seq1 = pF1KB4102.tfa, 2145 bp
seq2 = pF1KB4102/gi568815595r_48574547.tfa (gi568815595r:48574547_48785807), 211261 bp

>pF1KB4102 2145
>gi568815595r:48574547_48785807 (Chr3)

(complement)

1-171  (100001-100171)   100% ->
172-281  (102796-102905)   100% ->
282-486  (103256-103460)   100% ->
487-577  (103673-103763)   100% ->
578-1071  (104028-104521)   100% ->
1072-1242  (105579-105749)   100% ->
1243-1329  (105921-106007)   100% ->
1330-1468  (106095-106233)   100% ->
1469-1549  (106351-106431)   100% ->
1550-1678  (106625-106753)   100% ->
1679-1771  (106839-106931)   100% ->
1772-1944  (107072-107244)   100% ->
1945-2145  (111061-111261)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTACCGCGCGCTGTACGCGTTCCGCTCGGCGGAGCCCAACGCGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTACCGCGCGCTGTACGCGTTCCGCTCGGCGGAGCCCAACGCGCTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTCGCCGCGGGCGAGACCTTCCTGGTGCTAGAGCGAAGCAGCGCGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTCGCCGCGGGCGAGACCTTCCTGGTGCTAGAGCGAAGCAGCGCGCACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGTGGCTGGCCGCGCGGGCGCGCAGTGGTGAGACGGGCTACGTGCCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGTGGCTGGCCGCGCGGGCGCGCAGTGGTGAGACGGGCTACGTGCCGCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCTACCTGCGCCGCCTGCAG         GGCCTGGAGCAGGATGTCCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100151 GCCTACCTGCGCCGCCTGCAGGTG...CAGGGCCTGGAGCAGGATGTCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCAGGCCATTGACCGGGCCATCGAGGCTGTACACAACACAGCCATGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102816 CCAGGCCATTGACCGGGCCATCGAGGCTGTACACAACACAGCCATGCGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGGTGGCAAGTACAGCCTGGAACAGCGTGGAGTCCTCCA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 102866 ATGGTGGCAAGTACAGCCTGGAACAGCGTGGAGTCCTCCAGTG...CAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGCTGATCCACCACCGGAAAGAGACCCTGTCACGCAGAGGCCCTTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103257 AAGCTGATCCACCACCGGAAAGAGACCCTGTCACGCAGAGGCCCTTCAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTCCAGTGTTGCAGTTATGACCTCATCAACCAGTGACCACCACTTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103307 CTCCAGTGTTGCAGTTATGACCTCATCAACCAGTGACCACCACTTGGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTGCTGCAGCCAGGCAGCCCAATGGGGTGTGTCGAGCTGGGTTCGAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103357 CTGCTGCAGCCAGGCAGCCCAATGGGGTGTGTCGAGCTGGGTTCGAGCGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGCACAGCCTACCCAGTTCTGAGCATCTTGGGGCAGATGGAGGCCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103407 CAGCACAGCCTACCCAGTTCTGAGCATCTTGGGGCAGATGGAGGCCTCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCAG         ATCCCACCACAGCCTCGCCGAGCAGCACCCACCACAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103457 CCAGGTG...CAGATCCCACCACAGCCTCGCCGAGCAGCACCCACCACAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CGCCCCCACCAGTGAAGCGCCGAGACCGCGAGGCCCTGATGGCCTCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103710 CGCCCCCACCAGTGAAGCGCCGAGACCGCGAGGCCCTGATGGCCTCTGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AGTG         GTGGCCACAACACCATGCCCTCCGGGGGTAACTCTGT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103760 AGTGGTA...CAGGTGGCCACAACACCATGCCCTCCGGGGGTAACTCTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GTCCAGCGGCTCCTCAGTCAGCAGCACCTCCCTGGACACGCTCTATACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104065 GTCCAGCGGCTCCTCAGTCAGCAGCACCTCCCTGGACACGCTCTATACCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCTCCAGCCCATCTGAACCAGGCTCCAGCTGCTCACCCACACCCCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104115 GCTCCAGCCCATCTGAACCAGGCTCCAGCTGCTCACCCACACCCCCACCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTGCCCCGCCGAGGCACCCACACCACCGTGTCCCAAGTCCAGCCCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104165 GTGCCCCGCCGAGGCACCCACACCACCGTGTCCCAAGTCCAGCCCCCTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CTCCAAGGCATCAGCACCTGAACCCCCTGCAGAAGAAGAAGTGGCAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104215 CTCCAAGGCATCAGCACCTGAACCCCCTGCAGAAGAAGAAGTGGCAACTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GTACAACCTCAGCCTCTGATGACCTGGAAGCCCTGGGTACACTGAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104265 GTACAACCTCAGCCTCTGATGACCTGGAAGCCCTGGGTACACTGAGCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GGGACCACAGAGGAGAAGGCAGCAGCTGAGGCGGCTGTGCCCAGGACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104315 GGGACCACAGAGGAGAAGGCAGCAGCTGAGGCGGCTGTGCCCAGGACCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TGGGGCCGAGCTGATGGAGCTGGTGCGGAGAAACACTGGCCTGAGCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104365 TGGGGCCGAGCTGATGGAGCTGGTGCGGAGAAACACTGGCCTGAGCCACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AATTATGCCGGGTGGCCATCGGCATCATAGTGGGTCACATCCAGGCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104415 AATTATGCCGGGTGGCCATCGGCATCATAGTGGGTCACATCCAGGCCTCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GTGCCGGCCAGCTCACCAGTCATGGAGCAGGTCCTCCTCTCACTCGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104465 