seq1 = pF1KB4082.tfa, 2682 bp
seq2 = pF1KB4082/gi568815575f_123084536.tfa (gi568815575f:123084536_123583041), 498506 bp

>pF1KB4082 2682
>gi568815575f:123084536_123583041 (ChrX)

1-109  (100001-100109)   100% ->
110-268  (101297-101455)   100% ->
269-508  (168768-169007)   100% ->
509-696  (241491-241678)   100% ->
697-750  (270375-270428)   100% ->
751-912  (310433-310594)   100% ->
913-1080  (314101-314268)   100% ->
1081-1185  (318459-318563)   100% ->
1186-1293  (318877-318984)   100% ->
1294-1500  (320173-320379)   100% ->
1501-1877  (332867-333243)   100% ->
1878-2076  (343406-343604)   100% ->
2077-2324  (380330-380577)   99% ->
2325-2439  (395528-395642)   100% ->
2440-2682  (398264-398506)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAGGCAGAAGAAAATGGGGCAAAGCGTGCTCCGGGCGGTCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAGGCAGAAGAAAATGGGGCAAAGCGTGCTCCGGGCGGTCTTCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTAGTCCTGGGGCTTTTGGGTCATTCTCACGGAGGATTCCCCAACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTTAGTCCTGGGGCTTTTGGGTCATTCTCACGGAGGATTCCCCAACACCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCAGCATAG         GTGGACTTTTCATGAGAAACACAGTGCAGGAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCAGCATAGGTA...TAGGTGGACTTTTCATGAGAAACACAGTGCAGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CACAGCGCTTTCCGCTTTGCCGTGCAGTTATACAACACCAACCAGAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101329 CACAGCGCTTTCCGCTTTGCCGTGCAGTTATACAACACCAACCAGAACAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACCGAGAAGCCCTTCCATTTGAATTACCACGTAGATCACTTGGATTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101379 CACCGAGAAGCCCTTCCATTTGAATTACCACGTAGATCACTTGGATTCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCAATAGTTTTTCCGTGACAAATGCTT         TCTGCTCCCAGTTC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 101429 CCAATAGTTTTTCCGTGACAAATGCTTGTA...CAGTCTGCTCCCAGTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCGAGAGGGGTGTATGCCATCTTTGGATTCTATGACCAGATGTCAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168782 TCGAGAGGGGTGTATGCCATCTTTGGATTCTATGACCAGATGTCAATGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CACCCTGACCTCCTTCTGTGGGGCCCTGCACACATCCTTTGTTACGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168832 CACCCTGACCTCCTTCTGTGGGGCCCTGCACACATCCTTTGTTACGCCTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCTTCCCCACTGACGCAGATGTGCAGTTTGTCATCCAGATGCGCCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168882 GCTTCCCCACTGACGCAGATGTGCAGTTTGTCATCCAGATGCGCCCAGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTGAAGGGCGCTATTCTGAGTCTTCTGGGTCATTACAAGTGGGAGAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168932 TTGAAGGGCGCTATTCTGAGTCTTCTGGGTCATTACAAGTGGGAGAAGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGTGTACCTCTATGACACAGAACGAG         GATTTTCCATCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 168982 TGTGTACCTCTATGACACAGAACGAGGTA...CAGGATTTTCCATCCTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAGCGATTATGGAAGCAGCAGTGCAAAACAACTGGCAAGTAACAGCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241506 AAGCGATTATGGAAGCAGCAGTGCAAAACAACTGGCAAGTAACAGCAAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCTGTGGGAAACATAAAGGACGTCCAAGAATTCAGGCGCATCATTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241556 TCTGTGGGAAACATAAAGGACGTCCAAGAATTCAGGCGCATCATTGAAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AATGGACAGGAGGCAGGAAAAGCGATACTTGATTGACTGCGAAGTCGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241606 AATGGACAGGAGGCAGGAAAAGCGATACTTGATTGACTGCGAAGTCGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GGATTAACACAATTTTGGAACAG         GTTGTGATCCTAGGGAAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 241656 GGATTAACACAATTTTGGAACAGGTA...CAGGTTGTGATCCTAGGGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CACTCAAGAGGTTATCACTACATGCTCGCTAACCTG         GGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 270393 CACTCAAGAGGTTATCACTACATGCTCGCTAACCTGGTA...CAGGGTTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TACTGATATTTTACTGGAAAGAGTCATGCATGGGGGAGCCAACATTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 310438 