seq1 = pF1KB4086.tfa, 1560 bp
seq2 = pF1KB4086/gi568815593r_43191134.tfa (gi568815593r:43191134_43398965), 207832 bp

>pF1KB4086 1560
>gi568815593r:43191134_43398965 (Chr5)

(complement)

1-448  (100001-100448)   100% ->
449-574  (100832-100957)   100% ->
575-739  (101800-101964)   100% ->
740-905  (103049-103214)   100% ->
906-1076  (104105-104275)   100% ->
1077-1183  (104804-104910)   100% ->
1184-1309  (105993-106118)   100% ->
1310-1473  (106329-106492)   100% ->
1474-1560  (107746-107832)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTGGATCACTTCCTTTGAATGCAGAAGCTTGCTGGCCAAAAGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTGGATCACTTCCTTTGAATGCAGAAGCTTGCTGGCCAAAAGATGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGAATTGTTGCCCTTGAGATCTATTTTCCTTCTCAATATGTTGATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGAATTGTTGCCCTTGAGATCTATTTTCCTTCTCAATATGTTGATCAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGAGTTGGAAAAATATGATGGTGTAGATGCTGGAAAGTATACCATTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGAGTTGGAAAAATATGATGGTGTAGATGCTGGAAAGTATACCATTGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTGGGCCAGGCCAAGATGGGCTTCTGCACAGATAGAGAAGATATTAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTGGGCCAGGCCAAGATGGGCTTCTGCACAGATAGAGAAGATATTAACTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCTTTGCATGACTGTGGTTCAGAATCTTATGGAGAGAAATAACCTTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCTTTGCATGACTGTGGTTCAGAATCTTATGGAGAGAAATAACCTTTCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATGATTGCATTGGGCGGCTGGAAGTTGGAACAGAGACAATCATCGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATGATTGCATTGGGCGGCTGGAAGTTGGAACAGAGACAATCATCGACAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCAAAGTCTGTGAAGACTAATTTGATGCAGCTGTTTGAAGAGTCTGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TCAAAGTCTGTGAAGACTAATTTGATGCAGCTGTTTGAAGAGTCTGGGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TACAGATATAGAAGGAATCGACACAACTAATGCATGCTATGGAGGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TACAGATATAGAAGGAATCGACACAACTAATGCATGCTATGGAGGCACAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTGCTGTCTTCAATGCTGTTAACTGGATTGAGTCCAGCTCTTGGGATG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100401 CTGCTGTCTTCAATGCTGTTAACTGGATTGAGTCCAGCTCTTGGGATGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    449        GACGGTATGCCCTGGTAGTTGCAGGAGATATTGCTGTATATGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 A...CAGGACGGTATGCCCTGGTAGTTGCAGGAGATATTGCTGTATATGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CACAGGAAATGCTAGACCTACAGGTGGAGTTGGAGCAGTAGCTCTGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100875 CACAGGAAATGCTAGACCTACAGGTGGAGTTGGAGCAGTAGCTCTGCTAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TTGGGCCAAATGCTCCTTTAATTTTTGAACGAG         GGCTTCGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100925 TTGGGCCAAATGCTCCTTTAATTTTTGAACGAGGTA...TAGGGCTTCGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GGGACACATATGCAACATGCCTATGATTTTTACAAGCCTGATATGCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101808 GGGACACATATGCAACATGCCTATGATTTTTACAAGCCTGATATGCTATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGAATATCCTATAGTAGATGGAAAACTCTCCATACAGTGCTACCTCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101858 TGAATATCCTATAGTAGATGGAAAACTCTCCATACAGTGCTACCTCAGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CATTAGACCGCTGCTATTCTGTCTACTGCAAAAAGATCCATGCCCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101908 CATTAGACCGCTGCTATTCTGTCTACTGCAAAAAGATCCATGCCCAGTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CAGAAAG         AGGGAAATGATAAAGATTTTACCTTGAATGATTT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101958 CAGAAAGGTA...CAGAGGGAAATGATAAAGATTTTACCTTGAATGATTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGGCTTCATGATCTTTCACTCACCATATTGTAAACTGGTTCAGAAATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103083 TGGCTTCATGATCTTTCACTCACCATATTGTAAACTGGTTCAGAAATCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TAGCTCGGATGTTGCTGAATGACTTCCTTAATGACCAGAATAGAGATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103133 TAGCTCGGATGTTGCTGAATGACTTCCTTAATGACCAGAATAGAGATAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 AATAGTATCTATAGTGGCCTGGAAGCCTTTGG         GGATGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 103183 AATAGTATCTATAGTGGCCTGGAAGCCTTTGGGTA...CAGGGATGTTAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 ATTAGAAGACACCTACTTTGATAGAGATGTGGAGAAGGCATTTATGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104114 ATTAGAAGACACCTACTTTGATAGAGATGTGGAGAAGGCATTTATGAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CTAGCTCTGAACTCTTCAGTCAGAAAACAAAGGCATCTTTACTTGTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104164 CTAGCTCTGAACTCTTCAGTCAGAAAACAAAGGCATCTTTACTTGTATCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 AATCAAAATGGAAATATGTACACATCTTCAGTATATGGTTCCCTTGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104214 AATCAAAATGGAAATATGTACACATCTTCAGTATATGGTTCCCTTGCATC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TGTTCTAGCACA         GTACTCACCTCAGCAATTAGCAGGGAAGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 104264 TGTTCTAGCACAGTA...TAGGTACTCACCTCAGCAATTAGCAGGGAAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 GAATTGGAGTGTTTTCTTATGGTTCTGGTTTGGCTGCCACTCTGTACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104833 GAATTGGAGTGTTTTCTTATGGTTCTGGTTTGGCTGCCACTCTGTACTCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CTTAAAGTCACACAAGATGCTACACCGG         GGTCTGCTCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 104883 CTTAAAGTCACACAAGATGCTACACCGGGTA...TAGGGTCTGCTCTTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TAAAATAACAGCAAGTTTATGTGATCTTAAATCAAGGCTTGATTCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106006 TAAAATAACAGCAAGTTTATGTGATCTTAAATCAAGGCTTGATTCAAGAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CTGGTGTGGCACCAGATGTCTTCGCTGAAAACATGAAGCTCAGAGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106056 CTGGTGTGGCACCAGATGTCTTCGCTGAAAACATGAAGCTCAGAGAGGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 ACCCATCATTTGG         TCAACTATATTCCCCAGGGTTCAATAGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 106106 ACCCATCATTTGGGTA...TAGTCAACTATATTCCCCAGGGTTCAATAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 TTCACTCTTTGAAGGAACGTGGTACTTAGTTAGGGTGGATGAAAAGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106357 TTCACTCTTTGAAGGAACGTGGTACTTAGTTAGGGTGGATGAAAAGCACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 GAAGAACTTACGCTCGGCGTCCCACTCCAAATGATGACACTTTGGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106407 GAAGAACTTACGCTCGGCGTCCCACTCCAAATGATGACACTTTGGATGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 GGAGTAGGACTTGTGCATTCAAACATAGCAACTGAG         CATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 106457 GGAGTAGGACTTGTGCATTCAAACATAGCAACTGAGGTA...TAGCATAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 TCCAAGCCCTGCCAAGAAAGTACCAAGACTCCCTGCCACAGCAGCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107751 TCCAAGCCCTGCCAAGAAAGTACCAAGACTCCCTGCCACAGCAGCAGAAC

   1600     .    :    .    :    .    :
   1529 CTGAAGCAGCTGTCATTAGTAATGGGGAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 107801 CTGAAGCAGCTGTCATTAGTAATGGGGAACAT