seq1 = pF1KB4123.tfa, 1404 bp
seq2 = pF1KB4123/gi568815591f_29094942.tfa (gi568815591f:29094942_29612732), 517791 bp

>pF1KB4123 1404
>gi568815591f:29094942_29612732 (Chr7)

1-49  (100001-100049)   100% ->
50-88  (259684-259722)   100% ->
89-144  (272991-273046)   100% ->
145-176  (298738-298769)   100% ->
177-290  (303432-303545)   100% ->
291-576  (305602-305887)   100% ->
577-654  (385338-385415)   100% ->
655-739  (401011-401095)   100% ->
740-913  (404926-405099)   100% ->
914-991  (409803-409880)   100% ->
992-1129  (412287-412424)   100% ->
1130-1235  (414360-414465)   100% ->
1236-1404  (417623-417791)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCGTCCAGCAACTCCAGCCTGTCCGGCTCGTCGGTGTCCTCCG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100001 ATGGCAGCGTCCAGCAACTCCAGCCTGTCCGGCTCGTCGGTGTCCTCCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50         ATGCTGAAGAATACCAGCCTCCTATATGGAAATCATACT   
        >>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100051 TG...TAGATGCTGAAGAATACCAGCCTCCTATATGGAAATCATACTGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     89       TATATCAGTTACAGCAAGAGGCACCTCGTCCCAAGAGAATCATT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 259726 ...CAGTATATCAGTTACAGCAAGAGGCACCTCGTCCCAAGAGAATCATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TGTCCTCGGGAG         GTGGAAAACAGACCAAAATATTATGGAAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 273035 TGTCCTCGGGAGGTC...TAGGTGGAAAACAGACCAAAATATTATGGAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 AGA         GTTTCATGGGATCATCTCTCGGGAGCAGGCGGATGAGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 298767 AGAGTA...CAGGTTTCATGGGATCATCTCTCGGGAGCAGGCGGATGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    215 TTCTTGGAGGCGTGGAGGGTGCCTACATCCTTAGAGAAAGCCAGCGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303470 TTCTTGGAGGCGTGGAGGGTGCCTACATCCTTAGAGAAAGCCAGCGGCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 CCAGGATGCTACACGCTGGCTCTCAG         GTTTGGAAACCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 303520 CCAGGATGCTACACGCTGGCTCTCAGGTG...CAGGTTTGGAAACCAGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    306 CTTAAACTACAGGCTCTTCCACGACGGGAAACACTTTGTGGGTGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 305617 CTTAAACTACAGGCTCTTCCACGACGGGAAACACTTTGTGGGTGAGAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 GGTTTGAGTCGATTCATGATCTGGTGACAGATGGCTTGATAACACTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 305667 GGTTTGAGTCGATTCATGATCTGGTGACAGATGGCTTGATAACACTGTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 ATAGAAACAAAAGCTGCCGAGTACATTTCAAAAATGACAACTAACCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 305717 ATAGAAACAAAAGCTGCCGAGTACATTTCAAAAATGACAACTAACCCCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CTATGAACACATTGGATATGCCACCCTACTCAGAGAAAAAGTATCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 305767 CTATGAACACATTGGATATGCCACCCTACTCAGAGAAAAAGTATCCAGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GGCTGAGCAGGTCTAAAAATGAACCAAGAAAAACAAACGTCACACATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 305817 GGCTGAGCAGGTCTAAAAATGAACCAAGAAAAACAAACGTCACACATGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAACACACAGCGGTGGAAAAG         ATCTCCTCCCTGGTTCGAAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 305867 GAACACACAGCGGTGGAAAAGGTG...CAGATCTCCTCCCTGGTTCGAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGCTGCCCTCACACACAACGACAACCACTTCAATTATGAGAAGACACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 385358 GGCTGCCCTCACACACAACGACAACCACTTCAATTATGAGAAGACACACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACTTTAAG         GTCCACACGTTCCGAGGCCCACACTGGTGTGAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 385408 ACTTTAAGGTA...CAGGTCCACACGTTCCGAGGCCCACACTGGTGTGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TATTGTGCCAATTTCATGTGGGGGCTCATCGCCCAAGGGGTCCGGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 401044 TATTGTGCCAATTTCATGTGGGGGCTCATCGCCCAAGGGGTCCGGTGCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AG         ACTGTGGATTGAACGTACACAAACAGTGTTCCAAGCACG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 401094 AGGTA...CAGACTGTGGATTGAACGTACACAAACAGTGTTCCAAGCACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TTCCCAATGACTGCCAACCTGATCTCAAGAGGATCAAGAAAGTGTACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 404965 TTCCCAATGACTGCCAACCTGATCTCAAGAGGATCAAGAAAGTGTACTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TGTGACCTCACAACACTTGTGAAGGCTCACAACACTCAGAGACCCATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 405015 TGTGACCTCACAACACTTGTGAAGGCTCACAACACTCAGAGACCCATGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GGTAGACATATGCATTCGGGAAATTGAAGCAAGAG         GATTAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 405065 GGTAGACATATGCATTCGGGAAATTGAAGCAAGAGGTT...CAGGATTAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AATCGGAAGGCCTTTACAGAGTCTCTGGGTTCACTGAACACATTGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 409809 AATCGGAAGGCCTTTACAGAGTCTCTGGGTTCACTGAACACATTGAAGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GTCAAAATGGCATTTGACAGAG         ATGGTGAAAAGGCCGATAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 409859 GTCAAAATGGCATTTGACAGAGGTA...CAGATGGTGAAAAGGCCGATAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 ATCTGCCAATGTCTATCCAGACATAAACATCATCACTGGAGCCCTTAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 412306 ATCTGCCAATGTCTATCCAGACATAAACATCATCACTGGAGCCCTTAAAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TGTATTTCAGAGACTTACCCATCCCTGTCATCACATATGATACCTATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 412356 TGTATTTCAGAGACTTACCCATCCCTGTCATCACATATGATACCTATTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AAATTTATAGATGCAGCAA         AAATCTCCAATGCAGATGAGAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 412406 AAATTTATAGATGCAGCAAGTA...CAGAAATCTCCAATGCAGATGAGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GCTGGAAGCCGTCCATGAAGTGCTGATGCTGCTGCCTCCTGCCCACTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 414382 GCTGGAAGCCGTCCATGAAGTGCTGATGCTGCTGCCTCCTGCCCACTATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 AAACCCTCCGGTACCTAATGATCCACCTCAAAAA         GGTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 414432 AAACCCTCCGGTACCTAATGATCCACCTCAAAAAGTA...CAGGGTTACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 ATGAATGAAAAAGACAATTTCATGAATGCAGAAAATCTGGGGATCGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 417630 ATGAATGAAAAAGACAATTTCATGAATGCAGAAAATCTGGGGATCGTGTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TGGGCCCACTCTGATGAGGCCCCCTGAGGACAGCACCCTGACCACCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 417680 TGGGCCCACTCTGATGAGGCCCCCTGAGGACAGCACCCTGACCACCCTGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 ATGATATGCGGTACCAAAAGCTGATTGTGCAGATTTTAATAGAAAACGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 417730 ATGATATGCGGTACCAAAAGCTGATTGTGCAGATTTTAATAGAAAACGAA

   1500     .    :
   1393 GACGTTTTATTC
        ||||||||||||
 417780 GACGTTTTATTC