TACTGATATTTTACTGGAAAGAGTCATGCATGGGGGAGCCAACATTACAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GTTTCCAGATTGTCAACAATGAAAACCCTATGGTTCAGCAGTTCATACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 310488 GTTTCCAGATTGTCAACAATGAAAACCCTATGGTTCAGCAGTTCATACAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CGCTGGGTGAGGCTGGATGAAAGGGAATTCCCTGAAGCCAAGAATGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 310538 CGCTGGGTGAGGCTGGATGAAAGGGAATTCCCTGAAGCCAAGAATGCACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 ACTAAAG         TATACATCTGCATTGACACACGACGCAATACTGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 310588 ACTAAAGGTA...CAGTATACATCTGCATTGACACACGACGCAATACTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCATAGCAGAAGCTTTCCGCTACCTGAGGAGGCAGCGAGTAGATGTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 314135 TCATAGCAGAAGCTTTCCGCTACCTGAGGAGGCAGCGAGTAGATGTGTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CGGAGAGGAAGTGCTGGAGACTGCTTAGCAAATCCTGCTGTGCCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 314185 CGGAGAGGAAGTGCTGGAGACTGCTTAGCAAATCCTGCTGTGCCCTGGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TCAAGGAATTGATATTGAGAGAGCTCTGAAAATG         GTGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 314235 TCAAGGAATTGATATTGAGAGAGCTCTGAAAATGGTA...CAGGTGCAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TACAAGGAATGACTGGAAATATTCAATTTGACACTTATGGACGTAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 318466 TACAAGGAATGACTGGAAATATTCAATTTGACACTTATGGACGTAGGACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AATTATACCATCGATGTGTATGAAATGAAAGTCAGTGGCTCTCGAAAA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 318516 AATTATACCATCGATGTGTATGAAATGAAAGTCAGTGGCTCTCGAAAAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1186        GCTGGCTACTGGAATGAGTATGAAAGGTTTGTGCCTTTCTCAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 318566 A...TAGGCTGGCTACTGGAATGAGTATGAAAGGTTTGTGCCTTTCTCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ATCAGCAAATCAGCAATGACAGTGCATCCTCAGAGAATCGGACCATAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 318920 ATCAGCAAATCAGCAATGACAGTGCATCCTCAGAGAATCGGACCATAGTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GTGACTACCATTCTG         GAATCACCATATGTAATGTACAAGAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 318970 GTGACTACCATTCTGGTA...AAGGAATCACCATATGTAATGTACAAGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GAACCATGAGCAACTGGAAGGAAATGAACGATATGAAGGCTATTGTGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 320199 GAACCATGAGCAACTGGAAGGAAATGAACGATATGAAGGCTATTGTGTAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 ACCTAGCCTATGAAATAGCCAAACATGTAAGGATCAAATACAAATTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 320249 ACCTAGCCTATGAAATAGCCAAACATGTAAGGATCAAATACAAATTGTCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 ATCGTTGGTGACGGGAAATATGGTGCAAGGGATCCAGAGACTAAAATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 320299 ATCGTTGGTGACGGGAAATATGGTGCAAGGGATCCAGAGACTAAAATATG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GAACGGCATGGTTGGGGAACTTGTCTATGGG         AGAGCTGATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 320349 GAACGGCATGGTTGGGGAACTTGTCTATGGGGTG...CAGAGAGCTGATA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 TAGCTGTTGCTCCACTCACTATAACATTGGTCCGTGAAGAAGTCATAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 332877 TAGCTGTTGCTCCACTCACTATAACATTGGTCCGTGAAGAAGTCATAGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 TTTTCAAAGCCATTCATGAGCCTGGGCATCTCCATCATGATAAAGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 332927 TTTTCAAAGCCATTCATGAGCCTGGGCATCTCCATCATGATAAAGAAGCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TCAGAAATCAAAACCAGGCGTATTCTCATTTCTGGATCCCCTGGCTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 332977 TCAGAAATCAAAACCAGGCGTATTCTCATTTCTGGATCCCCTGGCTTATG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 AAATCTGGATGTGCATTGTCTTTGCTTACATTGGAGTCAGCGTAGTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 333027 AAATCTGGATGTGCATTGTCTTTGCTTACATTGGAGTCAGCGTAGTTCTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 TTCCTAGTCAGCAGGTTCAGTCCTTATGAATGGCACTTGGAAGACAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 333077 