seq1 = pF1KB4055.tfa, 999 bp
seq2 = pF1KB4055/gi568815585r_106393043.tfa (gi568815585r:106393043_106634964), 241922 bp

>pF1KB4055 999
>gi568815585r:106393043_106634964 (Chr13)

(complement)

1-122  (100001-100122)   100% ->
123-406  (122153-122436)   100% ->
407-499  (139125-139217)   100% ->
500-613  (139971-140084)   100% ->
614-999  (141537-141922)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGTGAGAAGGGACTCCGTGTGGAAGTACTGCTGGGGTGTTTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGTGAGAAGGGACTCCGTGTGGAAGTACTGCTGGGGTGTTTTGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTTTTATGCAGAACTGCGATTTCCAAATCGATAGTTTTAGAGCCTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTTTTATGCAGAACTGCGATTTCCAAATCGATAGTTTTAGAGCCTATCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATTGGAATTCCTCGAACTCCAA         ATTTCTACCTGGACAAGGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100101 ATTGGAATTCCTCGAACTCCAAGTA...TAGATTTCTACCTGGACAAGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGGTACTATACCCACAGATAGGAGACAAATTGGATATTATTTGCCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122172 CTGGTACTATACCCACAGATAGGAGACAAATTGGATATTATTTGCCCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGTGGACTCTAAAACTGTTGGCCAGTATGAATATTATAAAGTTTATATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122222 AGTGGACTCTAAAACTGTTGGCCAGTATGAATATTATAAAGTTTATATGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGATAAAGACCAAGCAGACAGATGCACTATTAAGAAGGAAAATACCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122272 TTGATAAAGACCAAGCAGACAGATGCACTATTAAGAAGGAAAATACCCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTCCTCAACTGTGCCAAACCAGACCAAGATATCAAATTCACCATCAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122322 CTCCTCAACTGTGCCAAACCAGACCAAGATATCAAATTCACCATCAAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TCAAGAATTCAGCCCTAACCTCTGGGGTCTAGAATTTCAGAAGAACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122372 TCAAGAATTCAGCCCTAACCTCTGGGGTCTAGAATTTCAGAAGAACAAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATTATTACATTATAT         CTACATCAAATGGGTCTTTGGAGGGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 122422 ATTATTACATTATATGTA...CAGCTACATCAAATGGGTCTTTGGAGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTGGATAACCAGGAGGGAGGGGTGTGCCAGACAAGAGCCATGAAGATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139151 CTGGATAACCAGGAGGGAGGGGTGTGCCAGACAAGAGCCATGAAGATCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CATGAAAGTTGGACAAG         ATGCAAGTTCTGCTGGATCAACCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 139201 CATGAAAGTTGGACAAGGTA...TAGATGCAAGTTCTGCTGGATCAACCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGAATAAAGATCCAACAAGACGTCCAGAACTAGAAGCTGGTACAAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139995 GGAATAAAGATCCAACAAGACGTCCAGAACTAGAAGCTGGTACAAATGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AGAAGTTCGACAACAAGTCCCTTTGTAAAACCAAATCCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 140045 AGAAGTTCGACAACAAGTCCCTTTGTAAAACCAAATCCAGGTA...CAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TTCTAGCACAGACGGCAACAGCGCCGGACATTCGGGGAACAACATCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141538 TTCTAGCACAGACGGCAACAGCGCCGGACATTCGGGGAACAACATCCTCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GTTCCGAAGTGGCCTTATTTGCAGGGATTGCTTCAGGATGCATCATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141588 GTTCCGAAGTGGCCTTATTTGCAGGGATTGCTTCAGGATGCATCATCTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATCGTCATCATCATCACGCTGGTGGTCCTCTTGCTGAAGTACCGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141638 ATCGTCATCATCATCACGCTGGTGGTCCTCTTGCTGAAGTACCGGAGGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 ACACAGGAAGCACTCGCCGCAGCACACGACCACGCTGTCGCTCAGCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141688 ACACAGGAAGCACTCGCCGCAGCACACGACCACGCTGTCGCTCAGCACAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TGGCCACACCCAAGCGCAGCGGCAACAACAACGGCTCAGAGCCCAGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141738 TGGCCACACCCAAGCGCAGCGGCAACAACAACGGCTCAGAGCCCAGTGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ATTATCATCCCGCTAAGGACTGCGGACAGCGTCTTCTGCCCTCACTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141788 ATTATCATCCCGCTAAGGACTGCGGACAGCGTCTTCTGCCCTCACTACGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GAAGGTCAGCGGGGACTACGGGCACCCGGTGTACATCGTCCAGGAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141838 GAAGGTCAGCGGGGACTACGGGCACCCGGTGTACATCGTCCAGGAGATGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .
    965 CCCCGCAGAGCCCGGCGAACATTTACTACAAGGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141888 CCCCGCAGAGCCCGGCGAACATTTACTACAAGGTC