAGGGATACACACTGGAGAGGTAGTTACAGGTGTCATAGGACAGCGGAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 GCCTCGATACTGTCTTTTTGGGAATACTGTCAACCTCACAAGCCGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144864 GCCTCGATACTGTCTTTTTGGGAATACTGTCAACCTCACAAGCCGAACAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 AAACCACAGGAGAAAAGGGAAAAATAAATGTGTCTGAATATACATACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 144914 AAACCACAGGAGAAAAGGGAAAAATAAATGTGTCTGAATATACATACAGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1710         ATGTCTTATGTCTCCAGAAAATTCAGATCCACAATTCCACTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144964 TG...TAGATGTCTTATGTCTCCAGAAAATTCAGATCCACAATTCCACTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 GGAGCACAGAGGCCCAGTGTCCATGAAGGGCAAAAAAGAACCAATGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145360 GGAGCACAGAGGCCCAGTGTCCATGAAGGGCAAAAAAGAACCAATGCAAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 TTTGGTTTCTATCCAGAAAAAATACAGGAACAGAG         GAAACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 145410 TTTGGTTTCTATCCAGAAAAAATACAGGAACAGAGGTA...AAGGAAACA

   1950     .    :    .
   1843 AAGCAGGATGATGAC
        |||||||||||||||
 146607 AAGCAGGATGATGAC