GTGCCGGCCAGCTCACCAGTCATGGAGCAGGTCCTCCTCTCACTCGTAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GGGCAAG         GACCTCAGCATGGCCCTGCCCTCAGGGCAGGTCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104515 GGGCAAGGTG...TAGGACCTCAGCATGGCCCTGCCCTCAGGGCAGGTCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 GCCACGACCAGCAGAGGCTGGAGGTGATCTTTGCAGACCTGGCTCGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105613 GCCACGACCAGCAGAGGCTGGAGGTGATCTTTGCAGACCTGGCTCGCCGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 AAGGACGACGCCCAGCAGCGCAGTTGGGCACTATATGAGGATGAGGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105663 AAGGACGACGCCCAGCAGCGCAGTTGGGCACTATATGAGGATGAGGGTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CATCCGCTGCTACCTAGAGGAGCTGCTGCATATTCTG         ACTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 105713 CATCCGCTGCTACCTAGAGGAGCTGCTGCATATTCTGGTA...TAGACTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 ATGCAGACCCTGAAGTTTGCAAGAAAATGTGCAAGAGAAACGAGTTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105925 ATGCAGACCCTGAAGTTTGCAAGAAAATGTGCAAGAGAAACGAGTTCGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 TCTGTCCTGGCCTTGGTGGCCTATTACCAAATG         GAACACCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 105975 TCTGTCCTGGCCTTGGTGGCCTATTACCAAATGGTA...CAGGAACACCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 AGCATCACTGCGGCTGCTGCTCCTCAAGTGCTTTGGCGCCATGTGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106103 AGCATCACTGCGGCTGCTGCTCCTCAAGTGCTTTGGCGCCATGTGCAGCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TGGATGCAGCCATCATCTCCACGCTTGTGTCATCCGTGCTGCCTGTAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106153 TGGATGCAGCCATCATCTCCACGCTTGTGTCATCCGTGCTGCCTGTAGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 CTGGCGAGGGACATGCAGACAGACACGCAGG         ACCACCAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 106203 CTGGCGAGGGACATGCAGACAGACACGCAGGGTG...CAGACCACCAGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 ACTCTGTTACTCTGCCCTCATCCTGGCCATGGTCTTCTCCATGGGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106361 ACTCTGTTACTCTGCCCTCATCCTGGCCATGGTCTTCTCCATGGGAGAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 CAGTGCCCTATGCACACTATG         AGCACCTGGGCACGCCTTTC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 106411 CAGTGCCCTATGCACACTATGGTA...CAGAGCACCTGGGCACGCCTTTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GCCCAGTTCCTACTGAACATCGTCGAGGATGGGCTGCCCTTGGACACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106645 GCCCAGTTCCTACTGAACATCGTCGAGGATGGGCTGCCCTTGGACACCAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 AGAGCAGCTGCCGGACCTCTGCGTGAACCTGCTTCTGGCTCTCAACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106695 AGAGCAGCTGCCGGACCTCTGCGTGAACCTGCTTCTGGCTCTCAACCTGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 ACCTGCCAG         CTGCTGACCAGAATGTCATCATGGCTGCCCTG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 106745 ACCTGCCAGGTG...TAGCTGCTGACCAGAATGTCATCATGGCTGCCCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 AGCAAACACGCCAATGTCAAGATCTTCTCCGAGAAGCTGTTGTTGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106871 AGCAAACACGCCAATGTCAAGATCTTCTCCGAGAAGCTGTTGTTGCTCCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 GAACAGAGGGG         ATGACCCTGTGCGCATCTTCAAACATGAGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 106921 GAACAGAGGGGGTG...TAGATGACCCTGTGCGCATCTTCAAACATGAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 CACAGCCACCACACTCTGTCCTCAAGTTCCTGCAGGACGTGTTTGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107102 CACAGCCACCACACTCTGTCCTCAAGTTCCTGCAGGACGTGTTTGGCAGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 CCGGCCACAGCTGCCATCTTCTACCACACAGACATGATGGCTCTCATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107152 CCGGCCACAGCTGCCATCTTCTACCACACAGACATGATGGCTCTCATTGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 CATCACTGTGCGGCACATCGCAGACCTGTCACCAGGAGACAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 107202 CATCACTGTGCGGCACATCGCAGACCTGTCACCAGGAGACAAGGTG...C

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1945   CTGCGCATGGAGTACCTCTCCCTGATGCATGCTATAGTCCGCACCACA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111059 AGCTGCGCATGGAGTACCTCTCCCTGATGCATGCTATAGTCCGCACCACA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 CCCTACCTGCAGCACCGCCACCGGCTACCCGACCTGCAGGCCATACTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111109 CCCTACCTGCAGCACCGCCACCGGCTACCCGACCTGCAGGCCATACTGCG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 ACGCATCCTGAATGAGGAGGAGACCTCACCCCAGTGCCAGATGGACCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111159 ACGCATCCTGAATGAGGAGGAGACCTCACCCCAGTGCCAGATGGACCGCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 TGATTGTCCGAGAGATGTGCAAGGAATTCCTGGTGCTGGGGGAGGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111209 TGATTGTCCGAGAGATGTGCAAGGAATTCCTGGTGCTGGGGGAGGCTCCC

   2250 
   2143 AGC
        |||
 111259 AGC