seq1 = pF1KB4115.tfa, 2814 bp
seq2 = pF1KB4115/gi568815581f_63687050.tfa (gi568815581f:63687050_63918395), 231346 bp

>pF1KB4115 2814
>gi568815581f:63687050_63918395 (Chr17)

1-221  (100001-100221)   100% ->
222-378  (105363-105517)   98% ->
379-434  (110995-111050)   100% ->
435-471  (112540-112576)   100% ->
472-621  (113419-113568)   100% ->
622-726  (118022-118126)   100% ->
727-846  (119486-119605)   100% ->
847-1023  (120675-120851)   100% ->
1024-1152  (121771-121899)   100% ->
1153-1252  (122511-122610)   100% ->
1253-1300  (123464-123511)   100% ->
1301-1398  (124027-124124)   100% ->
1399-1675  (124883-125159)   100% ->
1676-1902  (126179-126405)   100% ->
1903-2013  (128514-128624)   100% ->
2014-2112  (129819-129917)   100% ->
2113-2814  (130645-131346)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACTGGAATAAAGGTGGTCCTGGCACTAAGCGAGGATTTGGCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACTGGAATAAAGGTGGTCCTGGCACTAAGCGAGGATTTGGCTTTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGTTTTGCCATCAGTGCTGGGAAAAAGGAGGAACCCAAACTCCCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGTTTTGCCATCAGTGCTGGGAAAAAGGAGGAACCCAAACTCCCACAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTCCCACAGTGCCTTTGGGGCAACCAGCTCTTCTTCTGGATTTGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTCCCACAGTGCCTTTGGGGCAACCAGCTCTTCTTCTGGATTTGGAAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCAGCTCCACCACAGCTTCCTTCTTTCTACAAAATTGGATCTAAGCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCAGCTCCACCACAGCTTCCTTCTTTCTACAAAATTGGATCTAAGCGGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAACTTTGATGAAGAAAATGC         CTATTTTGAAGATGAGGAAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100201 CAACTTTGATGAAGAAAATGCGTA...CAGCTATTTTGAAGATGAGGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGATTCTAGCAACGTTGATTTACCTTACATTCCTGCTGAAAACTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105383 AAGATTCTAGCAACGTTGATTTACCTTACATTCCTGCTGAAAACTCACCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACTCGCCAGCAATTCCATTCCAAGCCAGTAGATTCTGACAGCGATGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105433 ACTCGCCAGCAATTCCATTCCAAGCCAGTAGATTCTGACAGCGATGATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TCCCTTGGAGGCATTCATGGCTGAAGTGGAGGATCAG         GCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||--|| >>>...>>>||||
 105483 TCCCTTGGAGGCATTCATGGCTGAAGTGGAGG  CAAGTA...CAGGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTAGAGACATGAAGAGGCTTGAAGAAAAGGACAAGGAAAGAAAAAACGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110999 CTAGAGACATGAAGAGGCTTGAAGAAAAGGACAAGGAAAGAAAAAACGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AA         GGGTATTCGAGATGACATTGAAGAGGAAGATGACCAA  
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 111049 AAGTA...CAGGGGTATTCGAGATGACATTGAAGAGGAAGATGACCAAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    472        GAAGCTTATTTTCGATACATGGCAGAAAACCCAACTGCTGGTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112579 G...CAGGAAGCTTATTTTCGATACATGGCAGAAAACCCAACTGCTGGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGGTTCAGGAGGAAGAGGAAGACAATCTAGAATATGATAGTGACGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113462 TGGTTCAGGAGGAAGAGGAAGACAATCTAGAATATGATAGTGACGGAAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCAATTGCACCTACCAAAAAAATCATTGATCCTCTTCCCCCCATTGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113512 CCAATTGCACCTACCAAAAAAATCATTGATCCTCTTCCCCCCATTGATCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TTCAGAG         ATTGACTATCCACCATTTGAAAAAAACTTTTACA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113562 TTCAGAGGTA...CAGATTGACTATCCACCATTTGAAAAAAACTTTTACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATGAGCATGAAGAGATAACCAACCTCACTCCACAGCAGTTAATAGATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118056 ATGAGCATGAAGAGATAACCAACCTCACTCCACAGCAGTTAATAGATCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CGGCATAAGCTCAATCTTCGG         GTCTCTGGTGCTGCACCTCC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 118106 CGGCATAAGCTCAATCTTCGGGTA...TAGGTCTCTGGTGCTGCACCTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TAGACCAGGAAGTAGCTTTGCTCATTTTGGGTTTGACGAACAACTTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119506 TAGACCAGGAAGTAGCTTTGCTCATTTTGGGTTTGACGAACAACTTATGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACCAGATTCGGAAATCTGAATACACACAGCCCACTCCAATACAGTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119556 