seq1 = pF1KB4038.tfa, 1089 bp
seq2 = pF1KB4038/gi568815581r_34911971.tfa (gi568815581r:34911971_35126553), 214583 bp

>pF1KB4038 1089
>gi568815581r:34911971_35126553 (Chr17)

(complement)

1-180  (100001-100180)   100% ->
181-591  (104773-105183)   100% ->
592-675  (108948-109031)   100% ->
676-886  (109974-110184)   100% ->
887-910  (111791-111814)   100% ->
911-1089  (114405-114583)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGGCAACCTGCTGCAACTGGTTCTGCCTGGATGGACAGCCTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGGCAACCTGCTGCAACTGGTTCTGCCTGGATGGACAGCCTGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTCCCACCACCCCAGGGAGCCAGGATGCAGGCCTATTCCAACCCTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTCCCACCACCCCAGGGAGCCAGGATGCAGGCCTATTCCAACCCTGGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACAGCTCCTTCCCTTCCCCAACAGGCTTGGAACCAAGCTGCAAGTCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACAGCTCCTTCCCTTCCCCAACAGGCTTGGAACCAAGCTGCAAGTCCTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGGCTCACTTTGCAAACACGGCCAGGAAG         CAGACCTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100151 GGGGCTCACTTTGCAAACACGGCCAGGAAGGTG...CAGCAGACCTGCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGACTGTAAGAAAAATTTTTGCATGACCTGTTCGAGCCAAGTAGGGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104784 GGACTGTAAGAAAAATTTTTGCATGACCTGTTCGAGCCAAGTAGGGAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGCCCCGCCTCTGCCTTCTCTGCCAACGGTTTCGAGCTACAGCCTTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104834 GGCCCCGCCTCTGCCTTCTCTGCCAACGGTTTCGAGCTACAGCCTTTCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGAGAGGAGCTCATGAAGATGAAGGTGAAGGACTTGAGGGACTATCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104884 CGAGAGGAGCTCATGAAGATGAAGGTGAAGGACTTGAGGGACTATCTCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCTCCATGACATCTCTACCGAAATGTGCCGGGAGAAAGAAGAGCTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104934 CCTCCATGACATCTCTACCGAAATGTGCCGGGAGAAAGAAGAGCTGGTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCTTGGTCCTTGGCCAGCAGCCTGTAATCTCCCAGGAGGACAGGACTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104984 TCTTGGTCCTTGGCCAGCAGCCTGTAATCTCCCAGGAGGACAGGACTCGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GCCTCCACCTTGTCCCCAGACTTTCCTGAGCAGCAGGCCTTCCTGACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105034 GCCTCCACCTTGTCCCCAGACTTTCCTGAGCAGCAGGCCTTCCTGACCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCCTCACTCCAGCATGGTTCCACCTACCTCACCCAACCTCCCCTCTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105084 GCCTCACTCCAGCATGGTTCCACCTACCTCACCCAACCTCCCCTCTTCAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CTGCACAAGCCACCTCTGTTCCCCCAGCCCAGGTTCAGGAGAATCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105134 CTGCACAAGCCACCTCTGTTCCCCCAGCCCAGGTTCAGGAGAATCAGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592          GCCAATGGCCATGTGTCTCAGGATCAAGAGGAACCCGTCTA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105184 GTA...CAGGCCAATGGCCATGTGTCTCAGGATCAAGAGGAACCCGTCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCTGGAGAGCGTGGCCAGAGTACCTGCTGAGGATGAGACCCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 108989 CCTGGAGAGCGTGGCCAGAGTACCTGCTGAGGATGAGACCCAGGTG...C

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    676   TCTATTGACTCAGAGGACAGCTTTGTCCCAGGCCGAAGGGCCTCTCTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109972 AGTCTATTGACTCAGAGGACAGCTTTGTCCCAGGCCGAAGGGCCTCTCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TCTGACCTGACTGACCTGGAGGACATTGAAGGCCTGACAGTGCGGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110022 TCTGACCTGACTGACCTGGAGGACATTGAAGGCCTGACAGTGCGGCAGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GAAAGAGATCTTGGCTCGCAACTTTGTCAACTACAAGGGCTGCTGTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110072 GAAAGAGATCTTGGCTCGCAACTTTGTCAACTACAAGGGCTGCTGTGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 AGTGGGAGCTGATGGAGAGAGTGACCCGGCTATACAAGGATCAGAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110122 AGTGGGAGCTGATGGAGAGAGTGACCCGGCTATACAAGGATCAGAAAGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CTCCAGCACCTGG         TCAGTGGTGCCGAAGACCAAAACG    
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||>>>.
 110172 CTCCAGCACCTGGGTG...CAGTCAGTGGTGCCGAAGACCAAAACGGTA.

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911      GGGGAGCAGTACCATCAGGCTTGGAGGAGAACCTGTGTAAGATCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111819 ..CAGGGGGAGCAGTACCATCAGGCTTGGAGGAGAACCTGTGTAAGATCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GCATGGACTCACCCATTGACTGTGTTCTTCTGGAGTGTGGCCACATGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114450 GCATGGACTCACCCATTGACTGTGTTCTTCTGGAGTGTGGCCACATGGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 ACCTGTACCAAGTGTGGCAAGCGCATGAATGAATGTCCCATCTGCCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114500 ACCTGTACCAAGTGTGGCAAGCGCATGAATGAATGTCCCATCTGCCGGCA

   1100     .    :    .    :    .    :
   1056 GTATGTAATCCGAGCTGTGCATGTCTTCCGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114550 GTATGTAATCCGAGCTGTGCATGTCTTCCGGTCC