seq1 = pF1KB4140.tfa, 2241 bp
seq2 = pF1KB4140/gi568815597f_180054973.tfa (gi568815597f:180054973_180297034), 242062 bp

>pF1KB4140 2241
>gi568815597f:180054973_180297034 (Chr1)

1-265  (99936-100200)   100% ->
266-366  (111519-111619)   100% ->
367-412  (120349-120394)   97% ->
413-515  (120959-121061)   99% ->
516-606  (123822-123912)   98% ->
607-752  (127202-127347)   100% ->
753-887  (128944-129078)   100% ->
888-1017  (131081-131210)   100% ->
1018-1140  (134580-134702)   100% ->
1141-1288  (135461-135608)   98% ->
1289-1468  (139241-139420)   100% ->
1469-2241  (141290-142062)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGAGGTGCAACAGCGGCTCCGGGCCGCCGCCGTCGCTGCTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99936 ATGAGGAGGTGCAACAGCGGCTCCGGGCCGCCGCCGTCGCTGCTGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCTGTGGCTGCTCGCGGTTCCCGGCGCTAACGCGGCCCCGCGGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99986 GCTGCTGTGGCTGCTCGCGGTTCCCGGCGCTAACGCGGCCCCGCGGTCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCTCTATTCGCCTTCCGACCCGCTGACGCTGCTGCAGGCGGACACGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100036 CGCTCTATTCGCCTTCCGACCCGCTGACGCTGCTGCAGGCGGACACGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCGGCGCGGTGCTGGGCTCCCGCAGCGCCTGGGCCGTGGAGTTCTTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100086 CGCGGCGCGGTGCTGGGCTCCCGCAGCGCCTGGGCCGTGGAGTTCTTCGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTCCTGGTGCGGCCACTGCATCGCCTTCGCCCCGACGTGGAAGGCGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100136 CTCCTGGTGCGGCCACTGCATCGCCTTCGCCCCGACGTGGAAGGCGCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCGAAGACGTCAAAG         CCTGGAGGCCGGCCCTGTATCTCGCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100186 CCGAAGACGTCAAAGGTG...CAGCCTGGAGGCCGGCCCTGTATCTCGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCCTGGACTGTGCTGAGGAGACCAACAGTGCAGTCTGCAGAGACTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111545 GCCCTGGACTGTGCTGAGGAGACCAACAGTGCAGTCTGCAGAGACTTCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CATCCCTGGCTTCCCGACTGTGAGG         TTCTTCAAGGCCTTTA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 111595 CATCCCTGGCTTCCCGACTGTGAGGGTG...CAGTTCTTCAAGGCCTTTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCAAGAACGGCTCAGGAGCAGTATTTCCAG         TGGCTGGTGCT
        ||||||||||||| ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 120365 CCAAGAACGGCTCGGGAGCAGTATTTCCAGGTG...CAGTGGCTGGTGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GACGTGCAGACGCTGCGGGAGAGGCTCATTGACGCCCTGGAGTCCCATCA
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120970 GACGTGCAGACACTGCGGGAGAGGCTCATTGACGCCCTGGAGTCCCATCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGACACGTGGCCCCCAGCCTGTCCCCCACTGGAGCCTGCCAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 121020 TGACACGTGGCCCCCAGCCTGTCCCCCACTGGAGCCTGCCAAGTA...CA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    516  GCTGGAGGAGATTGATGGATTCTTTGCGAGAAATAACGAAGAGTACCTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123821 GGCTGGAGGAGATTGATGGATTCTTTGCGAGAAATAACGAAGAGTACCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCTCTGATCTTTGAAAAGGGAGGCTCCTACCTGGCTAGAGAG        
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||>>>...>>
