seq1 = pF1KB4048.tfa, 1788 bp
seq2 = pF1KB4048/gi568815595f_170122670.tfa (gi568815595f:170122670_170403124), 280455 bp

>pF1KB4048 1788
>gi568815595f:170122670_170403124 (Chr3)

1-101  (100001-100101)   100% ->
102-223  (112561-112682)   100% ->
224-313  (137300-137389)   100% ->
314-364  (140710-140760)   100% ->
365-450  (145246-145331)   100% ->
451-591  (147752-147892)   100% ->
592-646  (150617-150671)   100% ->
647-705  (152560-152618)   100% ->
706-882  (157558-157734)   100% ->
883-980  (158497-158594)   100% ->
981-1067  (159213-159299)   100% ->
1068-1203  (161792-161927)   100% ->
1204-1291  (169185-169272)   100% ->
1292-1417  (170714-170839)   100% ->
1418-1497  (173242-173321)   100% ->
1498-1587  (174635-174724)   100% ->
1588-1703  (176326-176441)   100% ->
1704-1788  (180371-180455)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGACCCAGAGGGACAGCAGCACCATGTCCCACACGGTCGCAGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGACCCAGAGGGACAGCAGCACCATGTCCCACACGGTCGCAGGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCAGCGGGGACCATTCCCACCAGGTCCGGGTGAAAGCCTACTACCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGCAGCGGGGACCATTCCCACCAGGTCCGGGTGAAAGCCTACTACCGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 G         GGATATCATGATAACACATTTTGAACCTTCCATCTCCTTT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGTG...CAGGGATATCATGATAACACATTTTGAACCTTCCATCTCCTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGGCCTTTGCAATGAGGTTCGAGACATGTGTTCTTTTGACAACGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112601 GAGGGCCTTTGCAATGAGGTTCGAGACATGTGTTCTTTTGACAACGAACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTCTTCACCATGAAATGGATAGATGAGGAAG         GAGACCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 112651 GCTCTTCACCATGAAATGGATAGATGAGGAAGGTG...TAGGAGACCCGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTACAGTATCATCTCAGTTGGAGTTAGAAGAAGCCTTTAGACTTTATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137309 GTACAGTATCATCTCAGTTGGAGTTAGAAGAAGCCTTTAGACTTTATGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTAAACAAGGATTCTGAACTCTTGATTCATG         TGTTCCCTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 137359 CTAAACAAGGATTCTGAACTCTTGATTCATGGTA...CAGTGTTCCCTTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGTACCAGAACGTCCTGGGATGCCTTGTCCAGGAGAAGATA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 140720 TGTACCAGAACGTCCTGGGATGCCTTGTCCAGGAGAAGATAGTG...CAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AATCCATCTACCGTAGAGGTGCACGCCGCTGGAGAAAGCTTTATTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145246 AATCCATCTACCGTAGAGGTGCACGCCGCTGGAGAAAGCTTTATTGTGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AATGGCCACACTTTCCAAGCCAAGCGTTTCAACAGG         CGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 145296 AATGGCCACACTTTCCAAGCCAAGCGTTTCAACAGGGTA...CAGCGTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TCACTGTGCCATCTGCACAGACCGAATATGGGGACTTGGACGCCAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147757 TCACTGTGCCATCTGCACAGACCGAATATGGGGACTTGGACGCCAAGGAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATAAGTGCATCAACTGCAAACTCTTGGTTCATAAGAAGTGCCATAAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147807 ATAAGTGCATCAACTGCAAACTCTTGGTTCATAAGAAGTGCCATAAACTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTCACAATTGAATGTGGGCGGCATTCTTTGCCACAG         GAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 147857 GTCACAATTGAATGTGGGCGGCATTCTTTGCCACAGGTA...TAGGAACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGTGATGCCCATGGATCAGTCATCCATGCATTCTGACCATGCACAGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150622 AGTGATGCCCATGGATCAGTCATCCATGCATTCTGACCATGCACAGACAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647          TAATTCCATATAATCCTTCAAGTCATGAGAGTTTGGATCAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150672 GTA...TAGTAATTCCATATAATCCTTCAAGTCATGAGAGTTTGGATCAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GTTGGTGAAGAAAAAGAG         GCAATGAACACCAGGGAAAGTGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 152601 GTTGGTGAAGAAAAAGAGGTA...CAGGCAATGAACACCAGGGAAAGTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CAAAGCTTCATCCAGTCTAGGTCTTCAGGATTTTGATTTGCTCCGGGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157581 CAAAGCTTCATCCAGTCTAGGTCTTCAGGATTTTGATTTGCTCCGGGTAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TAGGAAGAGGAAGTTATGCCAAAGTACTGTTGGTTCGATTAAAAAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157631 