seq1 = pF1KB4099.tfa, 1356 bp
seq2 = pF1KB4099/gi568815575f_14430058.tfa (gi568815575f:14430058_14830482), 400425 bp

>pF1KB4099 1356
>gi568815575f:14430058_14830482 (ChrX)

1-68  (100001-100068)   100% ->
69-202  (102182-102315)   100% ->
203-270  (144276-144343)   100% ->
271-494  (151126-151349)   100% ->
495-577  (174258-174340)   98% ->
578-715  (177074-177211)   100% ->
716-930  (178934-179148)   100% ->
931-1080  (260653-260802)   100% ->
1081-1356  (300150-300425)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACCGGCAGCTAGTGAACATTTTGACAGCCTTGTTTGCATTTTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACCGGCAGCTAGTGAACATTTTGACAGCCTTGTTTGCATTTTTCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAGACAAACCACTTCAG         GACGGCTTTCTGCAAAGACCATG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100051 AGAGACAAACCACTTCAGGTA...TAGGACGGCTTTCTGCAAAGACCATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACTCCAGGTCTGGAAAACAACCTTCACAGACCCTATCTCCTTCAGATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102205 ACTCCAGGTCTGGAAAACAACCTTCACAGACCCTATCTCCTTCAGATTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTGGACAAGTTAATGGGAAGGACATCAGGATATGATGCAAGAATCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102255 TTGGACAAGTTAATGGGAAGGACATCAGGATATGATGCAAGAATCAGGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAATTTTAAAG         GTCCTCCAGTAAACGTTACTTGCAATATTT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102305 AAATTTTAAAGGTA...CAGGTCCTCCAGTAAACGTTACTTGCAATATTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTATCAACAGTTTTGGATCAGTCACAGAAACGACCATG         GAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 144306 TTATCAACAGTTTTGGATCAGTCACAGAAACGACCATGGTA...TAGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TACCGAGTGAATATTTTTCTGAGACAACAGTGGAATGATTCACGGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151129 TACCGAGTGAATATTTTTCTGAGACAACAGTGGAATGATTCACGGCTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTACAGTGAGTACCCAGATGACTCCCTGGACTTGGACCCATCCATGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151179 GTACAGTGAGTACCCAGATGACTCCCTGGACTTGGACCCATCCATGCTAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACTCCATTTGGAAACCAGATTTGTTCTTTGCCAATGAGAAGGGTGCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151229 ACTCCATTTGGAAACCAGATTTGTTCTTTGCCAATGAGAAGGGTGCCAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTCCACGATGTCACCACTGACAACAAATTGCTACGGATTTCGAAAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151279 TTCCACGATGTCACCACTGACAACAAATTGCTACGGATTTCGAAAAATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAAAGTGCTCTACAGTATCAG         ACTCACCTTGACTTTATCCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||| |||||||
 151329 CAAAGTGCTCTACAGTATCAGGTA...AAGACTCACCTTGACCTTATCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTCCCATGGACTTGAAGAACTTTCCGATGGATGTCCAGACCTGTACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174278 GTCCCATGGACTTGAAGAACTTTCCGATGGATGTCCAGACCTGTACAATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAGCTGGAGAGTT         TTGGGTACACGATGAATGACCTGATATT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 174328 CAGCTGGAGAGTTGTA...CAGTTGGGTACACGATGAATGACCTGATATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGAGTGGTTAAGTGATGGTCCAGTGCAAGTTGCTGAAGGATTGACCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177102 TGAGTGGTTAAGTGATGGTCCAGTGCAAGTTGCTGAAGGATTGACCCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCCAGTTTATTTTGAAAGAAGAGAAGGAACTTGGCTACTGTACAAAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177152 CCCAGTTTATTTTGAAAGAAGAGAAGGAACTTGGCTACTGTACAAAGCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TACAACACTG         GAAAGTTTACCTGCATTGAGGTCAAGTTTCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 177202 TACAACACTGGTA...TAGGAAAGTTTACCTGCATTGAGGTCAAGTTTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TCTGGAACGCCAAATGGGATATTATTTGATCCAGATGTACATCCCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178965 TCTGGAACGCCAAATGGGATATTATTTGATCCAGATGTACATCCCAAGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGCTTATAGTAATTTTGTCCTGGGTTTCCTTTTGGATAAATATGGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179015 TGCTTATAGTAATTTTGTCCTGGGTTTCCTTTTGGATAAATATGGATGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCCCCTGCCAGGGTCGCACTGGGCATCACCACAGTCTTAACGATGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179065 GCCCCTGCCAGGGTCGCACTGGGCATCACCACAGTCTTAACGATGACCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCAGAGTTCAGGCTCCAGGGCATCTCTGCCAAAG         GTCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 179115 CCAGAGTTCAGGCTCCAGGGCATCTCTGCCAAAGGTA...CAGGTCTCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATGTAAAAGCGATTGACATCTGGATGGCGGTGTGCCTTCTGTTTGTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 260660 ATGTAAAAGCGATTGACATCTGGATGGCGGTGTGCCTTCTGTTTGTGTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GCTGCCTTACTGGAATACGCAGCGGTGAACTTCGTCTCCAGGCAACACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 260710 GCTGCCTTACTGGAATACGCAGCGGTGAACTTCGTCTCCAGGCAACACAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGAGTTCCTGCGCCTCCGAAGAAGACAGAAGAGGCAGAATAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 260760 GGAGTTCCTGCGCCTCCGAAGAAGACAGAAGAGGCAGAATAAGGTA...C

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1081   GAAGAAGACGTTACTCGTGAAAGTCGTTTTAATTTTAGCGGTTATGGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 300148 AGGAAGAAGACGTTACTCGTGAAAGTCGTTTTAATTTTAGCGGTTATGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ATGGGTCACTGCCTCCAAGTGAAAGATGGAACAGCTGTCAAGGCCACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 300198 ATGGGTCACTGCCTCCAAGTGAAAGATGGAACAGCTGTCAAGGCCACACC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGCCAACCCACTCCCACAACCGCCAAAAGATGGAGATGCTATCAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 300248 TGCCAACCCACTCCCACAACCGCCAAAAGATGGAGATGCTATCAAGAAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGTTTGTGGACCGGGCAAAAAGGATTGACACGATATCTCGAGCTGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 300298 AGTTTGTGGACCGGGCAAAAAGGATTGACACGATATCTCGAGCTGCCTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CCATTGGCCTTCCTCATTTTCAACATCTTTTACTGGATCACATACAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 300348 CCATTGGCCTTCCTCATTTTCAACATCTTTTACTGGATCACATACAAGAT

   1400     .    :    .    :    .
   1329 CATTCGGCATGAAGATGTCCACAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||
 300398 CATTCGGCATGAAGATGTCCACAAGAAA