 123871 GCTCTGATCTTTGAAAAGGGAGGCTCCTACCTGGGTAGAGAGGTG...CA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    607  GTGGCTCTGGACCTGTCCCAGCACAAAGGCGTGGCGGTGCGCAGGGTGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127201 GGTGGCTCTGGACCTGTCCCAGCACAAAGGCGTGGCGGTGCGCAGGGTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGAACACAGAGGCCAATGTGGTGAGAAAGTTTGGTGTCACCGACTTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127251 TGAACACAGAGGCCAATGTGGTGAGAAAGTTTGGTGTCACCGACTTCCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCTTGCTACCTGCTGTTCCGGAATGGCTCTGTCTCCCGAGTCCCCGT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 127301 TCTTGCTACCTGCTGTTCCGGAATGGCTCTGTCTCCCGAGTCCCCGTGTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    753       GCTCATGGAATCCAGGTCCTTCTATACCGCTTACCTGCAGAGAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127351 ...CAGGCTCATGGAATCCAGGTCCTTCTATACCGCTTACCTGCAGAGAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCTCTGGGCTCACCAGGGAGGCTGCCCAGACCACAGTTGCACCAACCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128988 TCTCTGGGCTCACCAGGGAGGCTGCCCAGACCACAGTTGCACCAACCACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCTAACAAGATAGCTCCCACTGTTTGGAAATTGGCAGATCG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 129038 GCTAACAAGATAGCTCCCACTGTTTGGAAATTGGCAGATCGGTA...CAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTCCAAGATCTACATGGCTGACCTGGAATCTGCACTGCACTACATCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131081 CTCCAAGATCTACATGGCTGACCTGGAATCTGCACTGCACTACATCCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GGATAGAAGTGGGCAGGTTCCCGGTCCTGGAAGGGCAGCGCCTGGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131131 GGATAGAAGTGGGCAGGTTCCCGGTCCTGGAAGGGCAGCGCCTGGTGGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTGAAAAAGTTTGTGGCAGTGCTGGCCAAG         TATTTCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 131181 CTGAAAAAGTTTGTGGCAGTGCTGGCCAAGGTG...CAGTATTTCCCTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCGGCCCTTAGTCCAGAACTTCCTGCACTCCGTGAATGAATGGCTCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134591 CCGGCCCTTAGTCCAGAACTTCCTGCACTCCGTGAATGAATGGCTCAAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GGCAGAAGAGAAATAAAATTCCCTACAGTTTCTTTAAAACTGCCCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134641 GGCAGAAGAGAAATAAAATTCCCTACAGTTTCTTTAAAACTGCCCTGGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GACAGGAAAGAG         GGTGCCGTTCTTGCCAAGAAGGTGAACTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 134691 GACAGGAAAGAGGTG...CAGGGTGCCGTTCTTGCCAAGAAGGTGAACTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GATTGGCTGCCAGGGGAGTGAGCCGCATTTCCGGGGCTTTCCCTGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135490 GATTGGCTGCCAGGGGAGTGAGCCGCATTTCCGGGGCTTTCCCTGCTCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TGTGGGTTCTTTTCCACTTCTTGACTGTGCAGGCAGCTCGGCAAAATGTA
        ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135540 TGTGGGTCCTCTTCCACTTCTTGACTGTGCAGGCAGCTCGGCAAAATGTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GACCACTCACAGGAAGCAG         CCAAGGCCAAGGAGGTCCTCCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 135590 GACCACTCACAGGAAGCAGGTA...TAGCCAAGGCCAAGGAGGTCCTCCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 AGCCATCCGAGGCTACGTGCACTACTTCTTCGGCTGCCGAGACTGCGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139263 AGCCATCCGAGGCTACGTGCACTACTTCTTCGGCTGCCGAGACTGCGCTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GCCACTTCGAGCAGATGGCTGCTGCCTCCATGCACCGGGTGGGGAGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139313 GCCACTTCGAGCAGATGGCTGCTGCCTCCATGCACCGGGTGGGGAGTCCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 