TAGGAAGAGGAAGTTATGCCAAAGTACTGTTGGTTCGATTAAAAAAAACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GATCGTATTTATGCAATGAAAGTTGTGAAAAAAGAGCTTGTTAATGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157681 GATCGTATTTATGCAATGAAAGTTGTGAAAAAAGAGCTTGTTAATGATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGAG         GATATTGATTGGGTACAGACAGAGAAGCATGTGTTTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157731 TGAGGTA...TAGGATATTGATTGGGTACAGACAGAGAAGCATGTGTTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AGCAGGCATCCAATCATCCTTTCCTTGTTGGGCTGCATTCTTGCTTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158534 AGCAGGCATCCAATCATCCTTTCCTTGTTGGGCTGCATTCTTGCTTTCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ACAGAAAGCAG         ATTGTTCTTTGTTATAGAGTATGTAAATGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 158584 ACAGAAAGCAGGTA...TAGATTGTTCTTTGTTATAGAGTATGTAAATGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 AGGAGACCTAATGTTTCATATGCAGCGACAAAGAAAACTTCCTGAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159243 AGGAGACCTAATGTTTCATATGCAGCGACAAAGAAAACTTCCTGAAGAAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 ATGCCAG         ATTTTACTCTGCAGAAATCAGTCTAGCATTAAAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159293 ATGCCAGGTG...TAGATTTTACTCTGCAGAAATCAGTCTAGCATTAAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 TATCTTCATGAGCGAGGGATAATTTATAGAGATTTGAAACTGGACAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161826 TATCTTCATGAGCGAGGGATAATTTATAGAGATTTGAAACTGGACAATGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 ATTACTGGACTCTGAAGGCCACATTAAACTCACTGACTACGGCATGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161876 ATTACTGGACTCTGAAGGCCACATTAAACTCACTGACTACGGCATGTGTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 AG         GAAGGATTACGGCCAGGAGATACAACCAGCACTTTCTGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161926 AGGTG...AAGGAAGGATTACGGCCAGGAGATACAACCAGCACTTTCTGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GGTACTCCTAATTACATTGCTCCTGAAATTTTAAGAGGAGAAGATTATG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 169224 GGTACTCCTAATTACATTGCTCCTGAAATTTTAAGAGGAGAAGATTATGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292         GTTTCAGTGTTGACTGGTGGGCTCTTGGAGTGCTCATGTTTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169274 TA...AAGGTTTCAGTGTTGACTGGTGGGCTCTTGGAGTGCTCATGTTTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 AGATGATGGCAGGAAGGTCTCCATTTGATATTGTTGGGAGCTCCGATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170756 AGATGATGGCAGGAAGGTCTCCATTTGATATTGTTGGGAGCTCCGATAAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 CCTGACCAGAACACAGAGGATTATCTCTTCCAAG         TTATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 170806 CCTGACCAGAACACAGAGGATTATCTCTTCCAAGGTA...TAGTTATTTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 GGAAAAACAAATTCGCATACCACGTTCTCTGTCTGTAAAAGCTGCAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173249 GGAAAAACAAATTCGCATACCACGTTCTCTGTCTGTAAAAGCTGCAAGTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 TTCTGAAGAGTTTTCTTAATAAG         GACCCTAAGGAACGATTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 173299 TTCTGAAGAGTTTTCTTAATAAGGTA...TAGGACCCTAAGGAACGATTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 GGTTGTCATCCTCAAACAGGATTTGCTGATATTCAGGGACACCCGTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174653 GGTTGTCATCCTCAAACAGGATTTGCTGATATTCAGGGACACCCGTTCTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 CCGAAATGTTGATTGGGATATG         ATGGAGCAAAAACAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 174703 CCGAAATGTTGATTGGGATATGGTA...CAGATGGAGCAAAAACAGGTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 TACCTCCCTTTAAACCAAATATTTCTGGGGAATTTGGTTTGGACAACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176345 TACCTCCCTTTAAACCAAATATTTCTGGGGAATTTGGTTTGGACAACTTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 GATTCTCAGTTTACTAATGAACCTGTCCAGCTCACTCCAGATGACGA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 176395 GATTCTCAGTTTACTAATGAACCTGTCCAGCTCACTCCAGATGACGAGTA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1704       TGACATTGTGAGGAAGATTGATCAGTCTGAATTTGAAGGTTTTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176445 ...CAGTGACATTGTGAGGAAGATTGATCAGTCTGAATTTGAAGGTTTTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :
   1748 AGTATATCAATCCTCTTTTGATGTCTGCAGAAGAATGTGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180415 AGTATATCAATCCTCTTTTGATGTCTGCAGAAGAATGTGTC