ACCAGATTCGGAAATCTGAATACACACAGCCCACTCCAATACAGTGCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847          GGTGTGCCTGTGGCATTAAGTGGTAGAGACATGATTGGTAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119606 GTA...CAGGGTGTGCCTGTGGCATTAAGTGGTAGAGACATGATTGGTAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGCCAAAACAGGTAGTGGGAAAACTGCAGCCTTCATTTGGCCCATGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120716 TGCCAAAACAGGTAGTGGGAAAACTGCAGCCTTCATTTGGCCCATGTTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTCATATAATGGACCAGAAGGAGTTGGAACCAGGTGATGGACCAATTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120766 TTCATATAATGGACCAGAAGGAGTTGGAACCAGGTGATGGACCAATTGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GTGATTGTGTGTCCTACCAGGGAGCTTTGCCAGCAG         ATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 120816 GTGATTGTGTGTCCTACCAGGGAGCTTTGCCAGCAGGTA...TAGATCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGCAGAATGTAAGCGGTTTGGAAAAGCATATAATCTTCGATCAGTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121776 TGCAGAATGTAAGCGGTTTGGAAAAGCATATAATCTTCGATCAGTGGCCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TATATGGAGGAGGGAGTATGTGGGAGCAGGCCAAGGCCCTTCAGGAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121826 TATATGGAGGAGGGAGTATGTGGGAGCAGGCCAAGGCCCTTCAGGAGGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GCAGAGATTGTTGTGTGTACCCCA         GGTCGACTGATAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 121876 GCAGAGATTGTTGTGTGTACCCCAGTA...TAGGGTCGACTGATAGATCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TGTGAAAAAGAAAGCTACCAATCTTCAAAGAGTCTCTTACCTTGTGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122528 TGTGAAAAAGAAAGCTACCAATCTTCAAAGAGTCTCTTACCTTGTGTTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ATGAAGCAGATCGAATGTTTGACATGGGATTTG         AGTACCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 122578 ATGAAGCAGATCGAATGTTTGACATGGGATTTGGTA...CAGAGTACCAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GTTCGATCCATAGCAAGTCATGTTCGTCCTGACAGGCAGA         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 123472 GTTCGATCCATAGCAAGTCATGTTCGTCCTGACAGGCAGAGTA...TAGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TCTCTTATTTAGTGCAACTTTTCGGAAGAAGATTGAAAAGTTGGCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124028 TCTCTTATTTAGTGCAACTTTTCGGAAGAAGATTGAAAAGTTGGCCAGAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 ACATCCTGATCGACCCTATTCGAGTGGTGCAGGGAGATATTGGAGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 124078 ACATCCTGATCGACCCTATTCGAGTGGTGCAGGGAGATATTGGAGAGGTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1399       GCAAATGAAGATGTGACACAGATTGTGGAGATTCTCCATTCTGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124128 ...CAGGCAAATGAAGATGTGACACAGATTGTGGAGATTCTCCATTCTGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 ACCTAGTAAATGGAACTGGCTTACCCGGCGTCTGGTAGAATTTACCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124927 ACCTAGTAAATGGAACTGGCTTACCCGGCGTCTGGTAGAATTTACCTCTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CAGGGAGTGTCCTCCTCTTTGTTACTAAAAAAGCCAATGCTGAAGAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124977 CAGGGAGTGTCCTCCTCTTTGTTACTAAAAAAGCCAATGCTGAAGAGCTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GCGAATAACCTTAAACAGGAGGGTCATAATCTTGGGCTGCTCCATGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125027 GCGAATAACCTTAAACAGGAGGGTCATAATCTTGGGCTGCTCCATGGGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TATGGATCAGAGTGAGAGAAACAAGGTCATTTCAGACTTTAAGAAAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125077 TATGGATCAGAGTGAGAGAAACAAGGTCATTTCAGACTTTAAGAAAAAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 ACATCCCAGTCCTGGTGGCCACAGATGTTGCAG         CCCGTGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 125127 ACATCCCAGTCCTGGTGGCCACAGATGTTGCAGGTA...CAGCCCGTGGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 CTGGACATTCCTTCAATTAAGACTGTCATTAACTATGATGTGGCACGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126187 CTGGACATTCCTTCAATTAAGACTGTCATTAACTATGATGTGGCACGAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 CATTGATACCCACACGCATAGGATTGGCCGCACAGGAAGAGCGGGTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126237 CATTGATACCCACACGCATAGGATTGGCCGCACAGGAAGAGCGGGTGAGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 AAGGTGTGGCCTATACCCTACTCACTCCCAAGGACAGCAATTTTGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126287 