AACGCCGCTGTCCTCTGGCTCTGGTCTAGCCACAACAGGGTCAATGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139363 AACGCCGCTGTCCTCTGGCTCTGGTCTAGCCACAACAGGGTCAATGCTCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CCTTGCAG         GTGCCCCCAGCGAGGACCCCCAGTTCCCCAAGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 139413 CCTTGCAGGTA...TAGGTGCCCCCAGCGAGGACCCCCAGTTCCCCAAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TGCAGTGGCCACCCCGTGAACTTTGTTCTGCCTGCCACAATGAACGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141323 TGCAGTGGCCACCCCGTGAACTTTGTTCTGCCTGCCACAATGAACGCCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GATGTGCCCGTGTGGGACGTGGAAGCCACCCTCAACTTCCTCAAGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141373 GATGTGCCCGTGTGGGACGTGGAAGCCACCCTCAACTTCCTCAAGGCCCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CTTCTCCCCAAGCAACATCATCCTGGACTTCCCTGCAGCTGGGTCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141423 CTTCTCCCCAAGCAACATCATCCTGGACTTCCCTGCAGCTGGGTCAGCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 CCCGGAGGGATGTGCAGAATGTGGCAGCCGCCCCAGAGCTGGCGATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141473 CCCGGAGGGATGTGCAGAATGTGGCAGCCGCCCCAGAGCTGGCGATGGGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 GCCCTGGAGCTGGAAAGCCGGAATTCAACTCTGGACCCTGGGAAGCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141523 GCCCTGGAGCTGGAAAGCCGGAATTCAACTCTGGACCCTGGGAAGCCTGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 GATGATGAAGTCCCCCACAAACACCACCCCACATGTGCCGGCTGAGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141573 GATGATGAAGTCCCCCACAAACACCACCCCACATGTGCCGGCTGAGGGAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 CTGAGGCAAGTCGACCCCCGAAGCTGCACCCTGGCCTCAGAGCTGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141623 CTGAGGCAAGTCGACCCCCGAAGCTGCACCCTGGCCTCAGAGCTGCACCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 GGCCAGGAGCCTCCTGAGCACATGGCAGAGCTTCAGAGGAATGAGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141673 GGCCAGGAGCCTCCTGAGCACATGGCAGAGCTTCAGAGGAATGAGCAGGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 GCAGCCGCTTGGGCAGTGGCACTTGAGCAAGCGAGACACAGGGGCTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141723 GCAGCCGCTTGGGCAGTGGCACTTGAGCAAGCGAGACACAGGGGCTGCAT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 TGCTGGCTGAGTCCAGGGCTGAGAAGAACCGCCTCTGGGGCCCTTTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141773 TGCTGGCTGAGTCCAGGGCTGAGAAGAACCGCCTCTGGGGCCCTTTGGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 GTCAGGCGCGTGGGCCGCAGCTCCAAGCAGCTGGTCGACATCCCTGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141823 GTCAGGCGCGTGGGCCGCAGCTCCAAGCAGCTGGTCGACATCCCTGAGGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 CCAGCTGGAGGCCCGAGCTGGACGGGGCCGAGGCCAGTGGCTGCAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141873 CCAGCTGGAGGCCCGAGCTGGACGGGGCCGAGGCCAGTGGCTGCAGGTGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2102 TGGGAGGGGGCTTCTCTTACCTGGACATCAGCCTCTGTGTGGGGCTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141923 TGGGAGGGGGCTTCTCTTACCTGGACATCAGCCTCTGTGTGGGGCTCTAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2152 TCCCTGTCCTTCATGGGCCTGCTGGCCATGTACACCTACTTCCAGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141973 TCCCTGTCCTTCATGGGCCTGCTGGCCATGTACACCTACTTCCAGGCCAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :
   2202 GATAAGGGCCCTGAAGGGCCATGCTGGCCACCCTGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142023 GATAAGGGCCCTGAAGGGCCATGCTGGCCACCCTGCAGCC