TTCCTAGTCAGCAGGTTCAGTCCTTATGAATGGCACTTGGAAGACAACAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 TGAAGAACCTCGTGACCCACAAAGTCCTCCTGATCCTCCAAATGAATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 333127 TGAAGAACCTCGTGACCCACAAAGTCCTCCTGATCCTCCAAATGAATTTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 GAATATTTAACAGTCTTTGGTTTTCCTTGGGTGCCTTTATGCAGCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 333177 GAATATTTAACAGTCTTTGGTTTTCCTTGGGTGCCTTTATGCAGCAAGGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 TGTGATATTTCTCCAAG         ATCACTCTCCGGGCGCATTGTTGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 333227 TGTGATATTTCTCCAAGGTT...TAGATCACTCTCCGGGCGCATTGTTGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 AGGGGTTTGGTGGTTCTTCACCCTGATCATAATTTCTTCCTATACTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 343430 AGGGGTTTGGTGGTTCTTCACCCTGATCATAATTTCTTCCTATACTGCCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 ATCTCGCTGCTTTCCTGACTGTGGAGAGGATGGTTTCTCCCATAGAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 343480 ATCTCGCTGCTTTCCTGACTGTGGAGAGGATGGTTTCTCCCATAGAGAGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 GCTGAAGACTTAGCTAAACAGACTGAAATTGCATATGGGACCCTGGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 343530 GCTGAAGACTTAGCTAAACAGACTGAAATTGCATATGGGACCCTGGACTC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 CGGTTCAACAAAAGAATTTTTCAGA         AGATCCAAAATTGCTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 343580 CGGTTCAACAAAAGAATTTTTCAGAGTA...CAGAGATCCAAAATTGCTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 TGTACGAGAAAATGTGGTCTTACATGAAATCAGCGGAGCCATCTGTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 380346 TGTACGAGAAAATGTGGTCTTACATGAAATCAGCGGAGCCATCTGTGTTT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 ACCAAAACAACAGCAGACGGAGTGGCCCGAGTGCGAAAGTCCAAGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 380396 ACCAAAACAACAGCAGACGGAGTGGCCCGAGTGCGAAAGTCCAAGGGAAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2193 GTTCGCCTTCCTGCTGGAGTCAACCATGAATGAGTACATTGAGCAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 380446 GTTCGCCTTCCTGCTGGAGTCAACCATGAATGAGTACATTGAGCAGAGAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2243 AACCATGTGATACGATGAAAGTTGGTGGAAATCTGGATTCCAAAGGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 380496 AACCATGTGATACGATGAAAGTTGGTGGAAATCTGGATTCCAAAGGCTAT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2293 GGTGTGGCAACCCCTAAAGGCTCAGCATTAGG         AACGCCTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||| |>>>...>>>|||||||||
 380546 GGTGTGGCAACCCCTAAAGGCTCAGCATTAAGGTG...AAGAACGCCTGT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2334 AAACCTTGCAGTATTGAAACTCAGTGAACAAGGCATCTTAGACAAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 395537 AAACCTTGCAGTATTGAAACTCAGTGAACAAGGCATCTTAGACAAGCTGA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2384 AAAACAAATGGTGGTACGATAAGGGGGAATGTGGAGCCAAGGACTCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 395587 AAAACAAATGGTGGTACGATAAGGGGGAATGTGGAGCCAAGGACTCCGGG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2434 AGTAAG         GACAAGACCAGCGCTCTGAGCCTGAGCAATGTGGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 395637 AGTAAGGTC...TAGGACAAGACCAGCGCTCTGAGCCTGAGCAATGTGGC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2475 AGGCGTTTTCTATATACTTGTCGGAGGTCTGGGGCTGGCCATGATGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 398299 AGGCGTTTTCTATATACTTGTCGGAGGTCTGGGGCTGGCCATGATGGTGG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2525 CTTTGATAGAATTCTGTTACAAATCACGGGCAGAGTCCAAACGCATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 398349 CTTTGATAGAATTCTGTTACAAATCACGGGCAGAGTCCAAACGCATGAAA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2575 CTCACAAAGAACACCCAAAACTTTAAGCCTGCTCCTGCCACCAACACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 398399 CTCACAAAGAACACCCAAAACTTTAAGCCTGCTCCTGCCACCAACACTCA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2625 GAATTATGCTACATACAGAGAAGGCTACAACGTGTATGGAACAGAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 398449 GAATTATGCTACATACAGAGAAGGCTACAACGTGTATGGAACAGAGAGTG

   2800     .
   2675 TTAAGATC
        ||||||||
 398499 TTAAGATC