seq1 = pF1KB4080.tfa, 1014 bp
seq2 = pF1KB4080/gi568815586r_3712126.tfa (gi568815586r:3712126_3930018), 217893 bp

>pF1KB4080 1014
>gi568815586r:3712126_3930018 (Chr12)

(complement)

1-18  (56790-56807)   100% ->
19-147  (100001-100129)   100% ->
148-268  (100989-101109)   100% ->
269-344  (103786-103861)   100% ->
345-417  (107862-107934)   100% ->
418-548  (108016-108146)   100% ->
549-700  (115831-115982)   100% ->
701-1014  (117580-117893)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGGAAGCGAATCCA         GAGATGTTTCACAAAGCAGAAGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
  56790 ATGTGGGAAGCGAATCCAGTG...CAGGAGATGTTTCACAAAGCAGAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ATTATTTTCTAAAACAACAAACAATGAAGTGGATGACATGGACACGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100024 ATTATTTTCTAAAACAACAAACAATGAAGTGGATGACATGGACACGTCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATACCCAGTGGGGCTGGTTTTACTTGGCAGAATGTGGGAAGTGGCACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100074 ATACCCAGTGGGGCTGGTTTTACTTGGCAGAATGTGGGAAGTGGCACATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTCAG         CCGGATACCAACAGTCAGTGTTCAGTTAGCAGTGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100124 TTTCAGGTA...AAGCCGGATACCAACAGTCAGTGTTCAGTTAGCAGTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGATATCGAAAAAAGCTTCAAAACAAACCCTTGTGGCTCCATTTCTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101024 AGATATCGAAAAAAGCTTCAAAACAAACCCTTGTGGCTCCATTTCTTTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTACTTCCAAATTCAGCTACAAGATAGACTTTGCAG         AAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 101074 CTACTTCCAAATTCAGCTACAAGATAGACTTTGCAGGTA...CAGAAATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAGCAAATGAATCTCACCACTGGAAAGCAGCGCTTAATAAAAAGAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103791 AAGCAAATGAATCTCACCACTGGAAAGCAGCGCTTAATAAAAAGAGCCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTTTTCTATCAGTGCTTTCAG         TTACATCTGTGAAAACGAGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 103841 CTTTTCTATCAGTGCTTTCAGGTA...AAGTTACATCTGTGAAAACGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCATCCCTATGCCACCACACTGGGAGAATGTGAATACTCAAGTACCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107882 CCATCCCTATGCCACCACACTGGGAGAATGTGAATACTCAAGTACCATAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CAG         CTTATTCCTCTGCACAATCAAACACATGAATATAATGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107932 CAGGTA...CAGCTTATTCCTCTGCACAATCAAACACATGAATATAATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGTTGCTAATCTCTTTGGGAAGACGATGGATCGCAACCGAATTAAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108054 AGTTGCTAATCTCTTTGGGAAGACGATGGATCGCAACCGAATTAAAAGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTCAGAGAATTCAAAACCTAGATTTGTGGGAGTTCTTTTGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 108104 TTCAGAGAATTCAAAACCTAGATTTGTGGGAGTTCTTTTGCAGGTG...T

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    549   GAAAAAGGCTCAGCTCAAGAAAAAAAGAGGTGTGCCTCAGATTAATGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115829 AGGAAAAAGGCTCAGCTCAAGAAAAAAAGAGGTGTGCCTCAGATTAATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ACAAATGCTGTTTCATGGTACCAGCAGTGAATTTGTGGAAGCAATCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115879 ACAAATGCTGTTTCATGGTACCAGCAGTGAATTTGTGGAAGCAATCTGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTCATAACTTTGATTGGAGAATAAATGGTATACATGGTGCTGTCTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115929 TTCATAACTTTGATTGGAGAATAAATGGTATACATGGTGCTGTCTTTGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AAAG         GAACCTATTTTGCTAGAGATGCTGCTTATTCCAGTCG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115979 AAAGGTA...AAGGAACCTATTTTGCTAGAGATGCTGCTTATTCCAGTCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TTTCTGCAAAGATGACATAAAGCATGGGAACACATTCCAAATTCATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117617 TTTCTGCAAAGATGACATAAAGCATGGGAACACATTCCAAATTCATGGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCAGCTTGCAACAGCGGCATCTGTTTAGAACATATAAATCTATGTTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117667 TCAGCTTGCAACAGCGGCATCTGTTTAGAACATATAAATCTATGTTTCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GCTCGAGTGCTAATTGGAGATTACATAAACGGAGACTCCAAATACATGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117717 GCTCGAGTGCTAATTGGAGATTACATAAACGGAGACTCCAAATACATGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 ACCTCCTTCCAAAGACGGGAGCTATGTGAATTTATATGACAGCTGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117767 ACCTCCTTCCAAAGACGGGAGCTATGTGAATTTATATGACAGCTGTGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATGATACCTGGAACCCAAAGATCTTTGTGGTTTTTGATGCCAACCAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117817 ATGATACCTGGAACCCAAAGATCTTTGTGGTTTTTGATGCCAACCAAATC

   1050     .    :    .    :    .
    988 TATCCTGAGTACTTGATAGACTTTCAT
        |||||||||||||||||||||||||||
 117867 TATCCTGAGTACTTGATAGACTTTCAT