AAGGTGTGGCCTATACCCTACTCACTCCCAAGGACAGCAATTTTGCTGGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 GACCTGGTCCGGAACTTGGAAGGAGCCAATCAACACGTTTCTAAGGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126337 GACCTGGTCCGGAACTTGGAAGGAGCCAATCAACACGTTTCTAAGGAACT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 CCTAGATCTGGCAATGCAG         AATGCCTGGTTTCGGAAATCTC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 126387 CCTAGATCTGGCAATGCAGGTG...CAGAATGCCTGGTTTCGGAAATCTC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 GATTCAAAGGAGGGAAAGGAAAAAAGCTGAACATTGGTGGAGGAGGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128536 GATTCAAAGGAGGGAAAGGAAAAAAGCTGAACATTGGTGGAGGAGGCCTA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 GGCTACAGGGAGCGGCCTGGCCTGGGCTCTGAGAACATG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 128586 GGCTACAGGGAGCGGCCTGGCCTGGGCTCTGAGAACATGGTG...TAGGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 TCGAGGAAATAACAATGTAATGAGCAATTATGAGGCCTACAAGCCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129821 TCGAGGAAATAACAATGTAATGAGCAATTATGAGGCCTACAAGCCTTCCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 CAGGAGCTATGGGAGATCGACTAACGGCAATGAAAGCAGCTTTCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 129871 CAGGAGCTATGGGAGATCGACTAACGGCAATGAAAGCAGCTTTCCAGGTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2113       TCACAGTACAAGAGTCACTTTGTTGCAGCCAGTTTAAGTAATCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129921 ...CAGTCACAGTACAAGAGTCACTTTGTTGCAGCCAGTTTAAGTAATCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 GAAGGCTGGAAGTTCTGCTGCTGGGGCAAGTGGGTGGACTAGTGCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130689 GAAGGCTGGAAGTTCTGCTGCTGGGGCAAGTGGGTGGACTAGTGCAGGGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 GCTTGAATTCTGTTCCAACTAACTCAGCACAACAGGGCCATAACAGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130739 GCTTGAATTCTGTTCCAACTAACTCAGCACAACAGGGCCATAACAGTCCT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 GACAGCCCCGTCACCAGTGCCGCCAAGGGCATCCCAGGCTTTGGCAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130789 GACAGCCCCGTCACCAGTGCCGCCAAGGGCATCCCAGGCTTTGGCAATAC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2307 TGGCAACATCAGTGGTGCCCCTGTGACCTACCCGTCTGCCGGAGCCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130839 TGGCAACATCAGTGGTGCCCCTGTGACCTACCCGTCTGCCGGAGCCCAAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2357 GAGTCAACAACACAGCTTCAGGGAATAACAGCCGAGAAGGGACTGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130889 GAGTCAACAACACAGCTTCAGGGAATAACAGCCGAGAAGGGACTGGGGGC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2407 AGCAACGGGAAAAGAGAGAGATATACTGAGAACCGGGGCAGCAGCCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130939 AGCAACGGGAAAAGAGAGAGATATACTGAGAACCGGGGCAGCAGCCGTCA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2457 CAGTCACGGAGAGACTGGCAATCGGCATAGCGATAGTCCACGTCACGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130989 CAGTCACGGAGAGACTGGCAATCGGCATAGCGATAGTCCACGTCACGGAG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2507 ATGGTGGTCGCCATGGAGATGGATACCGCCATCCAGAAAGCAGCAGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131039 ATGGTGGTCGCCATGGAGATGGATACCGCCATCCAGAAAGCAGCAGCCGT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2557 CATACTGATGGCCATCGGCACGGGGAGAACAGACATGGAGGAAGCGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131089 CATACTGATGGCCATCGGCACGGGGAGAACAGACATGGAGGAAGCGCAGG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2607 CCGGCATGGGGAGAACCGGGGTGCAAATGATGGTCGGAATGGGGAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131139 CCGGCATGGGGAGAACCGGGGTGCAAATGATGGTCGGAATGGGGAAAGCA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2657 GGAAAGAAGCTTTTAATCGTGAGAGCAAGATGGAGCCCAAGATGGAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131189 GGAAAGAAGCTTTTAATCGTGAGAGCAAGATGGAGCCCAAGATGGAACCC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2707 AAAGTGGACAGCAGCAAGATGGACAAGGTGGACAGCAAGACAGATAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131239 AAAGTGGACAGCAGCAAGATGGACAAGGTGGACAGCAAGACAGATAAGAC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2757 AGCTGACGGCTTTGCTGTCCCAGAGCCGCCTAAACGCAAGAAAAGTCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131289 AGCTGACGGCTTTGCTGTCCCAGAGCCGCCTAAACGCAAGAAAAGTCGAT

   2950     .
   2807 GGGACAGT
        ||||||||
 131339 GGGACAGT